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4oio

Crystal structure of Thermus thermophilus pre-insertion substrate complex for de novo transcription initiation

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

UniProt Q5SHR6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 6 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q8RQE8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q8RQE7） DNA directed RNA polymerase sigma factor A × 1 （Q5SKW1） 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*G)-3' × 1 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3' × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 water × 8 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1zyr 1zyr 2a6e 2a6e 2a6h 2a6h 2cw0 2cw0 2o5i 2o5i 2o5j 2o5j

共 95 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_THET8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315 作者链 B； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt Q8RQE9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 6 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q5SHR6） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q8RQE8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q8RQE7） DNA directed RNA polymerase sigma factor A × 1 （Q5SKW1） 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*G)-3' × 1 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3' × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 water × 8 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1smy 1smy 1zyr 1zyr 2a68 2a68 2a69 2a69 2a6e 2a6e 2a6h 2a6h

共 147 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOB_THET8
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–1119； UniProt 1–1119

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt Q8RQE8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 6 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q5SHR6） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q8RQE7） DNA directed RNA polymerase sigma factor A × 1 （Q5SKW1） 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*G)-3' × 1 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3' × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 water × 8 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1smy 1smy 1zyr 1zyr 2a68 2a68 2a69 2a69 2a6e 2a6e 2a6h 2a6h

共 133 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOC_THET8
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–1524； UniProt 1–1524

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt Q8RQE7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 6 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q5SHR6） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q8RQE8） DNA directed RNA polymerase sigma factor A × 1 （Q5SKW1） 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*G)-3' × 1 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3' × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 water × 8 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1zyr 1zyr 2a6e 2a6e 2a6h 2a6h 2be5 2be5 2cw0 2cw0 2o5i 2o5i

共 113 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOZ_THET8
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

DNA directed RNA polymerase sigma factor A

Thermus thermophilus

UniProt Q5SKW1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 6 DNA 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q5SHR6） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q8RQE8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q8RQE7） 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*G)-3' × 1 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3' × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 water × 8 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1zyr 1zyr 2a6e 2a6e 2a6h 2a6h 2be5 2be5 2cw0 2cw0 3dxj 3dxj

共 74 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5SKW1_THET8
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 21–443； UniProt 1–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4oio
沉积日期 deposition_date2014-01-20
结构标题 titleCrystal structure of Thermus thermophilus pre-insertion substrate complex for de novo transcription initiation
关键词 keywords;de novo transcription initiation, substrate complex, transcription initiation, i site, i+1 site, RNA polymerase, DNA/RNA/NTP binding, polymerization of ribonucleotides, nucleoid, TRANSCRIPTION, TRANSFERASE ;; TRANSCRIPTION, TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4oio__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4oio__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4oio__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）51.88 Å
Rg（电子密度）52.75 Å
总 Rg52.71 Å
原子数28425
残基数3516
排除体积505180 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4oio__assembly_1__model_1 octameric （8） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd4oioc_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.29 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
超家族 Superfamily superfamilye.29.1 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
家族 Family familye.29.1.1 — RNA-polymerase beta
结构域编号 domain_idd4oiod_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.29 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
超家族 Superfamily superfamilye.29.1 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
家族 Family familye.29.1.2 — RNA-polymerase beta-prime
结构域编号 domain_idd4oioe_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.143 — RPB6/omega subunit-like
超家族 Superfamily superfamilya.143.1 — RPB6/omega subunit-like
家族 Family familya.143.1.1 — RNA polymerase omega subunit
结构域编号 domain_idd4oiof1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.177 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
超家族 Superfamily superfamilya.177.1 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
家族 Family familya.177.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4oiof2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family familya.4.13.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4oiof3
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family familya.4.13.0 — automated matches

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id4oioA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id4oioA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id4oioB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id4oioB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id4oioC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology270 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6
结构域编号 domain_id4oioC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2
结构域编号 domain_id4oioC04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology150 — Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain
结构域编号 domain_id4oioC05
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id4oioC06
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain
结构域编号 domain_id4oioD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id4oioD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain
结构域编号 domain_id4oioE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega
结构域编号 domain_id4oioF01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1810 —
结构域编号 domain_id4oioF02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id4oioF03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
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7. 引用文献 (1)