SAXSdb — 4qdq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropilin-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 276–595	片段：Neuropilin-2 b1b2 domain, VEGF-C C-terminus	GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M HEPES, 0.5 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.241
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 276–595	片段：Neuropilin-2 b1b2 domain, VEGF-C C-terminus	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M HEPES, 0.5 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4QDQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QQJ Crystal Structure of the b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 275–595（321 aa）片段：F5/8 type C 1 and C 2 domains	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；0.1 M Bis-Tris, 20% PEG 5000 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.95 Å R-free 0.235
2QQK Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 23–595（573 aa）片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 22% polyacrylic acid 5100, 0.02 M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.75 Å R-free 0.243
2QQK Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–595（573 aa）片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 22% polyacrylic acid 5100, 0.02 M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.75 Å R-free 0.243
2QQL Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 23–595（573 aa）片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；10% PEG 1000, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.10 Å R-free 0.232
2QQL Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–595（573 aa）片段：CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；10% PEG 1000, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.10 Å R-free 0.232
2QQO Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 145–595（451 aa）片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains	未记录	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
2QQO Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 145–595（451 aa）片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains	未记录	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
2QQO Crystal Structure of the a2b1b2 Domains from Human Neuropilin-2 提交 2007-07-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 145–595（451 aa）片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains 链 B 145–595（451 aa）片段：CUB 2, F5/8 type C 1, and F5/8 type C 2 domains	未记录	CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
4QDR Physical basis for Nrp2 ligand binding 提交 2014-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 276–595（320 aa）片段：unp residues 276-595	突变：T319R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES, 18% (w/v) PEG 12000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.255
4QDS Physical basis for Nrp2 ligand binding 提交 2014-05-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 275–457（183 aa）片段：Proteolytic fragment of s9Nrp2 coagulation factor domains 链 B 275–457（183 aa）片段：Proteolytic fragment of s9Nrp2 coagulation factor domains	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；10% PEG 1000, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 275–429（155 aa）片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 275–429（155 aa）片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 275–429（155 aa）片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 275–429（155 aa）片段：Neuropilin-2 domain B1 F5/8 type C 1, UNP residues 275-429	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DQ0 Structure of human neuropilin-2 b1 domain with novel and unique zinc binding site 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 275–430（156 aa）片段：b1 domain, UNP residues 475-430	未记录	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289.15 K；25 % PEG 550 MME, 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M ZnSO4	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
6GH8 Crystal structure of GP1 domain of Lujo virus in complex with the first CUB domain of neuropilin-2 提交 2018-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–146（120 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.03M glycyl-glycyl-glycine, 25.9% PEG 6000, 0.09M Bis-Tris Propane pH 9.5	分辨率 2.44 Å R-free 0.311
6GH8 Crystal structure of GP1 domain of Lujo virus in complex with the first CUB domain of neuropilin-2 提交 2018-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 27–146（120 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.03M glycyl-glycyl-glycine, 25.9% PEG 6000, 0.09M Bis-Tris Propane pH 9.5	分辨率 2.44 Å R-free 0.311
6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 275–430（156 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACE ACETYL GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600 N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol	分辨率 2.45 Å R-free 0.250
6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 275–430（156 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACE ACETYL GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600 N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol	分辨率 2.45 Å R-free 0.250
6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 275–430（156 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600 N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol	分辨率 2.45 Å R-free 0.250
6TDB Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFB167 peptide 提交 2019-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 275–430（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N2b1-apo 0.05 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 15 % (w/v) PEG600 N2b1/VEGFB167 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) PEG4000, 20 % (w/v) isopropanol	分辨率 2.45 Å R-free 0.250
6TJT Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFC peptide 提交 2019-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 275–430（156 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M NaOAc, 0.1 M HEPES pH 7.5, 12 % (w/v) PEG4000	分辨率 1.31 Å R-free 0.179
6TJT Neuropilin2-b1 domain in a complex with the C-terminal VEGFC peptide 提交 2019-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 275–430（156 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M NaOAc, 0.1 M HEPES pH 7.5, 12 % (w/v) PEG4000	分辨率 1.31 Å R-free 0.179
7M22 Cryo-EM structure of the HCMV pentamer bound by human neuropilin 2 提交 2021-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 23–595（573 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grid was blotted with a force of -6 for 3 seconds	分辨率 3.65 Å
7T4S CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and neutralizing fabs 8I21 and 13H11 提交 2021-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 1–864（864 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging	分辨率 3.10 Å
8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–595（571 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.21 Å R-free 0.294
8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–595（571 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.21 Å R-free 0.294
8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 25–595（571 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.21 Å R-free 0.294
8IVW Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-10 Fab fragment 提交 2023-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 25–595（571 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；21% PEG1000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 0.05M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.21 Å R-free 0.294
8IVX Crystal structure of NRP2 in complex with aNRP2-14 Fab fragment 提交 2023-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–595（571 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；289 K；30% PEG300, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.225

共 15 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–324； UniProt 276–595 作者链 B； PDB构建体 5–324； UniProt 276–595

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4qdq
沉积日期 deposition_date	2014-05-14
结构标题 title	Physical basis for Nrp2 ligand binding
关键词 keywords	coagulation factor domain, discoidin domain, receptor, VEGF-C, membrane, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.70 Å
零角强度 I(0) i0	88901100.00
分子量 molecular_weight	72342.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89843 Å³
包络体积 envelope_volume	112580 Å³
水化壳体积 shell_volume	33711 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.97 Å
包络 Rg envelope_rg	27.90 Å
形状 Rg shape_rg	27.73 Å
总 Rg total_rg	28.31 Å
总原子数 total_atoms	5094
残基数 n_residues	632
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	88900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8898
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.316
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.285
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.963

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neuropilin-2
分子量 formula_weight	37170.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5444

GSHMQCNVPLGMESGRIANEQISASSTYSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISRETQNGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKVFQANNDATEVVLNKLHAPLLTRFVRIRPQTWHSGIALRLELFGCRVTDAPCSNMLGMLSGLIADSQISASSTQEYLWSPSAARLVSSRSGWFPRIPQAQPGEEWLQVDLGTPKTVKGVIIQGARGGDSITAVEARAFVRKFKVSYSLNGKDWEYIQDPRTQQPKLFEGNMHYDTPDIRRFDPIPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTSIIRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	327

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4qdqa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qdqa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qdqa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4qdqb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qdqb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qdqb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4qdqA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	4qdqA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	4qdqB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	4qdqB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.047 Å
晶胞边长 b length_b	120.808 Å
晶胞边长 c length_c	69.837 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	19.750 Å
R 因子 r_factor	0.2112
R_work r_work	0.2096
R_free r_free	0.2408

fit	/app/data/saxs_computation/qd/4qdq/4qdq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qd/4qdq/4qdq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qd/4qdq/4qdq.dat

Physical basis for Nrp2 ligand binding

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropilin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction