Poly [ADP-ribose] polymerase 1
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 | 链 A； UniProt 1–97 链 A； UniProt 207–366 链 C； UniProt 518–1014 | 片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999) 片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014) | DNA (26-MER) × 2 ZN ZINC ION × 2 2UT (2Z)-2-{4-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]benzylidene}-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, 6.8% PEG3350, 2% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | 分辨率 3.36 Å R-free 0.349 |
| 2 | 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 | 链 D； UniProt 1–97 链 D； UniProt 207–366 链 F； UniProt 518–1014 | 片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999) 片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014) | DNA (26-MER) × 2 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, 6.8% PEG3350, 2% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | 分辨率 3.36 Å R-free 0.349 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 4OQB | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1UK0 Crystal structure of catalytic domain of human poly(ADP-ribose) polymerase with a novel inhibitor 提交 2003-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–1010（350 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | FRM 2-{3-[4-(4-FLUOROPHENYL)-3,6-DIHYDRO-1(2H)-PYRIDINYL]PROPYL}-8-METHYL-4(3H)-QUINAZOLINONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG400, Ammonium sulphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.246 |
| 1UK0 Crystal structure of catalytic domain of human poly(ADP-ribose) polymerase with a novel inhibitor 提交 2003-08-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–1010（350 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | FRM 2-{3-[4-(4-FLUOROPHENYL)-3,6-DIHYDRO-1(2H)-PYRIDINYL]PROPYL}-8-METHYL-4(3H)-QUINAZOLINONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG400, Ammonium sulphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.246 |
| 1UK1 Crystal structure of human poly(ADP-ribose) polymerase complexed with a potent inhibitor 提交 2003-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–1010（350 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | FRQ 5-FLUORO-1-[4-(4-PHENYL-3,6-DIHYDROPYRIDIN-1(2H)-YL)BUTYL]QUINAZOLINE-2,4(1H,3H)-DIONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG400, Ammonium sulphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 1UK1 Crystal structure of human poly(ADP-ribose) polymerase complexed with a potent inhibitor 提交 2003-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–1010（350 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | FRQ 5-FLUORO-1-[4-(4-PHENYL-3,6-DIHYDROPYRIDIN-1(2H)-YL)BUTYL]QUINAZOLINE-2,4(1H,3H)-DIONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG400, Ammonium sulphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 1WOK Crystal structure of catalytic domain of human poly(ADP-ribose) polymerase complexed with a quinoxaline-type inhibitor 提交 2004-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
661–1010（350 aa）
片段：Catalytic Domain
链 B
661–1010（350 aa）
片段：Catalytic Domain
链 C
661–1010（350 aa）
片段：Catalytic Domain
链 D
661–1010（350 aa）
片段：Catalytic Domain
|
未记录 | CNQ 3-(4-CHLOROPHENYL)QUINOXALINE-5-CARBOXAMIDE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.288 |
| 2COK Solution structure of BRCT domain of poly(ADP-ribose) polymerase-1 提交 2005-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
386–485（100 aa）
片段：BRCA1 C-turminus (BRCT) domain
|
突变：P101S | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.19mM BRCT domain U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2CR9 Solution structure of WGR domain of poly(ADP-ribose) polymerase-1 提交 2005-05-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
517–642（126 aa）
片段：WGR domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.15mM WGR domain U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2CS2 Solution structure of the second Zn-finger domain of poly(ADP-ribose) polymerase-1 提交 2005-05-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
102–222（121 aa）
片段：zf-parp
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1mM zf-PARP domain U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3, 0.1mM ZnCl2; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2JVN Domain C of human PARP-1 提交 2007-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
233–358（126 aa）
片段：Unp residues 233-358
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）260；压力 ambient
NMR样品组成
1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PARP, 250 mM sodium chloride, 10 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L30 Human PARP-1 zinc finger 1 提交 2010-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–108（108 aa）
片段：Finger_1 (UNP residues 1-108)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.201；压力 ambient
NMR样品组成
50 mM [U-99% 2H] TRIS-1, 200 mM sodium chloride-2, 150 uM zinc sulfate-3, 4 mM [U-99% 2H] DTT-4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L31 Human PARP-1 zinc finger 2 提交 2010-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
103–214（112 aa）
片段：Finger_2 (UNP residues 103-214)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.201；压力 ambient
NMR样品组成
50 mM [U-99% 2H] TRIS-1, 200 mM sodium chloride-2, 150 uM zinc sulfate-3, 4 mM [U-99% 2H] DTT-4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2N8A 1H, 13C and 15N chemical shift assignments and solution structure for PARP-1 F1F2 domains in complex with a DNA single-strand break 提交 2015-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–214（214 aa）
片段：residues 1-214
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.0004；压力 ambient
NMR测量条件
pH 7.2；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.0004；压力 ambient
NMR测量条件
pH 7.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
Sample 1: 0.2 mM [U-15N; U-13C; U-2H] PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 9: 0.2 MM PARP-1 1-214,
Sortase ligated, block-labelled sample. (N.B. residues 103 and 104 of WT sequence deleted, additional residues LPETGGG inserted between residues 102 and 105; this sample was not used for making any assignments of residues in this region, which is in the flexible linker between domains). Labelling for residues 1-102 (and LPET of insertion): [2H,15N,13C] back-labeled with Ile, Leu and Val methyl groups labeled as in sample 4a and [1H,13C,15N] Arg residues. Labelling for residues 105-214 (and GGG of insertion): uniform [1H,12C,15N]. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 10: 0.2 MM PARP-1 1-214, Sortase ligated, block-labelled sample. (N.B. residues 103 and 104 of WT sequence deleted, additional residues LPETGGG inserted between residues 102 and 105; this sample was not used for making any assignments of residues in this region, which is in the flexible linker between domains). Labelling for residues 1-102 (and LPET of insertion): [2H,15N,13C] back-labeled with Ile, Leu and Val methyl groups labeled as in sample 4a and [1H,13C,15N] Phe residues. Labelling for residues 105-214 (and GGG of insertion): uniform [1H,12C,15N]. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 11: 0.2 mM see Sample details section PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 12: 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 13: 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 14: 0.2 mM [U-15N; U-13C; U-2H] PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 15: 0.2 mM [U-15N; U-13C; U-2H] PARP-1 1, 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 uM ZnSO4, 200 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 16: 0.2 mM [U-15N; U-13C; U-2H] PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 uM ZnSO4, 200 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 2: 0.2 mM [U-15N; U-13C; U-70% 2H] PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 3: 0.2 mM [U-98% 2H; U-98% 15N] PARP-1 1, 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 4a: 0.2 MM PARP-1 1-214, Uniform [2H,15N,13C], back-labeled with [1H,13C] in the delta-methyl groups of Ile and all methyl groups of Leu and Val residues, using sodium [4-13C, 3,3-2H2] alpha-ketobutyrate and sodium [3- 2H, 4,4'-13C2] alpha-ketoisovalerate as precursors to maximize protonation of methyl groups, for use in NOE experiments; sodium [3-2H, 4,4'-13C2] alpha-ketoisovalerate was prepared from sodium [4,4'-13C2] alpha-ketoisovalerate by exchange with 2H2O at pH 12.5 and 45 C for 3 hrs. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
