SAXSdb — 4oqb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly [ADP-ribose] polymerase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	DNA (26-MER) × 2 ZINC ION × 2 (2Z)-2-{4-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]benzylidene}-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	DNA (26-MER) × 2 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 A； PDB构建体 100–259； UniProt 207–366 作者链 D； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 D； PDB构建体 100–259； UniProt 207–366 作者链 C； PDB构建体 1–497； UniProt 518–1014 作者链 F； PDB构建体 1–497； UniProt 518–1014

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4oqb
沉积日期 deposition_date	2014-02-07
结构标题 title	Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2Z)-2-{4-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]benzylidene}-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide
关键词 keywords	zinc finger, DNA binding, PARP, polymerase, DNA repair, poly(ADP-ribosyl)ation, TRANSFERASE-DNA-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/DNA/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4oqb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4oqb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4oqb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.51 Å
Rg（电子密度）	40.14 Å
总 Rg	40.49 Å
原子数	6424
残基数	730
排除体积	111400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4oqb__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4oqb__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Poly [ADP-ribose] polymerase 1
分子量 formula_weight	30520.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	11775

MAESSDKLYRVEYAKSGRASCKKCSESIPKDSLRMAIMVQSPMFDGKVPHWYHFSCFWKVGHSIRHPDVEVDGFSELRWDDQQKVKKTAEAGGVTGKDIKRKGDEVDGVDEVAKKKSKKEKDKDSKLEKALKAQNDLIWNIKDELKKVCSTNDLKELLIFNKQQVPSGESAILDRVADGMVFGALLPCEECSGQLVFKSDAYYCTGDVTAWTKCMVKTQTPNRKEWVTPKEFREISYLKKLKVKKQDRIFPPETSASVALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Poly [ADP-ribose] polymerase 1
分子量 formula_weight	57035.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.30
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

KSEKRMKLTLKGGAAVDPDSGLEHSAHVLEKGGKVFSATLGLVDIVKGTNSYYKLQLLEDDKENRYWIFRSWGRVGTVIGSNKLEQMPSKEDAIEHFMKLYEEKTGNAWHSKNFTKYPKKFYPLEIDYGQDEEAVKKLTVNPGTKSKLPKPVQDLIKMIFDVESMKKAMVEYEIDLQKMPLGKLSKRQIQAAYSILSEVQQAVSQGSSDSQILDLSNRFYTLIPHDFGMKKPPLLNNADSVQAKVEMLDNLLDIEVAYSLLRGGSDDSSKDPIDVNYEKLKTDIKVVDRDSEEAEIIRKYVKNTHATTHNAYDLEVIDIFKIEREGECQRYKPFKQLHNRRLLWHGSRTTNFAGILSQGLRIAPPEAPVTGYMFGKGIYFADMVSKSANYCHTSQGDPIGLILLGEVALGNMYELKHASHISKLPKGKHSVKGLGKTTPDPSANISLDGVDVPLGTGISSGVNDTSLLYNEYIVYDIAQVNLKYLLKLKFNFKTSLWLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (26-MER)
分子量 formula_weight	7990.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M,N

GCCTACCGGTTCGCGAACCGGTAGGC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(2Z)-2-{4-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]benzylidene}-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide
分子量 formula_weight	394.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4oqbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1740 — first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc finger, PARP-type

结构域编号 domain_id	4oqbC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	228 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4oqbC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	142 — Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain

结构域编号 domain_id	4oqbD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1740 — first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc finger, PARP-type

结构域编号 domain_id	4oqbF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	228 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4oqbF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	142 — Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain

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晶胞边长 a length_a	65.100 Å
晶胞边长 b length_b	113.080 Å
晶胞边长 c length_c	296.230 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.362 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.3231
R_work r_work	0.3217
R_free r_free	0.3490

Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2Z)-2-{4-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]benzylidene}-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly [ADP-ribose] polymerase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4oqb__assembly_1__model_1

4oqb__assembly_1__model_1 | I(q)

4oqb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2Z)-2-{4-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]benzylidene}-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly [ADP-ribose] polymerase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4oqb__assembly_1__model_1

4oqb__assembly_1__model_1 | I(q)

4oqb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)