SAXSdb — 9jkr

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jkr
沉积日期 deposition_date	2024-09-17
结构标题 title	human GM-CSF with Fabs from autoantibodies, F1 and C.
关键词 keywords	Autoimmune pulmonary alveolar proteinosis, autoantibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.67 Å
零角强度 I(0) i0	65082300.00
分子量 molecular_weight	62581.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78150 Å³
包络体积 envelope_volume	96843 Å³
水化壳体积 shell_volume	29589 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.32 Å
包络 Rg envelope_rg	27.72 Å
形状 Rg shape_rg	27.63 Å
总 Rg total_rg	28.50 Å
总原子数 total_atoms	4404
残基数 n_residues	561
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	65080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9115
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.638
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Fab region of F1 antibody heavy chain
分子量 formula_weight	24706.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4404

MAQLQESGPGVVKPSETLSLTCSVSDSAIRKYYWSWIRQPPGQGLEYIGYIYASGSSFYNPSFKSRVSMSVDATNNQFYLKLTSVTAADTAVYYCAAITGTTDLWGRGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTNGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Fab region of F1 antibody light chain
分子量 formula_weight	23494.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDIQMTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQGINRRLAWYQQKPGKAPKRLIYAVSTLQSGVPSRFNGSGSGTDFTLTVNNVQPDDLAMYFCLQSNNYPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Fab region of C antibody heavy chain
分子量 formula_weight	25442.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MQVQLVQSGAEVKKPGSSMKVSCKTSGGTFDNYAFSWLRQAPGQGFEWMGSIMPILDFPQYAEKFQGRLTITADKSTNTAFIELSSLRPDDTAVYYCAREGIAVGDVLAEYFQHWGHGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVENLYFQGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Fab region of C antibody light chain
分子量 formula_weight	24459.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MDIVMTQSPDSLAVSLGGRATINCKSSQSVFYGSRNKNFLAWYQQKPGQPPKLLFYWASTRESGVPDRFRSSGSGTEFTLTINSLQVEDVAIYYCQQYYGHPLTFGGGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
分子量 formula_weight	17191.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

APARSPSPSTQPWEHVNAIQEARRLLNLSRDTAAEMNETVEVISEMFDLQEPTCLQTRLELYKQGLRGSLTKLKGPLTMMASHYKQHCPPTPETSCATQIITFESFKENLKDFLLVIPFDCWEPVQEGLNDIFEAQKIEWHEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	189815

fit	/app/data/saxs_computation/jk/9jkr/9jkr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jk/9jkr/9jkr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jk/9jkr/9jkr.dat

human GM-CSF with Fabs from autoantibodies, F1 and C.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)