Sample 4b: 0.2 MM PARP-1 1-214, Uniform [2H,15N,13C], back-labeled with [1H,13C] in the delta-methyl groups of Ile and all methyl groups of Leu and Val residues, using sodium [3,3-2H2,13C4] alpha-ketobutyrate and sodium [3- 2H,13C5] alpha-ketoisovalerate as precursors to produce linear chains of 13C in the sidechains of Val and Leu, for use in assignment experiments to link methyl signals to C-alpha signals. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 5: 0.2 MM PARP-1 1-214, Uniform [2H,15N,13C], back-labeled with [1H,13C] in the methyl groups of Met residues in addition to Ile, Leu and Val methyl groups as in sample 4a. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 6: 0.2 MM PARP-1 1-214, Uniform [2H,15N,13C]; back-labeled with [1H,13C] in the methyl groups of Ile, Leu and Val methyl groups as in sample 4a and [1H,13C,15N] Phe residues. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 7: 0.2 MM PARP-1 1-214, Sortase ligated, block-labelled sample. (N.B. residues 103 and 104 of WT sequence deleted, additional residues LPETGGG inserted between residues 102 and 105; this sample was not used for making any assignments of residues in this region, which is in the flexible linker between domains). Labelling for residues 1-102 (and LPET of insertion): uniform [1H,12C,15N]. Labelling for residues 105-214 (and GGG of insertion): [2H,15N,13C] back-labeled with [1H,13C] Ile, Leu Val and Met methyl groups labeled as in sample 5. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
Sample 8: 0.2 MM PARP-1 1-214,
Sortase ligated, block-labelled sample. (N.B. residues 103 and 104 of WT sequence deleted, additional residues LPETGGG inserted between residues 102 and 105; this sample was not used for making any assignments of residues in this region, which is in the flexible linker between domains). Labelling for residues 1-102 (and LPET of insertion): uniform [1H,12C,15N]. Labelling for residues 105-214 (and GGG of insertion): [2H,15N,13C] back labeled with [1H,13C] Met methyl groups as in sample 5 and [13C,15N,1H] Arg residues. 0.2 mM DNA (45-MER), 50 mM [U-2H] TRIS, 1 mM [U-2H] DTT, 0.1 mM ZnSO4, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2RCW PARP complexed with A620223 提交 2007-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：PARP alpha-helical and PARP catalytic domains
|
未记录 | AAI trans-4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-1-propylpiperidinium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；protein 60mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT
PH 7.5; Well solution contains 1.3 M Ammonium Sulfate, 1.3 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.317 |
| 2RD6 PARP complexed with A861695 提交 2007-09-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；protein 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT, pH 7.5, 2mM A861146. Well solution: 0.8 M NaCl, 1.8 M Ammonium Sulfate. Crystals are soaked in well solution containing 1mM A861695 from 0.1M DMSO stock. Cryoprotectant: 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.308 |
| 2RIQ Crystal Structure of the Third Zinc-binding domain of human PARP-1 提交 2007-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
216–366（151 aa）
片段：Third Zinc-binding domain
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EOH ETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；20% ethanol, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 25 mM NaCl, and 0.5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.230 |
| 3GJW PARP complexed with A968427 提交 2009-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：PARP alpha-helical and catalytic domains
|
突变：V101A | GJW 7-(pyrrolidin-1-ylmethyl)pyrrolo[1,2-a]quinoxalin-4(5H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；Protein Solution: PARP 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT PH 7.5, 2mM A861146, well solution: 0.8 M NaCl, 1.8 M Ammonium Sulfate, Crystals are soaked in well solution containing 1mM A968427 from 0.1 M DMSO stock, Cryoprotectant: 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.276 |
| 3GN7 PARP complexed with A861696 提交 2009-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：PARP alpha-helical and catalytic domains
|
突变：V101A | 3GN 2-[(2S)-2-methylpyrrolidin-2-yl]-1H-benzimidazole-7-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；Protein Solution: PARP 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 MM DTT PH 7.5, 2mM A861146, Well Solution: 0.8 M NaCl, 1.8 M Ammonium Sulfate, Crystals are soaked in well solution containing 1mM A861696 from 0.1 M DMSO stock, Cryoprotectant: 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.271 |
| 3L3L PARP complexed with A906894 提交 2009-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：residues 662-1011
|
突变：V762A | L3L 3-oxo-2-piperidin-4-yl-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；Protein Solution : PARP 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT PH 7.5, 2mM A861146
Well Solution : 0.8 M NaCl, 1.8 M Ammonium Sulfate
Crystals are soaked in well solution containing 1mM A906894 from 0.1 M DMSO stock
Cryoprotectant : 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.285 |
| 3L3L PARP complexed with A906894 提交 2009-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：residues 662-1011
|
突变：V762A | L3L 3-oxo-2-piperidin-4-yl-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；Protein Solution : PARP 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT PH 7.5, 2mM A861146
Well Solution : 0.8 M NaCl, 1.8 M Ammonium Sulfate
Crystals are soaked in well solution containing 1mM A906894 from 0.1 M DMSO stock
Cryoprotectant : 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.285 |
| 3L3M PARP complexed with A927929 提交 2009-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：residues 662-1011
|
突变：V762A | A92 2-{2-fluoro-4-[(2S)-piperidin-2-yl]phenyl}-1H-benzimidazole-7-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；Protein Solution : PARP 60 mg/ml in 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT PH 7.5, 2 mM A861146 Well Solution : 0.8 M NaCl, 1.8M Ammonium Sulfate
Crystals are soaked in well solution containing 1 mM A927929 from 0.1 M DMSO stock
Cryoprotectant : 1.2 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 20 % Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.275 |
| 3OD8 Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 B
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 3OD8 Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 D
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 3OD8 Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 E
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 F
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 3OD8 Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 G
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 H
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.241 |
| 3ODA Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 B
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.245 |
| 3ODA Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 D
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.245 |
| 3ODA Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 E
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 F
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.245 |
| 3ODA Human PARP-1 zinc finger 1 (Zn1) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 G
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
链 H
2–96（95 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 1, Zn1, UNP residues 2-96
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；30% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, 100 mM Tris pH 8.5, 0.1 mM TCEP, 20% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.245 |
| 3ODC Human PARP-1 zinc finger 2 (Zn2) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 A
105–206（102 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 2, Zn2, UNP residues 105-206
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；1.36-1.42 M sodium citrate pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.240 |
| 3ODC Human PARP-1 zinc finger 2 (Zn2) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 B
105–206（102 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 2, Zn2, UNP residues 105-206
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；1.36-1.42 M sodium citrate pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.240 |
| 3ODE Human PARP-1 zinc finger 2 (Zn2) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 A
105–206（102 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 2, Zn2, UNP residues 105-206
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；1.36-1.42 M sodium citrate pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.244 |
| 3ODE Human PARP-1 zinc finger 2 (Zn2) bound to DNA 提交 2010-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric |
链 B
105–206（102 aa）
片段：PARP-1 zinc finger 2, Zn2, UNP residues 105-206
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；1.36-1.42 M sodium citrate pH 6.5, vapor diffusion, temperature 298K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.244 |
| 4AV1 Crystal structure of the human PARP-1 DNA binding domain in complex with DNA 提交 2012-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
5–202（198 aa）
片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 5-202
链 B
5–202（198 aa）
片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 5-202
链 C
5–202（198 aa）
片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 5-202
链 D
5–202（198 aa）
片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 5-202
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
50 MM MES PH 6.5, 6% W/V PEG 1500, 5 MM DTT
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.249 |
| 4DQY Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break 提交 2012-02-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–96（96 aa）
