4o58

Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/3/1975 (H3N2) influenza hemagglutinin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 191.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

Influenza A virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 其他聚合物 9 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–346 链 B； UniProt 347–522	片段：Hemagglutinin HA1 chain 片段：Hemagglutinin HA2 chain	Fab F045-092 light chain × 3 （P0CG05） Fab F045-092 heavy chain × 3 （S6C4S0） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SO4 SULFATE ION × 42 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；277 K；1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.1, 4% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.75 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4O58	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GMS Crystal structure of heterosubtypic Fab S139/1 in complex with influenza A H3 hemagglutinin 提交 2012-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 28–346（319 aa）片段：UNP residues 28-346 链 B 347–522（176 aa）片段：UNP residues 347-522 链 C 28–346（319 aa）片段：UNP residues 28-346 链 D 347–522（176 aa）片段：UNP residues 347-522 链 E 28–346（319 aa）片段：UNP residues 28-346 链 F 347–522（176 aa）片段：UNP residues 347-522	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 SO4 SULFATE ION × 18 GOL GLYCEROL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 2 M ammonium sulfate, 2% v/v PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.95 Å R-free 0.233
6R0E Structure of F11TCR in complex with DR1 MHC Class II presenting PKYVKQNTLKLAT 提交 2019-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 CCC 323–335（13 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 SO4 SULFATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；0.1 M Na Cacodylate, 0.2 M NH4 SO4, 15 % PEG 8000	分辨率 1.91 Å R-free 0.233
8INR Cryo-EM structure of the alpha-MSH-bound human melanocortin receptor 5 (MC5R)-Gs complex 提交 2023-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–16（16 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
8IOC Cryo-EM structure of the gamma-MSH-bound human melanocortin receptor 3 (MC3R)-Gs complex 提交 2023-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–16（16 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
8IOD Cryo-EM structure of the PG-901-bound human melanocortin receptor 5 (MC5R)-Gs complex 提交 2023-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–16（16 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.59 Å
8JRU Cryo-EM structure of the glucagon receptor bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state 提交 2023-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–16（16 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8JRV Cryo-EM structure of the glucagon receptor bound to glucagon and beta-arrestin 1 提交 2023-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–16（16 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8PJE Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting influenza A virus haemagglutinin (HA)306-318 PKYVKQNTLKLAT 提交 2023-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 323–335（13 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 25 % PEG8000, 15 % Glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.203
8PJE Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting influenza A virus haemagglutinin (HA)306-318 PKYVKQNTLKLAT 提交 2023-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 323–335（13 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 25 % PEG8000, 15 % Glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.203
8PJF Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting P11T->R modified influenza A virus haemagglutinin (HA)306-318 PKYVKQNTLKLAR 提交 2023-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 323–335（13 aa）	突变：T318R	SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1 M MES pH 7.0, 25 % PEG4000, 0.2 M ammonium sulphate	分辨率 1.48 Å R-free 0.192
8PJG F11 TCR in complex with Human Leukocyte Antigen class II allotype DR1 presenting P11T->R modified influenza A virus haemagglutinin (HA)306-318 PKYVKQNTLKLAR 提交 2023-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 323–335（13 aa）	突变：T318R	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5, 15 % PEG8000, 0.2 M ammonium sulphate	分辨率 1.83 Å R-free 0.214
8YH0 A3R-Gi complex bound to NECA 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–16（16 aa）	未记录	NEC N-ETHYL-5'-CARBOXAMIDO ADENOSINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
8YH2 A3R-Gi complex bound to adenosine 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–16（16 aa）	未记录	ADN ADENOSINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
8YH3 A3R-Gi complex bound to m6A 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–16（16 aa）	未记录	6MD N-methyladenosine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8YH5 A3R-Gi complex bound to i6A 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–16（16 aa）	未记录	ZIR N-(3-methylbut-2-en-1-yl)adenosine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
8YH6 A3R-Gi complex bound to namodenoson 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–16（16 aa）	未记录	XS0 namodenoson × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEMA_I75A3
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–323； UniProt 28–346 作者链 B； PDB构建体 1–176； UniProt 347–522

