4np4

Clostridium difficile toxin B CROP domain in complex with FAB domains of neutralizing antibody bezlotoxumab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 124.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toxin B

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1834–2099	片段：CROP domain(UNP residues 1834-2099)	bezlotoxumab heavy chain × 2 bezlotoxumab light chain × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；4% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.89 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NP4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BVL Crystal structure of the catalytic domain of toxin B from Clostridium difficile in complex with UDP, Glc and manganese ion 提交 2005-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–542（542 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-543	突变：YES	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 TBR HEXATANTALUM DODECABROMIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
2BVM Crystal structure of the catalytic domain of toxin B from Clostridium difficile in complex with UDP, Glc and manganese ion 提交 2005-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–541（541 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-541	突变：YES	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.55 Å R-free 0.245
4NC2 Crystal structure of TcdB-B1 bound to B39 VHH 提交 2013-10-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2248–2366（119 aa）片段：UNP residues 2248-2366	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；295 K；0.86 M Sodium citrate, pH 6.7, 0.6 M TMAO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.229
5UQM Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain in complex with U2F 提交 2017-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–543（543 aa）片段：residues 1-543	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 U2F URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；0.1 M MES, 0.2 ammonium sulfate, PEG 8k 16-34%	分辨率 2.03 Å R-free 0.228
5UQN Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain in complex with U2F 提交 2017-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–543（543 aa）片段：residues 1-543	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 U2F URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；0.1 M MES, 0.2 M ammonium sulfate, PEG 8k 16-34%	分辨率 2.06 Å R-free 0.234
5UQT Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain co-crystallized with apigenin 提交 2017-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–543（543 aa）片段：residues 1-543	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M HEPES pH 7.5-8.5, 0.2 M Mg(CH3CHOO)2, PEG 3350 5-25%	分辨率 2.75 Å R-free 0.236
5UQT Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain co-crystallized with apigenin 提交 2017-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–543（543 aa）片段：residues 1-543	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 AGI 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M HEPES pH 7.5-8.5, 0.2 M Mg(CH3CHOO)2, PEG 3350 5-25%	分辨率 2.75 Å R-free 0.236
6AR6 Clostridioides difficile toxinB with DLD-4 darpin 提交 2017-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–1799（1796 aa）链 A 1834–2099（266 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
6OQ8 Structure of the GTD domain of Clostridium difficile toxin B in complex with VHH 7F 提交 2019-04-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–542（542 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Tris, pH 8.8, 0.4 M ammonium sulfate, and 24% PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.220
6OQ8 Structure of the GTD domain of Clostridium difficile toxin B in complex with VHH 7F 提交 2019-04-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–542（542 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Tris, pH 8.8, 0.4 M ammonium sulfate, and 24% PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.220
7LOU Crystal structure of Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase in complex with UDP and isofagomine 提交 2021-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–543（542 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IFM 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Ammonium phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.82 Å R-free 0.252
7LOU Crystal structure of Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase in complex with UDP and isofagomine 提交 2021-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–543（542 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IFM 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Ammonium phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.82 Å R-free 0.252
7LOV Crystal structure of Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase in complex with UDP and noeuromycin 提交 2021-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–545（544 aa）	未记录	NOY (2R,3S,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-2,3,4-TRIOL × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；85 mM Sodium Citrate pH 5.6, 170 mM Ammonium Acetate, 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 %(v/v) Glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
7LOV Crystal structure of Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase in complex with UDP and noeuromycin 提交 2021-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–545（544 aa）	未记录	NOY (2R,3S,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-2,3,4-TRIOL × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；85 mM Sodium Citrate pH 5.6, 170 mM Ammonium Acetate, 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 %(v/v) Glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
7ML7 Structural basis for CSPG4 as a receptor for TcdB and a therapeutic target in Clostridioides difficile infection 提交 2021-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1967（1967 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