片段：Zinc Finger 1 (Zn1)
链 B
216–366（151 aa）
片段：Zinc Finger 3 (Zn3)
链 C
518–1014（497 aa）
片段：WGR-CAT fragment
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 3350, 10% ethylene glycol, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.304 |
| 4DQY Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break 提交 2012-02-16 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric |
链 D
1–96（96 aa）
片段：Zinc Finger 1 (Zn1)
链 E
216–366（151 aa）
片段：Zinc Finger 3 (Zn3)
链 F
518–1014（497 aa）
片段：WGR-CAT fragment
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；7% Peg 3350, 10% ethylene glycol, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.304 |
| 4GV7 Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0328 提交 2012-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：;Catalytic domain, UNP residues 662-1011'
;
|
未记录 | MEW 2-methylquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1M Bis-tris-propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.286 |
| 4GV7 Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0328 提交 2012-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：;Catalytic domain, UNP residues 662-1011'
;
|
未记录 | MEW 2-methylquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1M Bis-tris-propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.286 |
| 4GV7 Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0328 提交 2012-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
片段：;Catalytic domain, UNP residues 662-1011'
;
|
未记录 | MEW 2-methylquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1M Bis-tris-propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.286 |
| 4GV7 Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0328 提交 2012-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
片段：;Catalytic domain, UNP residues 662-1011'
;
|
未记录 | MEW 2-methylquinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1M Bis-tris-propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.286 |
| 4HHY Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15R (9aR)-1-[(1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}piperidin-4-yl)carbonyl]-1,2,3,8,9,9a-hexahydro-7H-benzo[de][1,7]naphthyridin-7-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.299 |
| 4HHY Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15R (9aR)-1-[(1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}piperidin-4-yl)carbonyl]-1,2,3,8,9,9a-hexahydro-7H-benzo[de][1,7]naphthyridin-7-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.299 |
| 4HHY Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15R (9aR)-1-[(1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}piperidin-4-yl)carbonyl]-1,2,3,8,9,9a-hexahydro-7H-benzo[de][1,7]naphthyridin-7-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.299 |
| 4HHY Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15R (9aR)-1-[(1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}piperidin-4-yl)carbonyl]-1,2,3,8,9,9a-hexahydro-7H-benzo[de][1,7]naphthyridin-7-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.299 |
| 4HHZ Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15S N-{(2S)-1-[4-(4-fluorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]-1-oxopropan-2-yl}-2-[(9aR)-7-oxo-2,3,7,8,9,9a-hexahydro-1H-benzo[de][1,7]naphthyridin-1-yl]acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.275 |
| 4HHZ Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15S N-{(2S)-1-[4-(4-fluorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]-1-oxopropan-2-yl}-2-[(9aR)-7-oxo-2,3,7,8,9,9a-hexahydro-1H-benzo[de][1,7]naphthyridin-1-yl]acetamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.275 |
| 4HHZ Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15S N-{(2S)-1-[4-(4-fluorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]-1-oxopropan-2-yl}-2-[(9aR)-7-oxo-2,3,7,8,9,9a-hexahydro-1H-benzo[de][1,7]naphthyridin-1-yl]acetamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.275 |
| 4HHZ Crystal structure of PARP catalytic domain in complex with novel inhibitors 提交 2012-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
660–1011（352 aa）
片段：UNP Residues 660-1101
|
未记录 | 15S N-{(2S)-1-[4-(4-fluorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]-1-oxopropan-2-yl}-2-[(9aR)-7-oxo-2,3,7,8,9,9a-hexahydro-1H-benzo[de][1,7]naphthyridin-1-yl]acetamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M TRIS pH 8.0, 1% PEG400, 1.9M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.275 |
| 4L6S PARP complexed with benzo[1,4]oxazin-3-one inhibitor 提交 2013-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：unp residues 662-1011
|
突变：V762A | 1WQ (2S)-6-{[4-(4-chlorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]methyl}-2-methyl-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.4M tri-sodium citrate, 0.1M HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.234 |
| 4L6S PARP complexed with benzo[1,4]oxazin-3-one inhibitor 提交 2013-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：unp residues 662-1011
|
突变：V762A | 1WQ (2S)-6-{[4-(4-chlorophenyl)-3,6-dihydropyridin-1(2H)-yl]methyl}-2-methyl-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.4M tri-sodium citrate, 0.1M HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.234 |
| 4OPX Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2R)-5-fluoro-2-methyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide 提交 2014-02-06 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–97（97 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 A
207–366（160 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 C
518–1014（497 aa）
片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 2UR (2R)-5-fluoro-2-methyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.325 |
| 4OPX Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2R)-5-fluoro-2-methyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide 提交 2014-02-06 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–97（97 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 D
207–366（160 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 F
518–1014（497 aa）
片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.325 |
| 4OQA Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2Z)-2-(2,4-dihydroxybenzylidene)-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide 提交 2014-02-07 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–97（97 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 A
207–366（160 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 C
518–1014（497 aa）
片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 2US (2Z)-2-(2,4-dihydroxybenzylidene)-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, 6.8% PEG3350, 2% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.334 |
| 4OQA Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2Z)-2-(2,4-dihydroxybenzylidene)-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide 提交 2014-02-07 | 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–97（97 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 D
207–366（160 aa）
片段：N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999)
链 F
518–1014（497 aa）
片段：C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, 6.8% PEG3350, 2% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.334 |
| 4PJT Structure of PARP1 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：PARP1 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；2.1 M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS, PH 7.2
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.228 |
| 4PJT Structure of PARP1 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：PARP1 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；2.1 M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS, PH 7.2
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.228 |
| 4PJT Structure of PARP1 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
片段：PARP1 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；2.1 M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS, PH 7.2
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.228 |
| 4PJT Structure of PARP1 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
片段：PARP1 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；2.1 M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS, PH 7.2
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.228 |
| 4R5W Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor xav939 提交 2014-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic Domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 XAV 2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-7,8-dihydro-5H-thiopyrano[4,3-d]pyrimidin-4-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；21% PEG-3350, 0.17M Ammonium Sulfate, 0.09M Bis-Tris, 1mM XAV939, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.245 |
| 4R5W Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor xav939 提交 2014-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic Domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 XAV 2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-7,8-dihydro-5H-thiopyrano[4,3-d]pyrimidin-4-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；21% PEG-3350, 0.17M Ammonium Sulfate, 0.09M Bis-Tris, 1mM XAV939, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.245 |