Fab F045-092 light chain

Homo sapiens

UniProt P0CG05

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 其他聚合物 9 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 7–106	片段：Fab F045-092 light chain	Hemagglutinin HA1 chain × 3 （P03435） Hemagglutinin HA2 chain × 3 （P03435） Fab F045-092 heavy chain × 3 （S6C4S0） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SO4 SULFATE ION × 42 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；277 K；1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.1, 4% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.75 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4O58	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3TV3 Crystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody PGT128 in complex with Man9 提交 2011-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–106（106 aa）片段：PGT128 light chain	未记录	GOL GLYCEROL × 4 AML AMYLAMINE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；11% PEG 4000, 0.1M HEPES, 10% isopropanol, 6.5mM Man9, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.29 Å R-free 0.184
3TWC Crystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody PGT127 in complex with Man9 提交 2011-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–106（106 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AML AMYLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；14% PEG 4000, 0.1M HEPES pH, 8.5% isopropanol, 15% glycerol, 6.5mM Man9, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.65 Å R-free 0.215
3TYG Crystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody PGT128 in complex with a glycosylated engineered gp120 outer domain with miniV3 (eODmV3) 提交 2011-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–106（106 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；24% PEG 3350, 0.29M CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.25 Å R-free 0.257
4LLD Structure of wild-type IgG1 antibody heavy chain constant domain 1 and light chain lambda constant domain (IgG1 CH1:Clambda) at 1.19A 提交 2013-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–105（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；35% PEG 4K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.19 Å R-free 0.170
4LLM Structure of redesigned IgG1 first constant and lambda domains (CH1:Clambda constant redesign 1, CRD1) at 1.75A 提交 2013-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–105（105 aa）	突变：K133D, L139F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；294 K；40% PEG 6K + 10mM tri-Sodium Citrate dihydrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.75 Å R-free 0.220
4O5I Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin 提交 2013-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 N 7–106（100 aa）片段：Fab F045-092 light chain 链 P 7–106（100 aa）片段：Fab F045-092 light chain 链 R 7–106（100 aa）片段：Fab F045-092 light chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 400, 30% 1,2-propanediol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 6.50 Å R-free 0.248
4O5I Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin 提交 2013-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 T 7–106（100 aa）片段：Fab F045-092 light chain 链 V 7–106（100 aa）片段：Fab F045-092 light chain 链 X 7–106（100 aa）片段：Fab F045-092 light chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 400, 30% 1,2-propanediol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 6.50 Å R-free 0.248
5IQ7 Crystal structure of 10E8-S74W Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide. 提交 2016-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 9–104（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；40% PEG400, 0.1M NaCitrate, 0.1M Tris-HCl, 7.5	分辨率 3.29 Å R-free 0.282
5IQ9 Crystal structure of 10E8v4 Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide. 提交 2016-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 28–102（75 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG3350, 25% Isopropanol, 0.1M Tris-HCl, 8.5, 10% Jeffamine.	分辨率 2.40 Å R-free 0.236
5IQ9 Crystal structure of 10E8v4 Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide. 提交 2016-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 28–102（75 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG3350, 25% Isopropanol, 0.1M Tris-HCl, 8.5, 10% Jeffamine.	分辨率 2.40 Å R-free 0.236

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LAC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 117–216； UniProt 7–106

Fab F045-092 heavy chain

Homo sapiens

UniProt S6C4S0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 其他聚合物 9 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 161–245	片段：Fab F045-092 heavy chain	Hemagglutinin HA1 chain × 3 （P03435） Hemagglutinin HA2 chain × 3 （P03435） Fab F045-092 light chain × 3 （P0CG05） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 SO4 SULFATE ION × 42 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；277 K；1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.1, 4% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.75 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4O58	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4O5I Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin 提交 2013-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 M 161–245（85 aa）片段：Fab F045-092 heavy chain 链 O 161–245（85 aa）片段：Fab F045-092 heavy chain 链 Q 161–245（85 aa）片段：Fab F045-092 heavy chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 400, 30% 1,2-propanediol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 6.50 Å R-free 0.248
4O5I Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin 提交 2013-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 S 161–245（85 aa）片段：Fab F045-092 heavy chain 链 U 161–245（85 aa）片段：Fab F045-092 heavy chain 链 W 161–245（85 aa）片段：Fab F045-092 heavy chain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 400, 30% 1,2-propanediol, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 6.50 Å R-free 0.248
5UGY Influenza hemagglutinin in complex with a neutralizing antibody 提交 2017-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 138–243（106 aa）片段：Fab 链 I 138–243（106 aa）片段：Fab 链 J 138–243（106 aa）片段：Fab	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2.2 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, 5% PEG400, pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.289
5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 143–247（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 143–247（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 143–247（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 143–247（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 O 143–247（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
5W08 A/Texas/50/2012(H3N2) Influenza hemagglutinin in complex with K03.12 Fab 提交 2017-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 143–247（105 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291.15 K；100 mM sodium citrate/citric acid, pH 5.5, 20% w/v PEG3000	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
6CBJ Crystal Structure of DH270.3 Fab in complex with Man9 提交 2018-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 143–247（105 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；1 M sodium/potassium phosphate, pH 5.6	分辨率 2.85 Å R-free 0.231
6MYY Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 3 Fabs bound, sharpened map 提交 2018-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 D 132–248（117 aa）片段：germline VH gene reverted sequences of VH1-202, which include CDRH1 and CDRH2 along with the mature CDRH3 of VRC01 链 G* 132–248（117 aa）片段：germline VH gene reverted sequences of VH1-202, which include CDRH1 and CDRH2 along with the mature CDRH3 of VRC01 链 H* 132–248（117 aa）片段：germline VH gene reverted sequences of VH1-2*02, which include CDRH1 and CDRH2 along with the mature CDRH3 of VRC01	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6MZJ Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 2 Fabs bound, sharpened map 提交 2018-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 132–248（117 aa）片段：germline VH reverted sequences of VH1-202, which include CDRH1 and CDRH2 along with the mature CDRH3 of VRC01 链 H* 132–248（117 aa）片段：germline VH reverted sequences of VH1-2*02, which include CDRH1 and CDRH2 along with the mature CDRH3 of VRC01	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
6UDK HIV-1 bNAb 1-55 in complex with modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 and 10-1074 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 D 140–249（110 aa）链 H 140–249（110 aa）链 M 140–249（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3.5 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids	分辨率 3.90 Å
6UTA Crystal structure of Z004 iGL Fab in complex with ZIKV EDIII 提交 2019-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 129–249（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；% w/v tryptone, 0.001 M sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.10 Å R-free 0.291
6UTA Crystal structure of Z004 iGL Fab in complex with ZIKV EDIII 提交 2019-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 129–249（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；% w/v tryptone, 0.001 M sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.10 Å R-free 0.291

