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4pok

Crystal structures of thioredoxin with mesna at 2.5A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin

Homo sapiens

UniProt P10599

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–105 突变：E13K, D16K, E95K, E103K COM 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% ethanol, 0.1 M Tris, 60 mg/mL Trx protein, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.52 Å R-free 0.296
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–105 突变：E13K, D16K, E95K, E103K 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% ethanol, 0.1 M Tris, 60 mg/mL Trx protein, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.52 Å R-free 0.296
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–105 突变：E13K, D16K, E95K, E103K 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% ethanol, 0.1 M Tris, 60 mg/mL Trx protein, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.52 Å R-free 0.296
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–105 突变：E13K, D16K, E95K, E103K 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% ethanol, 0.1 M Tris, 60 mg/mL Trx protein, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.52 Å R-free 0.296
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–105 链 B； UniProt 1–105 链 C； UniProt 1–105 链 D； UniProt 1–105 突变：E13K, D16K, E95K, E103K COM 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% ethanol, 0.1 M Tris, 60 mg/mL Trx protein, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.52 Å R-free 0.296
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–105 链 B； UniProt 1–105 链 C； UniProt 1–105 链 D； UniProt 1–105 突变：E13K, D16K, E95K, E103K COM 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% ethanol, 0.1 M Tris, 60 mg/mL Trx protein, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.52 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4POK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AIU HUMAN THIOREDOXIN (D60N MUTANT, REDUCED FORM) 提交 1997-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa）
突变：D60N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.8；pH 3.8
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1AUC HUMAN THIOREDOXIN (OXIDIZED WITH DIAMIDE) 提交 1997-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.270
1CQG HIGH RESOLUTION SOLUTION NMR STRUCTURE OF MIXED DISULFIDE INTERMEDIATE BETWEEN HUMAN THIOREDOXIN (C35A, C62A, C69A, C73A) MUTANT AND A 13 RESIDUE PEPTIDE COMPRISING ITS TARGET SITE IN HUMAN REF-1 (RESIDUES 59-71 OF THE P50 SUBUNIT OF NFKB), NMR, 31 STRUCTURES 提交 1996-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa）
突变：CHAIN A, C35A, C62A, C69A, C73A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1CQH HIGH RESOLUTION SOLUTION NMR STRUCTURE OF MIXED DISULFIDE INTERMEDIATE BETWEEN HUMAN THIOREDOXIN (C35A, C62A, C69A, C73A) MUTANT AND A 13 RESIDUE PEPTIDE COMPRISING ITS TARGET SITE IN HUMAN REF-1 (RESIDUES 59-71 OF THE P50 SUBUNIT OF NFKB), NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa）
突变：CHAIN A, C35A, C62A, C69A, C73A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1ERT HUMAN THIOREDOXIN (REDUCED FORM) 提交 1996-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.240
1ERU HUMAN THIOREDOXIN (OXIDIZED FORM) 提交 1996-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.330
1ERV HUMAN THIOREDOXIN MUTANT WITH CYS 73 REPLACED BY SER (REDUCED FORM) 提交 1996-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa）
突变：C73S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.65 Å R-free 0.240
1ERW HUMAN THIOREDOXIN DOUBLE MUTANT WITH CYS 32 REPLACED BY SER AND CYS 35 REPLACED BY SER 提交 1996-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa）
突变：C32S, C35S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å R-free 0.260
1M7T Solution Structure and Dynamics of the Human-Escherichia coli Thioredoxin Chimera: Insights into Thermodynamic Stability 提交 2002-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 0–65（66 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；308 K
NMR样品组成 1 mM protein in 100 mM sodium phosphate buffer (pH 7.0), 20 M EDTA, 0.02% sodium azide, and 10% D2O. | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1MDI HIGH RESOLUTION SOLUTION NMR STRUCTURE OF MIXED DISULFIDE INTERMEDIATE BETWEEN MUTANT HUMAN THIOREDOXIN AND A 13 RESIDUE PEPTIDE COMPRISING ITS TARGET SITE IN HUMAN NFKB 提交 1995-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1MDJ HIGH RESOLUTION SOLUTION NMR STRUCTURE OF MIXED DISULFIDE INTERMEDIATE BETWEEN HUMAN THIOREDOXIN (C35A, C62A, C69A, C73A) MUTANT AND A 13 RESIDUE PEPTIDE COMPRISING ITS TARGET SITE IN HUMAN NFKB (RESIDUES 56-68 OF THE P50 SUBUNIT OF NFKB) 提交 1995-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1MDK HIGH RESOLUTION SOLUTION NMR STRUCTURE OF MIXED DISULFIDE INTERMEDIATE BETWEEN HUMAN THIOREDOXIN (C35A, C62A, C69A, C73A) MUTANT AND A 13 RESIDUE PEPTIDE COMPRISING ITS TARGET SITE IN HUMAN NFKB (RESIDUES 56-68 OF THE P50 SUBUNIT OF NFKB) 提交 1995-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1TRS THE HIGH-RESOLUTION THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURES OF THE OXIDIZED AND REDUCED STATES OF HUMAN THIOREDOXIN 提交 1994-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1TRU THE HIGH-RESOLUTION THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURES OF THE OXIDIZED AND REDUCED STATES OF HUMAN THIOREDOXIN 提交 1994-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1TRV THE HIGH-RESOLUTION THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURES OF THE OXIDIZED AND REDUCED STATES OF HUMAN THIOREDOXIN 提交 1994-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1TRW THE HIGH-RESOLUTION THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURES OF THE OXIDIZED AND REDUCED STATES OF HUMAN THIOREDOXIN 提交 1994-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2IFQ Crystal structure of S-nitroso thioredoxin 提交 2006-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 0–104（105 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；32% PEG 4000, 50 mM sodium phosphate, ethanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.20 Å R-free 0.206