| 4R6E Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor niraparib 提交 2014-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG-3350, 0.16M Ammonium Sulfate, 0.08M Bis-Tris, 0.001M Niraparib, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.218 |
| 4R6E Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor niraparib 提交 2014-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG-3350, 0.16M Ammonium Sulfate, 0.08M Bis-Tris, 0.001M Niraparib, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.218 |
| 4R6E Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor niraparib 提交 2014-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG-3350, 0.16M Ammonium Sulfate, 0.08M Bis-Tris, 0.001M Niraparib, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.218 |
| 4R6E Human artd1 (parp1) - catalytic domain in complex with inhibitor niraparib 提交 2014-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG-3350, 0.16M Ammonium Sulfate, 0.08M Bis-Tris, 0.001M Niraparib, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.218 |
| 4RV6 Human ARTD1 (PARP1) catalytic domain in complex with inhibitor Rucaparib 提交 2014-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic PARP domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 RPB Rucaparib × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；277 K；27% PEG3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 1mM Rucaparib, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.212 |
| 4RV6 Human ARTD1 (PARP1) catalytic domain in complex with inhibitor Rucaparib 提交 2014-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic PARP domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 RPB Rucaparib × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；277 K；27% PEG3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 1mM Rucaparib, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.212 |
| 4RV6 Human ARTD1 (PARP1) catalytic domain in complex with inhibitor Rucaparib 提交 2014-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic PARP domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；277 K；27% PEG3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 1mM Rucaparib, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.212 |
| 4RV6 Human ARTD1 (PARP1) catalytic domain in complex with inhibitor Rucaparib 提交 2014-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
片段：Catalytic PARP domain (UNP residues 662-1011)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；277 K；27% PEG3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 1mM Rucaparib, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.212 |
| 4UND HUMAN ARTD1 (PARP1) - CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH INHIBITOR TALAZOPARIB 提交 2014-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 662-1011
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.6；39% PEGMME2000, 0.2M KSCN, 0.1M HEPES, pH 6.6
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.246 |
| 4UND HUMAN ARTD1 (PARP1) - CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH INHIBITOR TALAZOPARIB 提交 2014-05-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 662-1011
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.6；39% PEGMME2000, 0.2M KSCN, 0.1M HEPES, pH 6.6
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.246 |
| 4UXB Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor PJ34 提交 2014-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 662-1011
|
未记录 | P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；25% PEG3350 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 1MM PJ34
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.273 |
| 4UXB Human ARTD1 (PARP1) - Catalytic domain in complex with inhibitor PJ34 提交 2014-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 662-1011
|
未记录 | P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；25% PEG3350 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 1MM PJ34
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.273 |
| 4XHU The complex structure of Timeless_PAB and PARP-1_catalytic domain 提交 2015-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
661–1014（354 aa）
片段：UNP RESIDUES 661-1014
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；200mM sodium acetate
100mM calcium cacodylate
15% PEG8000
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.210 |
| 4XHU The complex structure of Timeless_PAB and PARP-1_catalytic domain 提交 2015-01-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
661–1014（354 aa）
片段：UNP RESIDUES 661-1014
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；200mM sodium acetate
100mM calcium cacodylate
15% PEG8000
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.210 |
| 4ZZZ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to an isoindolinone inhibitor 提交 2015-04-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
655–1014（360 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 665-1014
链 B
655–1014（360 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 665-1014
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 FSU 2-(3-methoxypropyl)-3-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
277 K；2M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG400 0.1 M TRIS PH 8.0, TEMPERATURE 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.265 |
| 5A00 Structure of human PARP1 catalytic domain bound to an isoindolinone inhibitor 提交 2015-04-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
655–1014（360 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 665-1014
|
未记录 | D7N 2-[1-(4,4-Difluorocyclohexyl)-piperidin-4-yl]-6-fluoro-3-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
277 K；2M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG400 0.1 M TRIS PH 8.0 TEMPERATURE 277K -
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.280 |
| 5DS3 Crystal structure of constitutively active PARP-1 提交 2015-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 788-1012)
|
未记录 | 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.251 |
| 5HA9 Crystal structure-based design and disovery of a novel PARP1 antiagonist (BL-PA10) that induces apoptosis and inhibits metastasis in triple negative breast cancer 提交 2015-12-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：UNP RESIDUES 662-1011
链 B
662–1011（350 aa）
片段：UNP RESIDUES 662-1011
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 6 TP0 Amitriptyline × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；2.1 M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 4.01 Å R-free 0.358 |
| 5KPN Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WX 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-propyl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.293 |
| 5KPN Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WX 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-propyl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.293 |
| 5KPO Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WY 1-[[3-(4-ethyl-3-oxidanylidene-piperazin-1-yl)carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.303 |
| 5KPO Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WY 1-[[3-(4-ethyl-3-oxidanylidene-piperazin-1-yl)carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.303 |
| 5KPP Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WZ 1-[[4-fluoranyl-3-[(3R)-3-methyl-4-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.284 |
| 5KPP Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6WZ 1-[[4-fluoranyl-3-[(3R)-3-methyl-4-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.284 |
| 5KPQ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6X2 1-[[4-fluoranyl-3-[(3R)-3-methyl-4-propyl-piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.282 |
| 5KPQ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-07-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 6X2 1-[[4-fluoranyl-3-[(3R)-3-methyl-4-propyl-piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.282 |
| 5WRQ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7TX 5-[[2,4-bis(oxidanylidene)quinazolin-1-yl]methyl]-2-fluoranyl-N-[(3R)-1-(3-methylbutyl)pyrrolidin-3-yl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.297 |
| 5WRQ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7TX 5-[[2,4-bis(oxidanylidene)quinazolin-1-yl]methyl]-2-fluoranyl-N-[(3R)-1-(3-methylbutyl)pyrrolidin-3-yl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.297 |
| 5WRY Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 4YR N-[(3R)-1-(cyclopropylmethyl)pyrrolidin-3-yl]-5-[(2,4-dioxo-3,4-dihydroquinazolin-1(2H)-yl)methyl]-2-fluorobenzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.275 |
| 5WRY Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 4YR N-[(3R)-1-(cyclopropylmethyl)pyrrolidin-3-yl]-5-[(2,4-dioxo-3,4-dihydroquinazolin-1(2H)-yl)methyl]-2-fluorobenzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.275 |
| 5WRZ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a phthalazinone inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U3 7-fluoranyl-4-[[(3R)-pyrrolidin-3-yl]methoxy]-2H-phthalazin-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.280 |