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S6C4S0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 150–234； UniProt 161–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4o58
沉积日期 deposition_date	2013-12-19
结构标题 title	Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/3/1975 (H3N2) influenza hemagglutinin
关键词 keywords	immunoglobulin, virus attachment and entry, immune recognition, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.04 Å
零角强度 I(0) i0	178264000.00
分子量 molecular_weight	104380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128550 Å³
包络体积 envelope_volume	185640 Å³
水化壳体积 shell_volume	35735 Å³
包络直径 envelope_diameter	199.9 Å
壳层 Rg shell_rg	42.56 Å
包络 Rg envelope_rg	53.50 Å
形状 Rg shape_rg	53.03 Å
总 Rg total_rg	52.63 Å
总原子数 total_atoms	7314
残基数 n_residues	901
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.0 Å
Rg (实空间) rg_real	52.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	177800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6286
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.745
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.163
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5702000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.234; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.183; Smooth: 0.283

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1 chain
分子量 formula_weight	35453.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7390

ADPGATLCLGHHAVPNGTLVKTITNDQIEVTNATELVQSSSTGKICNNPHRILDGINCTLIDALLGDPHCDGFQNEKWDLFVERSKAFSNCYPYDVPDYASLRSLVASSGTLEFINEGFNWTGVTQNGGSSACKRGPDSGFFSRLNWLYKSGSTYPVQNVTMPNNDNSDKLYIWGVHHPSTDKEQTNLYVQASGKVTVSTKRSQQTIIPNVGSRPWVRGLSSRISIYWTIVKPGDILVINSNGNLIAPRGYFKMRTGKSSIMRSDAPIGTCSSECITPNGSIPNDKPFQNVNKITYGACPKYVKQNTLKLATGMRNVPEKQTR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	392809
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2 chain
分子量 formula_weight	20225.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GIFGAIAGFIENGWEGMIDGWYGFRHQNSEGTGQAADLKSTQAAIDQINGKLNRVIEKTNEKFHQIEKEFSEVEGRIQDLEKYVEDTKIDLWSYNAELLVALENQHTIDLTDSEMNKLFEKTRRQLRENAEDMGNGCFKIYHKCDNACIGSIRNGTYDHDVYRDEALNNRFQIKGV

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	392809
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab F045-092 light chain
分子量 formula_weight	22626.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QSVLTQPPSASGTPGQSVTISCSGSRSNIGGNTVNWYQHLPGMAPKLLIYSSNQRSSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLQSEDDADYYCASWDDSLNGVVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fab F045-092 heavy chain
分子量 formula_weight	25719.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGAEVKKPGSSVKVSCRASGTFYKYAINWVRQAPGQGLEWMGGIIPFFGTTNYAQKFQGRLTITADGSTNTAYMQLDSLRSEDTAVYYCAGPSITESHYCLDCAAKDYYYGLDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4o58a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.2 — Influenza hemagglutinin headpiece

结构域编号 domain_id	d4o58a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4o58b_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)
家族 Family family	h.3.1.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)

结构域编号 domain_id	d4o58h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4o58l1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4o58l2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4o58A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain

结构域编号 domain_id	4o58B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4o58H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4o58H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4o58L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4o58L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.101 Å
晶胞边长 b length_b	99.101 Å
晶胞边长 c length_c	336.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	49.022 Å
R 因子 r_factor	0.1798
R_work r_work	0.1774
R_free r_free	0.2237

fit	/app/data/saxs_computation/o5/4o58/4o58.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o5/4o58/4o58.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o5/4o58/4o58.dat

Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/3/1975 (H3N2) influenza hemagglutinin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fab F045-092 light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fab F045-092 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)