2IFQ Crystal structure of S-nitroso thioredoxin 提交 2006-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 0–104（105 aa）
未记录 EOH ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；32% PEG 4000, 50 mM sodium phosphate, ethanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.20 Å R-free 0.206
2IFQ Crystal structure of S-nitroso thioredoxin 提交 2006-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 0–104（105 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EOH ETHANOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；32% PEG 4000, 50 mM sodium phosphate, ethanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.20 Å R-free 0.206
2IIY Crystal structure of S-nitroso thioredoxin 提交 2006-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 0–104（105 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；32% PEG 1500, 50 mM sodium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
3E3E Human Thioredoxin Double Mutant C35S,C73R 提交 2008-08-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–105（105 aa）
突变：C35S, C73R P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；292 K；0.1 M Na acetate, pH 4.6, and 30 % (v/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.01 Å R-free 0.261
3E3E Human Thioredoxin Double Mutant C35S,C73R 提交 2008-08-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–105（105 aa）
突变：C35S, C73R P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；292 K；0.1 M Na acetate, pH 4.6, and 30 % (v/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.01 Å R-free 0.261
3KD0 Human thioredoxin C35S,C62S,C69S,C73S mutant showing cadmium chloride bound to the active site 提交 2009-10-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–105（105 aa）
突变：C35S, C62S, C69S, C73S CL CHLORIDE ION × 4 CD CADMIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；292 K；0.16M Cadmium Chloride, 2.0M ammonium sulphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 1.70 Å R-free 0.279
3KD0 Human thioredoxin C35S,C62S,C69S,C73S mutant showing cadmium chloride bound to the active site 提交 2009-10-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–105（105 aa）
突变：C35S, C62S, C69S, C73S CL CHLORIDE ION × 8 CD CADMIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；292 K；0.16M Cadmium Chloride, 2.0M ammonium sulphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 1.70 Å R-free 0.279
3M9J Crystal structure of human thioredoxin C69/73S double mutant, reduced form 提交 2010-03-22 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–105（105 aa）
突变：C69S, C73S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；298 K；30% PEG 4000, 200 mM ammonium acetate, 100 mM sodium citrate, 5 mM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.10 Å R-free 0.172
3M9J Crystal structure of human thioredoxin C69/73S double mutant, reduced form 提交 2010-03-22 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–105（105 aa）
突变：C69S, C73S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；298 K；30% PEG 4000, 200 mM ammonium acetate, 100 mM sodium citrate, 5 mM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.10 Å R-free 0.172
3M9K Crystal structure of human thioredoxin C69/73S double-mutant, oxidized form 提交 2010-03-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–105（105 aa）
突变：C69S, C73S SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 100 mM MES, 10 mM CoCl2, 2 mM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.211
3M9K Crystal structure of human thioredoxin C69/73S double-mutant, oxidized form 提交 2010-03-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–105（105 aa）
突变：C69S, C73S SO4 SULFATE ION × 3 D1D (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 100 mM MES, 10 mM CoCl2, 2 mM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.211
3M9K Crystal structure of human thioredoxin C69/73S double-mutant, oxidized form 提交 2010-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–105（105 aa）
链 B 1–105（105 aa）
突变：C69S, C73S 突变：C69S, C73S SO4 SULFATE ION × 8 D1D (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 100 mM MES, 10 mM CoCl2, 2 mM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.211
3QFA Crystal structure of the human thioredoxin reductase-thioredoxin complex 提交 2011-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–105（104 aa）
链 D 2–105（104 aa）
突变：C35S, C73S 突变：C35S, C73S FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；297.15 K；15% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.15 K
分辨率 2.20 Å R-free 0.283
3QFB Crystal structure of the human thioredoxin reductase-thioredoxin complex 提交 2011-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–105（104 aa）
链 D 2–105（104 aa）
突变：C35S, C73S 突变：C35S, C73S FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；297.15 K；15% PEG 4000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.15K
分辨率 2.60 Å R-free 0.297
3TRX HIGH-RESOLUTION THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF REDUCED RECOMBINANT HUMAN THIOREDOXIN IN SOLUTION 提交 1990-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
4LL1 The structure of the TRX and TXNIP complex 提交 2013-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–105（105 aa）
链 D 1–105（105 aa）
突变：C35A 突变：C35A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294.15 K；0.16M tri-sodium citrate, 16% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.288
4LL4 The structure of the TRX and TXNIP complex 提交 2013-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–105（105 aa）
链 D 1–105（105 aa）
突变：C35A 突变：C35A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294.15 K；0.16M tri-sodium citrate, 16% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4OO4 Crystal Structure of Human Thioredoxin Mutant 提交 2014-01-30 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–105（105 aa）