| 5WRZ Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a phthalazinone inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U3 7-fluoranyl-4-[[(3R)-pyrrolidin-3-yl]methoxy]-2H-phthalazin-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.280 |
| 5WS0 Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a benzoimidazole inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U6 2-piperazin-1-ylcarbonyl-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.277 |
| 5WS0 Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a benzoimidazole inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U6 2-piperazin-1-ylcarbonyl-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.277 |
| 5WS1 Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a benzoimidazole inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U9 2-[(3R)-3-azanylpyrrolidin-1-yl]carbonyl-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.273 |
| 5WS1 Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a benzoimidazole inhibitor 提交 2016-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7U9 2-[(3R)-3-azanylpyrrolidin-1-yl]carbonyl-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.273 |
| 5WTC Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7UL 1-[[4-fluoranyl-3-[4-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.266 |
| 5WTC Structure of human PARP1 catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2016-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain, UNP residues 662-1011
|
突变：V762A | 7UL 1-[[4-fluoranyl-3-[4-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]piperazin-1-yl]carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.266 |
| 5XSR novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：UNP residues 660-1011
|
未记录 | 8EC 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrothieno[2,3-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；80mM NaCl, 1.9M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.233 |
| 5XST novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1010（349 aa）
片段：UNP residues 662-1011
|
未记录 | 8E6 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrothieno[3,2-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；80mM NaCl, 1.9M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.236 |
| 5XSU novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：UNP residues 660-1011
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 8E3 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrofuro[2,3-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 1% PEG400, 2.1M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.274 |
| 5XSU novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：UNP residues 660-1011
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 8E3 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrofuro[2,3-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 1% PEG400, 2.1M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.274 |
| 5XSU novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
片段：UNP residues 660-1011
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 8E3 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrofuro[2,3-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 1% PEG400, 2.1M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.274 |
| 5XSU novel orally efficacious inhibitors complexed with PARP1 提交 2017-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
片段：UNP residues 660-1011
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 8E3 6-fluoranyl-2-(4,5,6,7-tetrahydrofuro[2,3-c]pyridin-2-yl)-1~{H}-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 1% PEG400, 2.1M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.274 |
| 6BHV Human PARP-1 bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide (BAD) 提交 2017-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PARP-1 CATdeltaHD (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |
| 6BHV Human PARP-1 bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide (BAD) 提交 2017-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
788–1012（225 aa）
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PARP-1 CATdeltaHD (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |
| 6BHV Human PARP-1 bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide (BAD) 提交 2017-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
788–1012（225 aa）
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PARP-1 CATdeltaHD (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |
| 6BHV Human PARP-1 bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide (BAD) 提交 2017-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
788–1012（225 aa）
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PARP-1 CATdeltaHD (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.222 |
| 6GHK Human PARP1 (ARTD1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0527 提交 2018-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1012（351 aa）
|
未记录 | EZ2 ~{N}-[(1~{R})-1-(4-imidazol-1-ylphenyl)ethyl]-3-(4-oxidanylidene-1~{H}-quinazolin-2-yl)propanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；22.5% PEG 3350, 0.18M ammonium sulfate, 0.09M Bis-Tris
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.227 |
| 6GHK Human PARP1 (ARTD1) - Catalytic domain in complex with inhibitor ME0527 提交 2018-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1012（351 aa）
|
未记录 | EZ2 ~{N}-[(1~{R})-1-(4-imidazol-1-ylphenyl)ethyl]-3-(4-oxidanylidene-1~{H}-quinazolin-2-yl)propanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；22.5% PEG 3350, 0.18M ammonium sulfate, 0.09M Bis-Tris
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.227 |
| 6M3I Crystal structure of HPF1/PARP1 complex 提交 2020-03-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
788–1014（227 aa）
|
未记录 | UNU BENZAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；300 K；0.1 M Tris-pH 7.0, 0.2 M magnesium formate dehydrate, 20% w/v PEG 3350.
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.206 |
| 6NRF Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound to inhibitor UTT103 提交 2019-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 KYV 2-({4-[4-(1H-benzimidazol-2-yl)piperazine-1-carbonyl]phenyl}methyl)-3-hydroxy-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate or sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.231 |
| 6NRG Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound to inhibitor UTT57 提交 2019-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | KYY 2-{[3-fluoro-4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]methyl}-3-hydroxy-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate or sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.182 |
| 6NRH Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound inhibitor UTT63 提交 2019-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | KYP 3-hydroxy-2-({4-[4-(pyrimidin-2-yl)piperazine-1-carbonyl]phenyl}methyl)-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate or sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.158 |
| 6NRI Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound to inhibitor UTT83 提交 2019-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | KYM (2Z)-2-{[4-(3-cyclopropyl-5,6-dihydro[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrazine-7(8H)-carbonyl)phenyl]methylidene}-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 CIT CITRIC ACID × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate or sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.237 |
| 6NRJ Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound to inhibitor UTT93 提交 2019-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | KYJ (2Z)-2-[(4-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]carbamoyl}phenyl)methylidene]-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate or sodium citrate, 100 mM Hepes pH 7.5
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.191 |
| 6NTU Crystal Structure of human PARP-1 ART domain bound to inhibitor UKTT-15 提交 2019-01-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 L1S methyl 2-{4-[4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)benzene-1-carbonyl]piperazin-1-yl}pyrimidine-5-carboxylate × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.6；298 K；~20% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 10% DMSO (plus 20% sucrose in cryo), 100 mM sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.186 |
| 6VKK Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor rucaparib 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | RPB Rucaparib × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.261 |
| 6VKK Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor rucaparib 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | RPB Rucaparib × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.261 |
| 6VKK Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor rucaparib 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | RPB Rucaparib × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.261 |
| 6VKK Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor rucaparib 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | RPB Rucaparib × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.261 |
