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4p0c

Crystal Structure of NHERF2 PDZ1 Domain in Complex with LPA2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF2/Lysophosphatidic acid receptor 2 chimeric protein

Homo sapiens

UniProt Q15599

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 9–90 片段：UNP Q15599 residues 9-90; UNP Q9HBW0 residues 347-351 SCN THIOCYANATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate 分辨率 1.34 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4P0C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 310–337（28 aa） 片段：residues 310-337
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 310–337（28 aa） 片段：residues 310-337
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 310–337（28 aa） 片段：residues 310-337
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2D11 Crystal structure of the Radixin FERM domain complexed with the NHERF-2 C-terminal tail peptide 提交 2005-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 310–337（28 aa） 片段：residues 310-337
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% PEG4000, 5% Isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.81 Å R-free 0.278
2HE4 The crystal structure of the second PDZ domain of human NHERF-2 (SLC9A3R2) interacting with a mode 1 PDZ binding motif 提交 2006-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 147–232（86 aa） 片段：PDZ 2 Domain (Residues 147-230)
突变：D229G EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.45 Å R-free 0.180
2OCS The crystal structure of the first PDZ domain of human NHERF-2 (SLC9A3R2) 提交 2006-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 9–91（83 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG 3350, 0.20M KSCN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.198

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NHRF2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–83； UniProt 9–90

Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF2/Lysophosphatidic acid receptor 2 chimeric protein

Homo sapiens

UniProt Q9HBW0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 347–351 片段：UNP Q15599 residues 9-90; UNP Q9HBW0 residues 347-351 SCN THIOCYANATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium acetate, 0.2 M ammonium acetate 分辨率 1.34 Å R-free 0.177

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4P0C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9UVZ Cryo-EM structure of Lysophosphatidic acid receptor 2 (LPA2)-ARK1 with Ki16425 提交 2025-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–219（219 aa）
链 A 233–348（116 aa）
未记录 A1L9P 3-[[4-[4-[[(1~{R})-1-(2-chlorophenyl)ethoxy]carbonylamino]-3-methyl-1,2-oxazol-5-yl]phenyl]methylsulfanyl]propanoic acid × 1 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
分辨率 2.99 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LPAR2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 84–88； UniProt 347–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4p0c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4p0c
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4p0c
沉积日期 deposition_date2014-02-20
结构标题 titleCrystal Structure of NHERF2 PDZ1 Domain in Complex with LPA2
关键词 keywordsPDZ, protein-protein interaction, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.71 Å
零角强度 I(0) i02378960.00
分子量 molecular_weight9828.0 kDa
排除体积 excluded_volume12009 ų
包络体积 envelope_volume14347 ų
水化壳体积 shell_volume9872 ų
包络直径 envelope_diameter50.3 Å
壳层 Rg shell_rg18.11 Å
包络 Rg envelope_rg13.34 Å
形状 Rg shape_rg12.67 Å
总 Rg total_rg14.03 Å
总原子数 total_atoms1362
残基数 n_residues88
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.8 Å
Rg (实空间) rg_real14.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3790e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3630e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2379000.0000
解质量估计 total_estimate0.8197
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.6 Å
偏度 Skewness skewness0.282
峰度 Kurtosis kurtosis0.075
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha402300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.568; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.962
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4p0ca1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family familyb.36.1.1 — PDZ domain
结构域编号 domain_idd4p0ca2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4p0cA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)