SAXSdb — 4q5v

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha catalytic subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 336–1257	片段：Human DNA polymerase apha catalytic core domain residues 336-1257 突变：V516A	RNA primer × 1 DNA template × 1 2ZE (3R,4R,4aR,6aS,8R,9R,11aS,11bS)-4,9-bis(hydroxymethyl)-4,11b-dimethyltetradecahydro-8,11a-methanocyclohepta[a]naphthale ne-3,9-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；100 mM KCl, 12.5 mM MgCl2, 25 mM Na-Cacodylate, pH 6.5, 6 % 2-propanol, 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295 K	分辨率 2.52 Å R-free 0.268
2	其他组合单体蛋白 × 1 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 336–1257	片段：Human DNA polymerase apha catalytic core domain residues 336-1257 突变：V516A	RNA primer × 1 DNA template × 1 2ZE (3R,4R,4aR,6aS,8R,9R,11aS,11bS)-4,9-bis(hydroxymethyl)-4,11b-dimethyltetradecahydro-8,11a-methanocyclohepta[a]naphthale ne-3,9-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；100 mM KCl, 12.5 mM MgCl2, 25 mM Na-Cacodylate, pH 6.5, 6 % 2-propanol, 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295 K	分辨率 2.52 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4Q5V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1K0P NMR Structures of the Zinc Finger Domain of Human DNA Polymerase-alpha 提交 2001-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1347–1377（31 aa）片段：zinc finger domain (residues 1347-1377)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；296 K；压力 ambient NMR样品组成 3mM Zinc Finger Domain; 3.6mM Zn(II)nitrate \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1K18 Minimized Average NMR Structure of the Zinc Finger Domain of Human DNA Polymerase-alpha 提交 2001-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1347–1377（31 aa）片段：zinc finger domain (residues 1347-1377)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；296 K；压力 ambient NMR样品组成 3mM Zinc Finger Peptide; 3.6 mM Zn(II)nitrate \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1N5G NMR Structures of the Zinc Finger Domain of Human DNA Polymerase-alpha 提交 2002-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1345–1382（38 aa）片段：zinc finger domain (residues 1345-1382)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；296 K；压力 ambient NMR样品组成 3mM peptide, 3.6mM Zn(II)nitrate \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4BPX Crystal structure of human primase in complex with the primase- binding motif of DNA polymerase alpha 提交 2013-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1445–1462（18 aa）片段：PRIMASE-BINDING MOTIF RESIDUES 1445-1462, PRIL RESIDUES 19-253	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.40 Å R-free 0.267
4BPX Crystal structure of human primase in complex with the primase- binding motif of DNA polymerase alpha 提交 2013-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1445–1462（18 aa）片段：PRIMASE-BINDING MOTIF RESIDUES 1445-1462, PRIL RESIDUES 19-253	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100MM TRIS-HCL/BICINE PH 8.5, 20% GLYCEROL, 10% PEG4000 AND 20MM EACH OF AN ALCOHOL MIX COMPRISING 1,6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL AND 1,3-PROPANEDIOL.	分辨率 3.40 Å R-free 0.267
4QCL Crystal structure of the catalytic core of human DNA polymerase alpha in ternary complex with an RNA-primed DNA template and dCTP 提交 2014-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 336–1257（922 aa）片段：Human dna polymerase apha catalytic core domain residues 336-1257	突变：V516A	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；reservoir solution: 0.8 mm zinc sulfate, 50 mm MES buffer pH 6.5, 8.8% v/v PEG MME 550; cryo solution: 100 mm potassium chloride, 0.8 mm zinc sulfate, 50 mm MES buffer pH 6.5, 1.1 magnesium chloride, 15% v/v PEG MME 550, 15% v/v ethylene glycol;, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.239
4Y97 Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2015-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1265–1444（180 aa）片段：UNP residues 1265-1444	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.	分辨率 2.51 Å R-free 0.257
4Y97 Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2015-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1265–1444（180 aa）片段：UNP residues 1265-1444	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.	分辨率 2.51 Å R-free 0.257
4Y97 Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2015-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1265–1444（180 aa）片段：UNP residues 1265-1444	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.	分辨率 2.51 Å R-free 0.257
4Y97 Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2015-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1265–1444（180 aa）片段：UNP residues 1265-1444	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.	分辨率 2.51 Å R-free 0.257
5EXR Crystal structure of human primosome 提交 2015-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 335–1462（1128 aa）	突变：V516A	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA	分辨率 3.60 Å R-free 0.326
5EXR Crystal structure of human primosome 提交 2015-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 335–1462（1128 aa）	突变：V516A	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M lithium sulphate, 50 mM TRIS HCl pH 8.5, 2 mM TCEP pH 7.5, 11.2% w/v PEG 4,000, 3% v/v ethanol, 0.5% v/v polypropylene glycol P400 and 0.2 mM EDTA	分辨率 3.60 Å R-free 0.326