| 6VKO Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor UKTT15 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | L1S methyl 2-{4-[4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)benzene-1-carbonyl]piperazin-1-yl}pyrimidine-5-carboxylate × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；2M Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 6VKO Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor UKTT15 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | L1S methyl 2-{4-[4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)benzene-1-carbonyl]piperazin-1-yl}pyrimidine-5-carboxylate × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；2M Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 6VKO Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor UKTT15 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | L1S methyl 2-{4-[4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)benzene-1-carbonyl]piperazin-1-yl}pyrimidine-5-carboxylate × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；2M Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 6VKO Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor UKTT15 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | L1S methyl 2-{4-[4-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)benzene-1-carbonyl]piperazin-1-yl}pyrimidine-5-carboxylate × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；2M Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.312 |
| 6VKQ Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor EB-47 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris pH 8
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.353 |
| 6VKQ Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor EB-47 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris pH 8
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.353 |
| 6VKQ Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor EB-47 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris pH 8
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.353 |
| 6VKQ Crystal Structure of human PARP-1 CAT domain bound to inhibitor EB-47 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
661–1011（351 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2M Ammonium Sulfate, 5% PEG 400, 100 mM Tris pH 8
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.353 |
| 6XVW Catalytic domain of human PARP-1 in complex with the inhibitor MC2050 提交 2020-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
663–1014（352 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 O3H 2-[2-(4-pyridin-2-ylpiperazin-1-yl)ethylsulfanyl]-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M TRIS pH 8.5, 20% (w/w) PEG 2.000 MME, 0.01 M NiCl2
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.265 |
| 6XVW Catalytic domain of human PARP-1 in complex with the inhibitor MC2050 提交 2020-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
663–1014（352 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 O3H 2-[2-(4-pyridin-2-ylpiperazin-1-yl)ethylsulfanyl]-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M TRIS pH 8.5, 20% (w/w) PEG 2.000 MME, 0.01 M NiCl2
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.265 |
| 7AAA Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 (apo) 提交 2020-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.45 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.227 |
| 7AAA Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 (apo) 提交 2020-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | SO4 SULFATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.45 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.227 |
| 7AAB Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with inhibitor EB-47 提交 2020-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；0.4 M ammonium sulfate, 25 % PEG3350, 0.1 M PCTP pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.224 |
| 7AAB Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with inhibitor EB-47 提交 2020-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；0.4 M ammonium sulfate, 25 % PEG3350, 0.1 M PCTP pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.224 |
| 7AAC Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with veliparib 提交 2020-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.242 |
| 7AAC Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with veliparib 提交 2020-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.242 |
| 7AAD Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with olaparib 提交 2020-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.254 |
| 7AAD Crystal structure of the catalytic domain of human PARP1 in complex with olaparib 提交 2020-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.254 |
| 7CMW Complex structure of PARP1 catalytic domain with pamiparib 提交 2020-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
突变：V762A | DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.2 M DL-malic acid pH 7.0,
0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.258 |
| 7CMW Complex structure of PARP1 catalytic domain with pamiparib 提交 2020-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
突变：V762A | DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.2 M DL-malic acid pH 7.0,
0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.258 |
| 7KK2 Structure of the catalytic domain of PARP1 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；Buffer: 0.1 M bicine (pH 9.00)
Precipitant: 2.4 M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK2 Structure of the catalytic domain of PARP1 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；Buffer: 0.1 M bicine (pH 9.00)
Precipitant: 2.4 M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK3 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with talazoparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Buffer: 0.1 M Sodium Citrate (pH 5.60)
Salt: 1.0 M ammonium formate
Precipitant: 23.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.259 |
| 7KK3 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with talazoparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Buffer: 0.1 M Sodium Citrate (pH 5.60)
Salt: 1.0 M ammonium formate
Precipitant: 23.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.259 |
| 7KK3 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with talazoparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Buffer: 0.1 M Sodium Citrate (pH 5.60)
Salt: 1.0 M ammonium formate
Precipitant: 23.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.259 |
| 7KK3 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with talazoparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Buffer: 0.1 M Sodium Citrate (pH 5.60)
Salt: 1.0 M ammonium formate
Precipitant: 23.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.259 |
| 7KK4 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with olaparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate
Buffer: 0.1 M Tris (pH 8.50)
Precipitant: 30.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.266 |
| 7KK4 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with olaparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate
Buffer: 0.1 M Tris (pH 8.50)
Precipitant: 30.0 %w/v PEG 4000
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.266 |
| 7KK5 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with niraparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Ammonium sulfate
Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.50)
Precipitant: 25.0 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK5 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with niraparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Ammonium sulfate
Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.50)
Precipitant: 25.0 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK5 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with niraparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Ammonium sulfate
Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.50)
Precipitant: 25.0 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK5 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with niraparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Salt: 0.2 M Ammonium sulfate
Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.50)
Precipitant: 25.0 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.238 |
| 7KK6 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with veliparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.00)
Precipitant: 3.0 M Ammonium sulfate
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.271 |
| 7KK6 Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with veliparib 提交 2020-10-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.00)
Precipitant: 3.0 M Ammonium sulfate
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.271 |
| 7ONR PARP1 catalytic domain in complex with 8-chloroquinazolinone-based inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKW 8-chloranyl-2-[3-[4-(1,5-dimethylimidazol-2-yl)piperazin-1-yl]propyl]-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-sodium citrate, 0.1 M PCTP pH 9.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.213 |
