SAXSdb — 4nlh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tax1-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 15–147 链 B； UniProt 15–147	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 3350, MES 7.2, KBr, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.278
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 15–147	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 3350, MES 7.2, KBr, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.278
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 15–147	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 3350, MES 7.2, KBr, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NLH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2M7Q Solution structure of TAX1BP1 UBZ1+2 提交 2013-04-29	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 725–789（65 aa）片段：UNP residues 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1.0 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] UBZ1+2-1, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
4BMJ Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1 提交 2013-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 725–789（65 aa）片段：RESIDUES 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4BMJ Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1 提交 2013-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 725–789（65 aa）片段：RESIDUES 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4BMJ Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1 提交 2013-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 725–789（65 aa）片段：RESIDUES 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4BMJ Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1 提交 2013-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 725–789（65 aa）片段：RESIDUES 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4BMJ Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1 提交 2013-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 725–789（65 aa）片段：RESIDUES 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4BMJ Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1 提交 2013-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 725–789（65 aa）片段：RESIDUES 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4BMJ Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1 提交 2013-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 725–789（65 aa）片段：RESIDUES 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4BMJ Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1 提交 2013-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 725–789（65 aa）片段：RESIDUES 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4BMJ Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1 提交 2013-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 725–789（65 aa）片段：RESIDUES 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4BMJ Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1 提交 2013-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 725–789（65 aa）片段：RESIDUES 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4BMJ Structure of the UBZ1and2 tandem of the ubiquitin-binding adaptor protein TAX1BP1 提交 2013-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 725–789（65 aa）片段：RESIDUES 725-789	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 1 M LISO4	分辨率 2.75 Å R-free 0.255
4Z4K Crystal structure of GFP-TAX1BP1 UBZ1+2 domain fusion protein 提交 2015-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 725–781（57 aa）片段：UBZ1 and UBZ2 链 B 725–781（57 aa）片段：UBZ1 and UBZ2	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3350.	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
4Z4M Crystal structure of GFP-TAX1BP1 UBZ2 domain fusion protein 提交 2015-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 755–781（27 aa）片段：UBZ2 链 B 755–781（27 aa）片段：UBZ2	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；293 K；0.2 M Ammonium fluoride, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.15 Å R-free 0.298
5AAS The selective autophagy receptor TAX1BP1 is required for autophagy- dependent capture of cytosolic Salmonella typhimurium 提交 2015-07-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 722–784（63 aa）片段：RESIDUES 722-784	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1.0 NMR样品组成 95% WATER/5% D2O	分辨率未提供
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 754–787（34 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane	分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 754–787（34 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane	分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 754–787（34 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane	分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5YT6 Crystal structure of TAX1BP1 UBZ2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2017-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 754–787（34 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Ammonium sulfate, BIS TRIS propane	分辨率 1.50 Å R-free 0.225
5Z7G Crystal structure of TAX1BP1 SKICH region in complex with NAP1 提交 2018-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；PEG 8000, 0.1 M HEPES	分辨率 2.30 Å R-free 0.233
8W6A Crystal structure of TAX1BP1 LIR region in complex with GABARAP 提交 2023-08-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 123–151（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.8 M Sodium acetate trihydrate and 0.1 M BIS-TRIS propane at pH 7.0	分辨率 1.53 Å R-free 0.187
8W6A Crystal structure of TAX1BP1 LIR region in complex with GABARAP 提交 2023-08-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 123–151（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.8 M Sodium acetate trihydrate and 0.1 M BIS-TRIS propane at pH 7.0	分辨率 1.53 Å R-free 0.187
8W6A Crystal structure of TAX1BP1 LIR region in complex with GABARAP 提交 2023-08-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 123–151（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.8 M Sodium acetate trihydrate and 0.1 M BIS-TRIS propane at pH 7.0	分辨率 1.53 Å R-free 0.187
8W6A Crystal structure of TAX1BP1 LIR region in complex with GABARAP 提交 2023-08-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 123–151（29 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.8 M Sodium acetate trihydrate and 0.1 M BIS-TRIS propane at pH 7.0	分辨率 1.53 Å R-free 0.187
8W6B crystal structure of TAX1BP1 SKICH domain in complex with RB1CC1 coiled-coil domain 提交 2023-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–121（121 aa）链 B 1–121（121 aa）链 E 1–121（121 aa）链 F 1–121（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；5% (w/v) PEG 4000, 50 mM Magnesium chloride, 100 mM MES at pH 6.5, 10% 2-propanol	分辨率 2.39 Å R-free 0.234

共 9 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TAXB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–138； UniProt 15–147 作者链 B； PDB构建体 6–138； UniProt 15–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nlh
沉积日期 deposition_date	2013-11-14
结构标题 title	SKICH domain of human TAX1BP1
关键词 keywords	Ig like fold, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.20 Å
零角强度 I(0) i0	11566000.00
分子量 molecular_weight	25904.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32513 Å³
包络体积 envelope_volume	38710 Å³
水化壳体积 shell_volume	17413 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.2 Å
壳层 Rg shell_rg	24.73 Å
包络 Rg envelope_rg	19.36 Å
形状 Rg shape_rg	19.17 Å
总 Rg total_rg	20.17 Å
总原子数 total_atoms	1842
残基数 n_residues	225
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8041
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.308
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.355
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5157000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4nlhA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2840 —

结构域编号 domain_id	4nlhB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2840 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.160 Å
晶胞边长 b length_b	64.020 Å
晶胞边长 c length_c	101.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	34.689 Å
R 因子 r_factor	0.2415
R_work r_work	0.2382
R_free r_free	0.2777

描述 description	Tax1-binding protein 1
分子量 formula_weight	15702.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2067

SKICH domain of human TAX1BP1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tax1-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	225

fit	/app/data/saxs_computation/nl/4nlh/4nlh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nl/4nlh/4nlh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nl/4nlh/4nlh.dat