SAXSdb — 4puf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase SlrP

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Thioredoxin × 2 （P10599）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLRP_SALT1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–637； UniProt 141–765 作者链 B； PDB构建体 13–637； UniProt 141–765

Thioredoxin

Homo sapiens

UniProt P10599

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	E3 ubiquitin-protein ligase SlrP × 2 （D0ZRB2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THIO_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 13–117； UniProt 1–105 作者链 D； PDB构建体 13–117； UniProt 1–105

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4puf
沉积日期 deposition_date	2014-03-13
结构标题 title	Complex between the Salmonella T3SS effector SlrP and its human target thioredoxin-1
关键词 keywords	LRR domain, NEL domain, E3 ubiquitin ligase, human thioredoxin 1, LIGASE -OXIDOREDUCTASE complex, LIGASE-OXIDOREDUCTASE complex; LIGASE/OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4puf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4puf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4puf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.25 Å
Rg（电子密度）	44.26 Å
总 Rg	44.37 Å
原子数	11382
残基数	1421
排除体积	202540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4puf__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase SlrP
分子量 formula_weight	72967.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11382

MRGSHHHHHHGSKDAVNYELIWSEWVKEAPAKEAANREEAVQRMRDCLKNNKTELRLKILGLTTIPAYIPEQITTLILDNNELKSLPENLQGNIKTLYANSNQLTSIPATLPDTIQEMELSINRITELPERLPSALQSLDLFHNKISCLPENLPEELRYLSVYDNSIRTLPAHLPSEITHLNVQSNSLTALPETLPPGLKTLEAGENALTSLPASLPPELQVLDVSKNQITVLPETLPPTITTLDVSRNALTNLPENLPAALQIMQASRNNLVRLPESLPHFRGEGPQPTRIIVEYNPFSERTIQNMQRLMSSVDYQGPRVLFAMGDFSIVRVTRPLHQAVQGWLTSLEEEDVNQWRAFEAEANAAAFSGFLDYLGDTQNTRHPDFKEQVSAWLMRLAEDSALRETVFIIAMNATISCEDRVTLAYHQMQEATLVHDAERGAFDSHLAELIMAGREIFRLEQIESLAREKVKRLFFIDEVEVFLGFQNQLRESLSLTTMTRDMRFYNVSGITESDLDEAEIRIKMAENRDFHKWFALWGPWHKVLERIAPEEWREMMAKRDECIETDEYQSRVNAELEDLRIADDSDAERTTEVQMDAERAIGIKIMEEINQTLFTEIMENILLKKEVSSLMSAYWR

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	588858
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Thioredoxin
分子量 formula_weight	13156.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MRGSHHHHHHGSMVKQIESKTAFQEALDAAGDKLVVVDFSATWCGPCKMIKPFFHSLSEKYSNVIFLEVDVDDCQDVASECEVKCMPTFQFFKKGQKVGEFSGANKEKLEATINELV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4pufA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4pufB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4pufC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	4pufD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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晶胞边长 a length_a	106.290 Å
晶胞边长 b length_b	134.830 Å
晶胞边长 c length_c	154.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.296 Å
最低分辨率 resolution_low	43.854 Å
R 因子 r_factor	0.2735
R_work r_work	0.2717
R_free r_free	0.3084

Complex between the Salmonella T3SS effector SlrP and its human target thioredoxin-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase SlrP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Thioredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4puf__assembly_1__model_1

4puf__assembly_1__model_1 | I(q)

4puf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex between the Salmonella T3SS effector SlrP and its human target thioredoxin-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase SlrP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Thioredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4puf__assembly_1__model_1

4puf__assembly_1__model_1 | I(q)

4puf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)