7N8X Partial C. difficile TcdB and CSPG4 fragment 提交 2021-06-16	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 374–1876（1503 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7N95 state 1 of TcdB and FZD2 at pH5 提交 2021-06-16	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7N97 State 2 of TcdB and FZD2 at pH5 提交 2021-06-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–2366（2365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.10 Å
7N9Q State 3 of TcdB and FZD2 at pH5 提交 2021-06-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–2366（2365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7N9R state 4 of TcdB and FZD2 at pH5 提交 2021-06-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.90 Å
7N9S TcdB and frizzled-2 CRD complex 提交 2021-06-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–2366（2365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.10 Å
7N9Y Full-length TcdB and CSPG4 (401-560) complex 提交 2021-06-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–2366（2365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7S0Y Structures of TcdB in complex with Cdc42 提交 2021-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–540（540 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 11 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium cacodylate (pH 6.6), 2.4 M ammonium sulfate, and 2.5% (v/v) Jeffamine M-600 (pH 7.0)	分辨率 2.79 Å R-free 0.259
7SO5 Novel structural insights for a pair of monoclonal antibodies recognizing non-overlapping epitopes of the glucosyltransferase domain of Clostridium difficile toxin B 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 3–543（541 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS pH 8.2 and 39% polyethylene glycol 400	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
7SO7 Novel structural insights for a pair of monoclonal antibodies recognizing non-overlapping epitopes of the glucosyltransferase domain of Clostridium difficile toxin B 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–538（538 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Na cacodylate, 0.2M CaCl2, 40% PEG400	分辨率 3.59 Å R-free 0.258
7SO7 Novel structural insights for a pair of monoclonal antibodies recognizing non-overlapping epitopes of the glucosyltransferase domain of Clostridium difficile toxin B 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–538（538 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Na cacodylate, 0.2M CaCl2, 40% PEG400	分辨率 3.59 Å R-free 0.258
8QEN cryo-EM structure of apo Clostridioides difficile toxin B 提交 2023-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；100 mM TRIS-HCl pH 7.5 200 mM NaCl 0.002% LMNG 0.0002% CHS 0.0002% GDN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8QEO cryo-EM structure complex of Frizzled-7 and Clostridioides difficile toxin B 提交 2023-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；100 mM TRIS-HCl pH 7.5 200 mM NaCl 0.002% LMNG 0.0002% CHS 0.0002% GDN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
8Y2L The Crystal Structure of Glucosyltransferase TcdB from Clostridioides difficile 提交 2024-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–543（542 aa）链 B 2–543（542 aa）链 C 2–543（542 aa）	突变：Y59C, E244G, S452A 突变：Y59C, E244G, S452A 突变：Y59C, E244G, S452A	MN MANGANESE (II) ION × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.01M RbCl, 0.01M SrAc2, 0.01M CsAc, 0.01M BaAc2, 0.1M BES, TEA pH7.5, 12.5% PEG4,000, 20% 1,2,6- Hexanetriol	分辨率 3.95 Å R-free 0.300
8Y9B TcdB1 in complex with mini-binder 提交 2024-02-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–2366（2366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9BJA C. difficile Tcdb cysteine protease domain in complex with IP6 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 544–797（254 aa）片段：Cysteine protease domain 链 B 544–797（254 aa）片段：Cysteine protease domain	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；0.1 M Tris HCl, pH 8.2, 36% (w/v) PEG2000 monomethyl ether	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
9CM5 CryoEM Strucuture of TcdB in complex with De Novo Minibinder fzd48 提交 2024-07-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2100（2100 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.61 Å
9MF4 De novo designed minibinder complexed with Clostridioides difficile Toxin B 提交 2024-12-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30s preblot incubation on grid. 2-3s blot time.	分辨率 3.02 Å
9NFU CryoEM Structure of De Novo Antibody Fragment scFv 6 with C. difficile Toxin B (TcdB) 提交 2025-02-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2100（2100 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 40 mM Tris/ HCl pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9OHC CryoEM structure of Toxin B (TcdB) from clostridioides difficile complexed with taurochenodeoxycholic acid (TCDCA) 提交 2025-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	TUD TAUROCHENODEOXYCHOLIC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；500 micromolar of TCDCA was added before freezing. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30s preblot incubation on grid. 2-3s blot time.	分辨率 3.28 Å
9OHD CryoEM structure of Toxin B (TcdB) from clostridioides difficile complexed with methyl cholate 提交 2025-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	A1CBA methyl cholate × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；200 micromolar of methyl cholate was added before freezing. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30s preblot incubation on grid. 2-3s blot time.	分辨率 2.87 Å
9OHE CryoEM structure of apo Toxin B (TcdB) from Clostridioides difficile in the closed CROP state 提交 2025-05-04	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；4% DMSO was added before freezing. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30s preblot incubation on grid. 2-3s blot time.	分辨率 3.59 Å
9OHF CryoEM structure of apo Toxin B (TcdB) from Clostridioides difficile in the open CROP state 提交 2025-05-04	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；4% DMSO was added before freezing. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30s preblot incubation on grid. 2-3s blot time.	分辨率 3.19 Å

