SAXSdb — 4ps4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-13

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 35–146	片段：UNP RESIDUES 35-146	M1295 LIGHT CHAIN × 1 M1295 HEAVY CHAIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, 25% PEG 8K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4PS4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GA3 NMR STRUCTURE OF INTERLEUKIN-13 提交 2000-11-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–146（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] IL-13, 25 mM phosphate buffer, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
1IJZ Solution Structure of Human IL-13 提交 2001-05-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–132（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl 90% H2O, 10% D2O; pH 6.0 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N,U-13C; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl 90% H2O, 10% D2O; pH 6.0 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N,U-13C; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl; 100% D2O; pH 6.0 \| 100% D2O	分辨率未提供
1IK0 Solution Structure of Human IL-13 提交 2001-05-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–132（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM sodium phosphate, 2 mM NaN3, 40 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl 90% H2O, 10% D2O; pH 6.0 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N,U-13C; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl 90% H2O, 10% D2O; pH 6.0 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM interleukin-13 U-15N,U-13C; 40mM phosphate buffer; 2mM NaN3; 40 mM NaCl; 100% D2O; pH 6.0 \| 100% D2O	分辨率未提供
3G6D Crystal structure of the complex between CNTO607 Fab and IL-13 提交 2009-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 21–132（112 aa）片段：UNP residues 21-132	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 4.9 M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.263
3G6D Crystal structure of the complex between CNTO607 Fab and IL-13 提交 2009-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 21–132（112 aa）片段：UNP residues 21-132	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 4.9 M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.263
3L5W Crystal structure of the complex between IL-13 and C836 FAB 提交 2009-12-22	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 35–146（112 aa）片段：UNP residues 35-146	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES PH 7.5, 20% PEG 3350, 0.2 M SODIUM TARTRATE; CRYO CONDITIONS: MOTHER LIQUOR + 18% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
3L5W Crystal structure of the complex between IL-13 and C836 FAB 提交 2009-12-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 35–146（112 aa）片段：UNP residues 35-146	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES PH 7.5, 20% PEG 3350, 0.2 M SODIUM TARTRATE; CRYO CONDITIONS: MOTHER LIQUOR + 18% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
3L5X Crystal structure of the complex between IL-13 and H2L6 FAB 提交 2009-12-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 35–146（112 aa）片段：UNP residues 35-146	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES PH 6.5, 14% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM TARTRATE. CRYO CONDITIONS: 0.1 M MES PH 6.5, 20% PEG 3K, 0.2 M AMM TARTRATE, 15% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.247
3LB6 The structure of IL-13 in complex with IL-13Ralpha2 提交 2010-01-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 15–146（132 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；100 mM MES, pH 6.0, 200 mM CaCl2, 20% PEG-6000, and 4% v/v polypropylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.05 Å R-free 0.269
3LB6 The structure of IL-13 in complex with IL-13Ralpha2 提交 2010-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 15–146（132 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；100 mM MES, pH 6.0, 200 mM CaCl2, 20% PEG-6000, and 4% v/v polypropylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.05 Å R-free 0.269
4I77 Lebrikizumab Fab bound to IL-13 提交 2012-11-30	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Z 35–146（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；15% w/v PEG1000, 0.05 M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
5E4E Engineered Interleukin-13 bound to receptor 提交 2015-10-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 34–146（113 aa）片段：UNP residues 34-146	突变：L10V, V18I, L39R, D87S, T88S, L101F, K104R, K105T	SO4 SULFATE ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293 K；lithium sulfate, phosphate/citrate pH 4.2, PEG 1000	分辨率 3.00 Å R-free 0.288
5L6Y il13 in complex with tralokinumab 提交 2016-06-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 35–146（112 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium formate	分辨率 1.99 Å R-free 0.211

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL13_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–113； UniProt 35–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ps4
沉积日期 deposition_date	2014-03-06
结构标题 title	Crystal structure of the complex between IL-13 and M1295 FAB
关键词 keywords	IMMUNOGLOBULIN FOLD, ALPHA-HELICAL BUNDLE, CYTOKINE, DISULFIDE BOND, GLYCOPROTEIN, SECRETED, MONOCLONAL ANTIBODY, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.64 Å
零角强度 I(0) i0	49723500.00
分子量 molecular_weight	55790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70086 Å³
包络体积 envelope_volume	90254 Å³
水化壳体积 shell_volume	28086 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.0 Å
壳层 Rg shell_rg	33.57 Å
包络 Rg envelope_rg	28.98 Å
形状 Rg shape_rg	28.56 Å
总 Rg total_rg	29.39 Å
总原子数 total_atoms	3925
残基数 n_residues	512
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8159
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.646
峰度 Kurtosis kurtosis	0.130
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9801000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.726; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.730; Smooth: 0.694

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	M1295 LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	23359.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3931

EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASKSISKYLAWYQQKPGQAPRLLIYSGSTLQSGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQHDYPYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo Sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	M1295 HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	24543.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVTLKESGPVLVKPTETLTLTCTVSGFSLSTYGVGVGWIRQPPGKALEWLAHIWWDDVKRYNPALKSRLTISKDTSKSQVVLTMTNMDPVDTATYYCARLGSDYDVWFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo Sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Interleukin-13
分子量 formula_weight	12490.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGPVPPSTALRELIEELVNITQNQKAPLCNGSMVWSINLTAGMYCAALESLINVSGCSAIEKTQRMLSGFCPHKVSAGQFSSLHVRDTKIEVAQFVKDLLLHLKKLFREGRFN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4ps4a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

结构域编号 domain_id	d4ps4h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ps4l1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ps4l2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	4ps4A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4ps4H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ps4H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ps4L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ps4L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.210 Å
晶胞边长 b length_b	72.160 Å
晶胞边长 c length_c	113.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2111
R_free r_free	0.2710

fit	/app/data/saxs_computation/ps/4ps4/4ps4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ps/4ps4/4ps4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ps/4ps4/4ps4.dat

Crystal structure of the complex between IL-13 and M1295 FAB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)