突变：Q63A, C69S, C73S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；289 K；20% PEG 3350, 0.1 M sodium acetate, 2 mM DTT, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 0.97 Å R-free 0.165
4OO4 Crystal Structure of Human Thioredoxin Mutant 提交 2014-01-30 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–105（105 aa）
突变：Q63A, C69S, C73S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；289 K；20% PEG 3350, 0.1 M sodium acetate, 2 mM DTT, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 0.97 Å R-free 0.165
4OO4 Crystal Structure of Human Thioredoxin Mutant 提交 2014-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–105（105 aa）
链 B 1–105（105 aa）
突变：Q63A, C69S, C73S 突变：Q63A, C69S, C73S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；289 K；20% PEG 3350, 0.1 M sodium acetate, 2 mM DTT, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 0.97 Å R-free 0.165
4OO5 Crystal Structure of S-nitrosated Human Thioredoxin Mutant 提交 2014-01-30 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–105（105 aa）
突变：C69S, C73S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；289 K；21% PEG 3350, 0.1 M sodium acetate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.54 Å R-free 0.248
4POL Crystal structures of thioredoxin with mesna at 2.8A resolution 提交 2014-02-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K COM 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG3350, 0.2 M KCl, 60 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.312
4POL Crystal structures of thioredoxin with mesna at 2.8A resolution 提交 2014-02-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K COM 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG3350, 0.2 M KCl, 60 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.312
4POL Crystal structures of thioredoxin with mesna at 2.8A resolution 提交 2014-02-26 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG3350, 0.2 M KCl, 60 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.312
4POL Crystal structures of thioredoxin with mesna at 2.8A resolution 提交 2014-02-26 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG3350, 0.2 M KCl, 60 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.312
4POL Crystal structures of thioredoxin with mesna at 2.8A resolution 提交 2014-02-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–105（105 aa）
链 B 1–105（105 aa）
链 C 1–105（105 aa）
链 D 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K COM 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG3350, 0.2 M KCl, 60 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.312
4POL Crystal structures of thioredoxin with mesna at 2.8A resolution 提交 2014-02-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–105（105 aa）
链 B 1–105（105 aa）
链 C 1–105（105 aa）
链 D 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K COM 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG3350, 0.2 M KCl, 60 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.312
4POM Crystal structures of thioredoxin with mesna at 1.85A resolution 提交 2014-02-26 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K COM 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.2M KCl, 160 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.261
4POM Crystal structures of thioredoxin with mesna at 1.85A resolution 提交 2014-02-26 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K COM 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.2M KCl, 160 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.261
4POM Crystal structures of thioredoxin with mesna at 1.85A resolution 提交 2014-02-26 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.2M KCl, 160 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.261
4POM Crystal structures of thioredoxin with mesna at 1.85A resolution 提交 2014-02-26 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.2M KCl, 160 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.261
4POM Crystal structures of thioredoxin with mesna at 1.85A resolution 提交 2014-02-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–105（105 aa）
链 B 1–105（105 aa）
链 C 1–105（105 aa）
链 D 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K COM 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.2M KCl, 160 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.261
4POM Crystal structures of thioredoxin with mesna at 1.85A resolution 提交 2014-02-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–105（105 aa）
链 B 1–105（105 aa）
链 C 1–105（105 aa）
链 D 1–105（105 aa）
突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K 突变：E13K, D16K, E95K, E103K COM 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；28% PEG3350, 0.2M KCl, 160 mg/mL Trx protein, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.261
4PUF Complex between the Salmonella T3SS effector SlrP and its human target thioredoxin-1 提交 2014-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–105（105 aa）
链 D 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；291 K；15% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M MgCl2, 0.1M Hepes, 216 M SlrP, 430 M Trx1, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 3.30 Å R-free 0.308
4TRX HIGH-RESOLUTION THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF REDUCED RECOMBINANT HUMAN THIOREDOXIN IN SOLUTION 提交 1990-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
5DQY A fully oxidized human thioredoxin 提交 2015-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–105（104 aa）
未记录 BEZ BENZOIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294.15 K；Ammonium citrate, Bis-Tris propane
分辨率 1.40 Å R-free 0.209
5DQY A fully oxidized human thioredoxin 提交 2015-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–105（104 aa）
未记录 BEZ BENZOIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294.15 K；Ammonium citrate, Bis-Tris propane
分辨率 1.40 Å R-free 0.209

