4p5o

Structure of an RBX1-UBC12~NEDD8-CUL1-DCN1 complex: a RING-E3-E2~ubiquitin-like protein-substrate intermediate trapped in action

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cullin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） DCN1-like protein 1 × 1 （Q96GG9） NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 （P61081） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） DCN1-like protein 1 × 1 （Q96GG9） NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 （P61081） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–368； UniProt 411–776 作者链 C； PDB构建体 3–368； UniProt 411–776

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

Homo sapiens

UniProt P62877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cullin-1 × 1 （Q13616） DCN1-like protein 1 × 1 （Q96GG9） NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 （P61081） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cullin-1 × 1 （Q13616） DCN1-like protein 1 × 1 （Q96GG9） NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 （P61081） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–106； UniProt 3–108 作者链 D； PDB构建体 1–106； UniProt 3–108

DCN1-like protein 1

Homo sapiens

UniProt Q96GG9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 （P61081） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 （P61081） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCNL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–200； UniProt 62–259 作者链 F； PDB构建体 3–200； UniProt 62–259

NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

Homo sapiens

UniProt P61081

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） DCN1-like protein 1 × 1 （Q96GG9） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） DCN1-like protein 1 × 1 （Q96GG9） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC12_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 2–183； UniProt 2–183 作者链 I； PDB构建体 2–183； UniProt 2–183

NEDD8

Homo sapiens

UniProt Q15843

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） DCN1-like protein 1 × 1 （Q96GG9） NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 （P61081） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） DCN1-like protein 1 × 1 （Q96GG9） NEDD8-conjugating enzyme Ubc12 × 1 （P61081） ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEDD8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 6–81； UniProt 1–76 作者链 K； PDB构建体 6–81； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p5o
沉积日期 deposition_date	2014-03-18
结构标题 title	Structure of an RBX1-UBC12~NEDD8-CUL1-DCN1 complex: a RING-E3-E2~ubiquitin-like protein-substrate intermediate trapped in action
关键词 keywords	Nedd8, Cullin, Neddylation, Complex, Ubc12, Dcn1, ubiquitin, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4p5o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4p5o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4p5o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.31 Å
Rg（电子密度）	32.64 Å
总 Rg	33.20 Å
原子数	6832
残基数	843
排除体积	122290 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4p5o__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4p5o__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cullin-1
分子量 formula_weight	42722.1 kDa
突变 mutation	L421E, V451E, V452K, Y455K, K720R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	13577

GSMAQSSSKSPEELARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMEKFKKIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSASDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVLSSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMRMRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
分子量 formula_weight	12089.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DCN1-like protein 1
分子量 formula_weight	23237.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GSRKKLEQLYNRYKDPQDENKIGIDGIQQFCDDLALDPASISVLIIAWKFRAATQCEFSKQEFMDGMTELGCDSIEKLKAQIPKMEQELKEPGRFKDFYQFTFNFAKNPGQKGLDLEMAIAYWNLVLNGRFKFLDLWNKFLLEHHKRSIPKDTWNLLLDFSTMIADDMSNYDEEGAWPVLIDDFVEFARPQIAGTKSTTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	NEDD8-conjugating enzyme Ubc12
分子量 formula_weight	21754.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
突变 mutation	N103S, C111S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,G

MIKLFSLKQQKKEEESAGGTKGSSKKASAAQLRIQKDINELNLPKTCDISFSDPDDLLNFKLVICPDEGFYKSGKFVFSFKVGQGYPHDPPKVKCETMVYHPSIDLEGNVSLNILREDWKPVLTINSIIYGLQYLFLEPNPEDPLNKEAAEVLQNNRRLFEQNVQRSMRGGYIGSTYFERCLKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	NEDD8
分子量 formula_weight	8919.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,H

GSGGSMLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d4p5oa1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.40 — Cullin homology domain
超家族 Superfamily superfamily	e.40.1 — Cullin homology domain
家族 Family family	e.40.1.1 — Cullin homology domain

结构域编号 domain_id	d4p5oa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.34 — SCF ubiquitin ligase complex WHB domain

结构域编号 domain_id	d4p5ob_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.1 — RING finger domain, C3HC4

结构域编号 domain_id	d4p5oc1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.40 — Cullin homology domain
超家族 Superfamily superfamily	e.40.1 — Cullin homology domain
家族 Family family	e.40.1.1 — Cullin homology domain

结构域编号 domain_id	d4p5oc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.34 — SCF ubiquitin ligase complex WHB domain

结构域编号 domain_id	d4p5od_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.1 — RING finger domain, C3HC4

结构域编号 domain_id	d4p5og1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d4p5og2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4p5og3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4p5oh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d4p5oi1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d4p5oi2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4p5oi3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4p5ok_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4p5oA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	4p5oA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 — Cullin; Chain C, Domain 2

结构域编号 domain_id	4p5oA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4p5oB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	4p5oC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	4p5oC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 — Cullin; Chain C, Domain 2

结构域编号 domain_id	4p5oC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4p5oD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	4p5oE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	4p5oF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	4p5oG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	4p5oI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

▶

晶胞边长 a length_a	89.105 Å
晶胞边长 b length_b	129.606 Å
晶胞边长 c length_c	119.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.107 Å
最低分辨率 resolution_low	42.133 Å
R 因子 r_factor	0.2303
R_work r_work	0.2274
R_free r_free	0.2843

Structure of an RBX1-UBC12~NEDD8-CUL1-DCN1 complex: a RING-E3-E2~ubiquitin-like protein-substrate intermediate trapped in action

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cullin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DCN1-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NEDD8-conjugating enzyme Ubc12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NEDD8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p5o__assembly_1__model_1

4p5o__assembly_1__model_1 | I(q)

4p5o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)