5IUD Human DNA polymerase alpha in binary complex with a DNA:DNA template-primer 提交 2016-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 338–1255（918 aa）片段：UNP Residues 338-1255	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% polyethylene glycol 4000, 0.2M sodium citrate, 10% isopropanol, 0.1M sodium citrate buffer (pH = 5.5)	分辨率 3.30 Å R-free 0.228
5IUD Human DNA polymerase alpha in binary complex with a DNA:DNA template-primer 提交 2016-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 338–1255（918 aa）片段：UNP Residues 338-1255	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% polyethylene glycol 4000, 0.2M sodium citrate, 10% isopropanol, 0.1M sodium citrate buffer (pH = 5.5)	分辨率 3.30 Å R-free 0.228
5IUD Human DNA polymerase alpha in binary complex with a DNA:DNA template-primer 提交 2016-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 G 338–1255（918 aa）片段：UNP Residues 338-1255	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% polyethylene glycol 4000, 0.2M sodium citrate, 10% isopropanol, 0.1M sodium citrate buffer (pH = 5.5)	分辨率 3.30 Å R-free 0.228
5IUD Human DNA polymerase alpha in binary complex with a DNA:DNA template-primer 提交 2016-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 J 338–1255（918 aa）片段：UNP Residues 338-1255	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% polyethylene glycol 4000, 0.2M sodium citrate, 10% isopropanol, 0.1M sodium citrate buffer (pH = 5.5)	分辨率 3.30 Å R-free 0.228
6AS7 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC CORE OF HUMAN DNA POLYMERASE ALPHA IN TERNARY COMPLEX WITH AN DNA-PRIMED DNA TEMPLATE AND DCTP 提交 2017-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 336–1257（922 aa）	突变：V516A	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CO COBALT (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；6MM COCL2, 2 MM TCEP, 50 MM NA ACETATE PH 4.6, 225 MM 1,6HEXADEDIOL	分辨率 2.95 Å R-free 0.301
7N2M Crystal structure of DNA polymerase alpha catalytic core in complex with dCTP and template/primer having T-C mismatch at the post-insertion site 提交 2021-05-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 336–1257（922 aa）	未记录	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4 K POTASSIUM ION × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.8 mM zinc sulfate, 8.8% v/v PEG MME 550, and 50 mM MES pH 6.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.228
7OPL CryoEM structure of DNA Polymerase alpha - primase bound to SARS CoV nsp1 提交 2021-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 334–1462（1129 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.12 Å
7U5C Cryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 C 335–1462（1128 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8B9D Human replisome bound by Pol Alpha 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 B 1–1462（1462 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8D0B Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template 提交 2022-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 F 324–1462（1139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
8D0K Human CST-DNA polymerase alpha/primase preinitiation complex bound to 4xTEL-foldback template - PRIM2C advanced PIC 提交 2022-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric	链 F 2–1462（1461 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is only added just before sample vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
8D96 Human DNA polymerase alpha/primase elongation complex I bound to primer/template 提交 2022-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–1462（1462 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before added to the sample at a final concentration of 4-8 mM immediately before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
8D9D Human DNA polymerase-alpha/primase elongation complex II bound to primer/template 提交 2022-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 1–1462（1462 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHAPSO is made fresh at 80 mM before added to the sample at a final concentration of 4-8 mM immediately before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
8QJ7 Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 1 提交 2023-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1462（1462 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8VY3 Human DNA polymerase alpha/primase - AavLEA1 (1:40 molar ratio) 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 338–1456（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
9C8V Human DNA polymerase alpha/primase - CHAPSO (4 mM) 提交 2024-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 338–1456（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
9MJ5 Catalytic domain of human DNA polymerase alpha in complex with DNA and RPA 提交 2024-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 S 335–1244（910 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 21 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–922； UniProt 336–1257 作者链 E； PDB构建体 1–922； UniProt 336–1257

