SAXSdb — 4qr9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

High mobility group protein B1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 4 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 8–81 链 B； UniProt 8–81	片段：Residues 8-81	;DNA (5'-D(APTPAPTPCPGPAPTPAPT)-3') ; × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.025M Sodium Cacodylate 0.020M Magnesium Chloride 2.5% MPD (equilibrated against 40% MPD), pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4QR9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AAB NMR STRUCTURE OF RAT HMG1 HMGA FRAGMENT 提交 1995-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–83（83 aa）片段：FRAGMENT A (RESIDUES 1 - 83)	突变：C22S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1CKT CRYSTAL STRUCTURE OF HMG1 DOMAIN A BOUND TO A CISPLATIN-MODIFIED DNA DUPLEX 提交 1999-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 7–77（71 aa）片段：RESIDUES 8-78, DOMAIN A	未记录	CPT Cisplatin × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；CRYSTALS WERE OBTAINED FROM A SOLUTION THAT CONTAINED HEPES, MAGNESIUM ACETATE, PEG 3350, GLYCEROL AND DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.50 Å R-free 0.239
1HME STRUCTURE OF THE HMG BOX MOTIF IN THE B-DOMAIN OF HMG1 提交 1994-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 88–164（77 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1HMF STRUCTURE OF THE HMG BOX MOTIF IN THE B-DOMAIN OF HMG1 提交 1994-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 88–164（77 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HMGB1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–76； UniProt 8–81 作者链 B； PDB构建体 3–76； UniProt 8–81

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4qr9
沉积日期 deposition_date	2014-06-30
结构标题 title	Crystal structure of two HMGB1 Box A domains cooperating to underwind and kink a DNA
关键词 keywords	;HMG-box, HMGB1, Box A domain, High mobility group, DNA-binding, bend DNA, kink DNA, architectural factor, minor groove, chromatin, Nucleus, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.20 Å
零角强度 I(0) i0	24305600.00
分子量 molecular_weight	29805.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33857 Å³
包络体积 envelope_volume	44761 Å³
水化壳体积 shell_volume	18398 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.76 Å
包络 Rg envelope_rg	21.51 Å
形状 Rg shape_rg	21.15 Å
总 Rg total_rg	21.92 Å
总原子数 total_atoms	2043
残基数 n_residues	190
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24310000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8060
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.424
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.227
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3577000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.918; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	High mobility group protein B1
分子量 formula_weight	8949.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2178

GSKPRGKMSSYAFFVQTCREEHKKKHPDASVNFSEFSKKCSERWKTMSAKEKGKFEDMAKADKARYEREMKTYIPP

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	brown rat,rat,rats
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPAPTPCPGPAPTPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3043.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D,E,F

ATATCGATAT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	115

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4qr9A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	30 — DNA Binding (I), subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — High mobility group box domain

结构域编号 domain_id	4qr9B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	30 — DNA Binding (I), subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — High mobility group box domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.751 Å
晶胞边长 b length_b	84.170 Å
晶胞边长 c length_c	94.227 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	42.120 Å
R 因子 r_factor	0.1987
R_work r_work	0.1968
R_free r_free	0.2339

fit	/app/data/saxs_computation/qr/4qr9/4qr9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qr/4qr9/4qr9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qr/4qr9/4qr9.dat

Crystal structure of two HMGB1 Box A domains cooperating to underwind and kink a DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

High mobility group protein B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)