共 34 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 THIO_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–109； UniProt 1–105 作者链 B； PDB构建体 5–109； UniProt 1–105 作者链 C； PDB构建体 5–109； UniProt 1–105 作者链 D； PDB构建体 5–109； UniProt 1–105

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4pok

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4pok
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4pok
沉积日期 deposition_date2014-02-25
结构标题 titleCrystal structures of thioredoxin with mesna at 2.5A resolution
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.41 Å
零角强度 I(0) i034191200.00
分子量 molecular_weight46529.0 kDa
排除体积 excluded_volume58834 ų
包络体积 envelope_volume72927 ų
水化壳体积 shell_volume24668 ų
包络直径 envelope_diameter94.9 Å
壳层 Rg shell_rg31.40 Å
包络 Rg envelope_rg26.47 Å
形状 Rg shape_rg26.40 Å
总 Rg total_rg26.99 Å
总原子数 total_atoms3255
残基数 n_residues424
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.7 Å
Rg (实空间) rg_real26.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real3.4190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal34190000.0000
解质量估计 total_estimate0.8556
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.7 Å
偏度 Skewness skewness0.511
峰度 Kurtosis kurtosis-0.073
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16620000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.849; Smooth: 0.852
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd4poka1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4poka2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4pokb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4pokb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4pokc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4pokc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4pokd1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4pokd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4pokA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id4pokB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id4pokC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id4pokD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)