共 33 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOXB_CLODI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–267； UniProt 1834–2099

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4np4
沉积日期 deposition_date	2013-11-20
结构标题 title	Clostridium difficile toxin B CROP domain in complex with FAB domains of neutralizing antibody bezlotoxumab
关键词 keywords	bezlotoxumab, human antibody, FAB, CROP domain, cytotoxin, short repeat, long repeat, TcdB, receptor binding, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.55 Å
零角强度 I(0) i0	237890000.00
分子量 molecular_weight	122780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	152470 Å³
包络体积 envelope_volume	212150 Å³
水化壳体积 shell_volume	47422 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.5 Å
壳层 Rg shell_rg	43.13 Å
包络 Rg envelope_rg	36.97 Å
形状 Rg shape_rg	37.57 Å
总 Rg total_rg	37.87 Å
总原子数 total_atoms	8673
残基数 n_residues	1133
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.4 Å
Rg (实空间) rg_real	37.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	237900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8959
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.210
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.503
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.892

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Toxin B
分子量 formula_weight	31657.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8686

MGLIYINDSLYYFKPPVNNLITGFVTVGDDKYYFNPINGGAASIGETIIDDKNYYFNQSGVLQTGVFSTEDGFKYFAPANTLDENLEGEAIDFTGKLIIDENIYYFDDNYRGAVEWKELDGEMHYFSPETGKAFKGLNQIGDYKYYFNSDGVMQKGFVSINDNKHYFDDSGVMKVGYTEIDGKHFYFAENGEMQIGVFNTEDGFKYFAHHNEDLGNEEGEEISYSGILNFNNKIYYFDDSFTAVVGWKDLEDGSKYYFDEDTAEAYILEHHHHHH

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	bezlotoxumab heavy chain
分子量 formula_weight	23829.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I

EVQLVQSGAEVKKSGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQMPGKGLEWMGIFYPGDSSTRYSPSFQGQVTISADKSVNTAYLQWSSLKASDTAMYYCARRRNWGNAFDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	bezlotoxumab light chain
分子量 formula_weight	23450.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSTWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4np4h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4np4i_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4np4l1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d4np4l2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d4np4m1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d4np4m2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4np4H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4np4H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4np4I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4np4I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4np4L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4np4L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4np4M01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4np4M02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.413 Å
晶胞边长 b length_b	134.659 Å
晶胞边长 c length_c	102.579 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	42.310 Å
R 因子 r_factor	0.1987
R_work r_work	0.1979
R_free r_free	0.2318

fit	/app/data/saxs_computation/np/4np4/4np4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/np/4np4/4np4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/np/4np4/4np4.dat

Clostridium difficile toxin B CROP domain in complex with FAB domains of neutralizing antibody bezlotoxumab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toxin B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)