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4q5v
沉积日期 deposition_date	2014-04-17
结构标题 title	Crystal structure of the catalytic core of human DNA polymerase alpha in ternary complex with an RNA-primed DNA template and aphidicolin
关键词 keywords	B-family DNA polymerase, DNA replication, TRANSFERASE-DNA-RNA complex; TRANSFERASE/DNA/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.25 Å
零角强度 I(0) i0	681886000.00
分子量 molecular_weight	213250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	266170 Å³
包络体积 envelope_volume	371500 Å³
水化壳体积 shell_volume	70643 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.1 Å
壳层 Rg shell_rg	49.15 Å
包络 Rg envelope_rg	42.58 Å
形状 Rg shape_rg	43.24 Å
总 Rg total_rg	43.54 Å
总原子数 total_atoms	14934
残基数 n_residues	1778
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.0 Å
Rg (实空间) rg_real	44.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1240e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	681900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8962
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.243
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.576
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	82740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.912

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase alpha catalytic subunit
分子量 formula_weight	105583.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	V516A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	15085

DEEQVFHFYWLDAYEDQYNQPGVVFLFGKVWIESAETHVSCCVMVKNIERTLYFLPREMKIDLNTGKETGTPISMKDVYEEFDEKIATKYKIMKFKSKPVEKNYAFEIPDVPEKSEYLEVKYSAEMPQLPQDLKGETFSHVFGTNTSSLELFLMNRKIKGPCWLEVKSPQLLNQPVSWCKAEAMALKPDLVNVIKDVSPPPLVVMAFSMKTMQNAKNHQNEIIAMAALVHHSFALDKAAPKPPFQSHFCVVSKPKDCIFPYAFKEVIEKKNVKVEVAATERTLLGFFLAKVHKIDPDIIVGHNIYGFELEVLLQRINVCKAPHWSKIGRLKRSNMPKLGGRSGFGERNATCGRMICDVEISAKELIRCKSYHLSELVQQILKTERVVIPMENIQNMYSESSQLLYLLEHTWKDAKFILQIMCELNVLPLALQITNIAGNIMSRTLMGGRSERNEFLLLHAFYENNYIVPDKQIFRKPQQKLGDEDEEIDGDTNKYKKGRKKAAYAGGLVLDPKVGFYDKFILLLDFNSLYPSIIQEFNICFTTVQRVASEAQKVTEDGEQEQIPELPDPSLEMGILPREIRKLVERRKQVKQLMKQQDLNPDLILQYDIRQKALKLTANSMYGCLGFSYSRFYAKPLAALVTYKGREILMHTKEMVQKMNLEVIYGDTDSIMINTNSTNLEEVFKLGNKVKSEVNKLYKLLEIDIDGVFKSLLLLKKKKYAALVVEPTSDGNYVTKQELKGLDIVRRDWCDLAKDTGNFVIGQILSDQSRDTIVENIQKRLIEIGENVLNGSVPVSQFEINKALTKDPQDYPDKKSLPHVHVALWINSQGGRKVKAGDTVSYVICQDGSNLTASQRAYAPEQLQKQDNLTIDTQYYLAQQIHPVVARICEPIDGIDAVLIATWLGLDPTQFRVHHYHKDEEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA primer
分子量 formula_weight	3521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,F

GCCUGGAGCGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA template
分子量 formula_weight	6423.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G

ATTACTATAGGCGCTCCAGGC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(3R,4R,4aR,6aS,8R,9R,11aS,11bS)-4,9-bis(hydroxymethyl)-4,11b-dimethyltetradecahydro-8,11a-methanocyclohepta[a]naphthale ne-3,9-diol
分子量 formula_weight	338.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	151

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4q5vA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	730 —

结构域编号 domain_id	4q5vA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2820 —

结构域编号 domain_id	4q5vA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	4q5vA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — B family DNA polymerase, thumb domain

结构域编号 domain_id	4q5vE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	730 —

结构域编号 domain_id	4q5vE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2820 —

结构域编号 domain_id	4q5vE03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	4q5vE05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — B family DNA polymerase, thumb domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	105.051 Å
晶胞边长 b length_b	116.432 Å
晶胞边长 c length_c	233.026 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.520 Å
最低分辨率 resolution_low	78.020 Å
R 因子 r_factor	0.2330
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2680

fit	/app/data/saxs_computation/q5/4q5v/4q5v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q5/4q5v/4q5v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q5/4q5v/4q5v.dat

Crystal structure of the catalytic core of human DNA polymerase alpha in ternary complex with an RNA-primed DNA template and aphidicolin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)