| 7ONR PARP1 catalytic domain in complex with 8-chloroquinazolinone-based inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKW 8-chloranyl-2-[3-[4-(1,5-dimethylimidazol-2-yl)piperazin-1-yl]propyl]-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.2 M tri-sodium citrate, 0.1 M PCTP pH 9.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.213 |
| 7ONS PARP1 catalytic domain in complex with isoquinolone-based inhibitor (compound 16) 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKT 7-[[4-(1,5-dimethylimidazol-2-yl)piperazin-1-yl]methyl]-3-ethyl-1~{H}-quinolin-2-one × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.223 |
| 7ONS PARP1 catalytic domain in complex with isoquinolone-based inhibitor (compound 16) 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKT 7-[[4-(1,5-dimethylimidazol-2-yl)piperazin-1-yl]methyl]-3-ethyl-1~{H}-quinolin-2-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.223 |
| 7ONT PARP1 catalytic domain in complex with a selective pyridine carboxamide-based inhibitor (compound 22) 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKQ 5-[4-[(3-ethyl-2-oxidanylidene-1~{H}-quinolin-7-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.244 |
| 7ONT PARP1 catalytic domain in complex with a selective pyridine carboxamide-based inhibitor (compound 22) 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
突变：V762A | VKQ 5-[4-[(3-ethyl-2-oxidanylidene-1~{H}-quinolin-7-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.244 |
| 7S68 Structure of human PARP1 domains (Zn1, Zn3, WGR and HD) bound to a DNA double strand break. 提交 2021-09-13 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–95（95 aa）
链 A
206–366（161 aa）
链 B
527–786（260 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 8000, ethylene glycol, HEPES pH 7.5
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.292 |
| 7S6H Human PARP1 deltaV687-E688 bound to NAD+ analog EB-47 and to a DNA double strand break. 提交 2021-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–95（95 aa）
链 A
206–366（161 aa）
链 B
518–1014（497 aa）
|
突变：DeltaV687-E688 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 6000, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.251 |
| 7S6H Human PARP1 deltaV687-E688 bound to NAD+ analog EB-47 and to a DNA double strand break. 提交 2021-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–95（95 aa）
链 C
206–366（161 aa）
链 D
518–1014（497 aa）
|
突变：DeltaV687-E688 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 6000, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.251 |
| 7S6M Human PARP1 deltaV687-E688 bound to a DNA double strand break. 提交 2021-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–95（95 aa）
链 C
206–366（161 aa）
链 D
518–1014（497 aa）
|
突变：deltaV687-E688 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 6000, MES pH 6.5
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.239 |
| 7S6M Human PARP1 deltaV687-E688 bound to a DNA double strand break. 提交 2021-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–95（95 aa）
链 A
206–366（161 aa）
链 B
518–1014（497 aa）
|
突变：deltaV687-E688 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 6000, MES pH 6.5
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.239 |
| 7S81 Structure of human PARP1 domains (Zn1, Zn3, WGR, HD) bound to a DNA double strand break. 提交 2021-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric |
链 I
1–96（96 aa）
片段：first zinc finger (Zn1)
链 J
216–366（151 aa）
片段：third zinc finger (Zn3)
链 K
527–786（260 aa）
片段：WGR domain and helical domain (HD)
链 N
1–96（96 aa）
片段：first zinc finger (Zn1)
链 O
216–366（151 aa）
片段：third zinc finger (Zn3)
链 P
527–786（260 aa）
片段：WGR domain and helical domain (HD)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tert-butanol, Tris pH 8.5
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.312 |
| 7S81 Structure of human PARP1 domains (Zn1, Zn3, WGR, HD) bound to a DNA double strand break. 提交 2021-09-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric |
链 A
1–96（96 aa）
片段：first zinc finger (Zn1)
链 B
216–366（151 aa）
片段：third zinc finger (Zn3)
链 C
527–786（260 aa）
片段：WGR domain and helical domain (HD)
链 F
1–96（96 aa）
片段：first zinc finger (Zn1)
链 G
216–366（151 aa）
片段：third zinc finger (Zn3)
链 H
527–786（260 aa）
片段：WGR domain and helical domain (HD)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tert-butanol, Tris pH 8.5
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.312 |
| 7SCY Nuc147 bound to single BRCT 提交 2021-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
385–492（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7SCZ Nuc147 bound to multiple BRCTs 提交 2021-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
385–492（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8FYY Crystal structure of human PARP1 ART domain bound to inhibitor UKTT5 (compound 10) 提交 2023-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–677（17 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | YH0 2-(4-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]carbamoyl}phenyl)-1H-benzimidazole-7-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.273 |
| 8FYZ Crystal structure of human PARP1 ART domain bound to inhibitor UKTT10 (compound 13) 提交 2023-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–677（17 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CIT CITRIC ACID × 1 YNQ (2P)-2-{3-[(4R)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrazine-7(8H)-carbonyl]phenyl}-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.267 |
| 8FYZ Crystal structure of human PARP1 ART domain bound to inhibitor UKTT10 (compound 13) 提交 2023-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–677（17 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
链 B
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 YNQ (2P)-2-{3-[(4R)-3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydro[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrazine-7(8H)-carbonyl]phenyl}-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.267 |
| 8FZ1 Crystal structure of human PARP1 ART domain bound to inhibitor UKTT22 (compound 14) 提交 2023-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
661–677（17 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 YVB (2P)-2-{3-[(2-amino-4,5-dimethylphenyl)carbamoyl]phenyl}-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.231 |
| 8FZ1 Crystal structure of human PARP1 ART domain bound to inhibitor UKTT22 (compound 14) 提交 2023-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
661–677（17 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
链 B
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain,ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | CIT CITRIC ACID × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 YVB (2P)-2-{3-[(2-amino-4,5-dimethylphenyl)carbamoyl]phenyl}-1H-benzimidazole-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.231 |
| 8G0H Human PARP1 deltaV687-E688 bound to UKTT5 (compound 10) and to a DNA double strand break. 提交 2023-01-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–95（95 aa）
链 C
206–366（161 aa）
链 D
518–1014（497 aa）
|
未记录 | YH0 2-(4-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]carbamoyl}phenyl)-1H-benzimidazole-7-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG6000 and 100 mM MES pH 6.5
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.306 |
| 8G0H Human PARP1 deltaV687-E688 bound to UKTT5 (compound 10) and to a DNA double strand break. 提交 2023-01-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–95（95 aa）
链 A
206–366（161 aa）
链 B
518–1014（497 aa）
|
未记录 | YH0 2-(4-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]carbamoyl}phenyl)-1H-benzimidazole-7-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG6000 and 100 mM MES pH 6.5
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.306 |
| 8HE7 ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2022-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 1WI 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-pentan-3-yl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M (NH4)2SO4, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.250 |
| 8HE7 ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2022-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 1WI 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-pentan-3-yl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M (NH4)2SO4, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.250 |
| 8HLR Human ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to Fluzoparib (SHR3162) 提交 2022-11-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 25I Fluzoparib × 1 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.288 |
| 8HLR Human ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to Fluzoparib (SHR3162) 提交 2022-11-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | 25I Fluzoparib × 1 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.288 |
| 8JNZ Human ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a pyrazolopyrimidine carboxamide inhibitor 提交 2023-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | ERV 6-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.278 |
| 8JNZ Human ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a pyrazolopyrimidine carboxamide inhibitor 提交 2023-06-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | ERV 6-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.278 |
| 8U4W The crystal structure of a helical domain deleted PARP1 in complex with isoindolinone based inhibitor. 提交 2023-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–677（16 aa）
链 A
788–1011（224 aa）
|
突变：Y829H 突变：Y829H | VHU (4M)-4-(2-{4-[(3S)-1-acetylpiperidine-3-carbonyl]piperazine-1-carbonyl}-1-benzofuran-7-yl)-1H-isoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；35% PEG2000 MME, 0.2M KSC and 0.1M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.292 |
| 8U4W The crystal structure of a helical domain deleted PARP1 in complex with isoindolinone based inhibitor. 提交 2023-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–677（16 aa）
链 B
788–1011（224 aa）
|
突变：Y829H 突变：Y829H | VHU (4M)-4-(2-{4-[(3S)-1-acetylpiperidine-3-carbonyl]piperazine-1-carbonyl}-1-benzofuran-7-yl)-1H-isoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；35% PEG2000 MME, 0.2M KSC and 0.1M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.292 |
| 8U4W The crystal structure of a helical domain deleted PARP1 in complex with isoindolinone based inhibitor. 提交 2023-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
662–677（16 aa）
链 C
788–1011（224 aa）
|
突变：Y829H 突变：Y829H | VHU (4M)-4-(2-{4-[(3S)-1-acetylpiperidine-3-carbonyl]piperazine-1-carbonyl}-1-benzofuran-7-yl)-1H-isoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；35% PEG2000 MME, 0.2M KSC and 0.1M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.292 |
| 8U4W The crystal structure of a helical domain deleted PARP1 in complex with isoindolinone based inhibitor. 提交 2023-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
662–677（16 aa）
链 D
788–1011（224 aa）
|
突变：Y829H 突变：Y829H | VHU (4M)-4-(2-{4-[(3S)-1-acetylpiperidine-3-carbonyl]piperazine-1-carbonyl}-1-benzofuran-7-yl)-1H-isoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；35% PEG2000 MME, 0.2M KSC and 0.1M HEPES pH 7.0
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.292 |
| 8VYH Crystal Structure Analysis of PARP1 in complex with a compound 提交 2024-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
660–1011（352 aa）
片段：residues 660-1011
|
未记录 | A1AEO (4S)-1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}-4-hydroxy-L-proline × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG-4000, 200 mM Lithium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.250 |
| 8VYH Crystal Structure Analysis of PARP1 in complex with a compound 提交 2024-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
660–1011（352 aa）
片段：residues 660-1011
|
未记录 | A1AEO (4S)-1-{2-fluoro-5-[(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)methyl]benzoyl}-4-hydroxy-L-proline × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG-4000, 200 mM Lithium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.250 |
| 9BPY Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analogs benzamide adenine dinucleotide and carba-NAD+ 提交 2024-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PARP1 ART (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.258 |
| 9BPY Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analogs benzamide adenine dinucleotide and carba-NAD+ 提交 2024-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PARP1 ART (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.258 |
| 9BPY Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analogs benzamide adenine dinucleotide and carba-NAD+ 提交 2024-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PARP1 ART (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.258 |
| 9BPY Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analogs benzamide adenine dinucleotide and carba-NAD+ 提交 2024-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；PARP1 ART (30 mg/ml) was crystallized in the presence of 1.6 mM BAD in 24 to 29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.258 |
| 9CKC Crystal structure of SMYD2 in complex with two PARP1 peptides 提交 2024-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
522–534（13 aa）
链 E
522–534（13 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG3350, 100 mM Tris pH 7.5, 5% ethanol, 1 mM PARP1 peptide, 0.6 mM AdoHcy
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.208 |
| 9CKC Crystal structure of SMYD2 in complex with two PARP1 peptides 提交 2024-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
522–534（13 aa）
链 F
522–534（13 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG3350, 100 mM Tris pH 7.5, 5% ethanol, 1 mM PARP1 peptide, 0.6 mM AdoHcy
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.208 |
| 9DMC Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide and ADP-ribose 提交 2024-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain, residues 788-1012
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.317 |
| 9DMC Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide and ADP-ribose 提交 2024-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain, residues 788-1012
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.317 |
| 9DMC Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide and ADP-ribose 提交 2024-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain, residues 788-1012
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.317 |
| 9DMC Human PARP1 ART domain bound to NAD+ analog benzamide adenine dinucleotide and ADP-ribose 提交 2024-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
788–1012（225 aa）
片段：ADP-ribosyltransferase (ART) domain, residues 788-1012
|
未记录 | DQV [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；29% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.317 |
| 9ETQ Crystal structure of PARP1 catalytic domain bound to AZD5305 (SARUPARIB) 提交 2024-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | A1H63 5-[4-[(7-ethyl-6-oxidanylidene-5~{H}-1,5-naphthyridin-3-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.4-2.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.217 |
| 9ETQ Crystal structure of PARP1 catalytic domain bound to AZD5305 (SARUPARIB) 提交 2024-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
片段：catalytic domain (662-1101)
|
未记录 | A1H63 5-[4-[(7-ethyl-6-oxidanylidene-5~{H}-1,5-naphthyridin-3-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.4-2.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.217 |
| 9ETR Crystal structure of PARP1 catalytic domain bound to AZD9574 提交 2024-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | A1H64 6-fluoranyl-5-[4-[(5-fluoranyl-2-methyl-3-oxidanylidene-4~{H}-quinoxalin-6-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.4-2.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.252 |
| 9ETR Crystal structure of PARP1 catalytic domain bound to AZD9574 提交 2024-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | A1H64 6-fluoranyl-5-[4-[(5-fluoranyl-2-methyl-3-oxidanylidene-4~{H}-quinoxalin-6-yl)methyl]piperazin-1-yl]-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；2.4-2.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.252 |
| 9ILN ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a pyrimidine 2,4-diketone derivative inhibitor 提交 2024-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
662–1011（350 aa）
|
未记录 | A1D9M 5-ethyl-1-[[3-[(3~{R})-4-ethyl-3-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]pyrimidine-2,4-dione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.250 |
| 9ILN ADP-ribosyltransferase 1 (PARP1) catalytic domain bound to a pyrimidine 2,4-diketone derivative inhibitor 提交 2024-07-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
662–1011（350 aa）
|
未记录 | A1D9M 5-ethyl-1-[[3-[(3~{R})-4-ethyl-3-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]pyrimidine-2,4-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2.5 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.250 |
| 9MI8 Human PARP1 N-terminal domains bound to nicked DNA 提交 2024-12-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1014（1014 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9MJA PARP1 ART in complex with HPF1 and EB47 提交 2024-12-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–1014（1014 aa）
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9UMC Human poly ADP-ribose polymerase(PARP-1 )zinc finger 1 bound to 13bp DNA 提交 2025-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
5–96（92 aa）
链 B
5–96（92 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；4M Sodium Formate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.258 |
| 9UMF Human poly ADP-ribose polymerase(PARP-1 )zinc finger 1 bound to 17bp DNA 提交 2025-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
5–91（87 aa）
片段：zinc finger 1
链 B
5–91（87 aa）
片段：zinc finger 1
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；100mM Tris-HCl pH 8.5, 200mM NaCl, 25% PEG3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.240 |
共 104 个其他 PDB 条目、208 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | PARP1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1, 2 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 A； PDB构建体 100–259； UniProt 207–366 作者链 D； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 D； PDB构建体 100–259； UniProt 207–366 作者链 C； PDB构建体 1–497； UniProt 518–1014 作者链 F； PDB构建体 1–497； UniProt 518–1014 |
