4rer

Crystal structure of the phosphorylated human alpha1 beta2 gamma1 holo-AMPK complex bound to AMP and cyclodextrin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 ; × 1 （O43741） ;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ; × 1 （P54619） Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1 STAUROSPORINE × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAPK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–540； UniProt 20–559

;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 ;

Homo sapiens

UniProt O43741

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 ; × 1 （Q13131） ;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ; × 1 （P54619） Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1 STAUROSPORINE × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAKB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–197； UniProt 76–272

;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ;

Homo sapiens

UniProt P54619

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 ; × 1 （Q13131） ;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 ; × 1 （O43741） Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1 STAUROSPORINE × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAKG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–304； UniProt 24–327

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4rer
沉积日期 deposition_date	2014-09-23
结构标题 title	Crystal structure of the phosphorylated human alpha1 beta2 gamma1 holo-AMPK complex bound to AMP and cyclodextrin
关键词 keywords	;human alpha1 beta2 gamma1 holo-AMPK complex, serine/threonine protein kinase, axin, CaMKKbeta, LKB1, glycogen, Phosphorylation, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4rer__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4rer__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4rer__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.07 Å
Rg（电子密度）	34.83 Å
总 Rg	35.19 Å
原子数	7798
残基数	938
排除体积	139780 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4rer__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 ;
分子量 formula_weight	61566.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1, 2.7.11.27, 2.7.11.31, 2.7.11.26
突变 mutation	E471G, E474A, K476A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7798

GSVKIGHYILGDTLGVGTFGKVKVGKHELTGHKVAVKILNRQKIRSLDVVGKIRREIQNLKLFRHPHIIKLYQVISTPSDIFMVMEYVSGGELFDYICKNGRLDEKESRRLFQQILSGVDYCHRHMVVHRDLKPENVLLDAHMNAKIADFGLSNMMSDGEFLRTSCGSPNYAAPEVISGRLYAGPEVDIWSSGVILYALLCGTLPFDDDHVPTLFKKICDGIFYTPQYLNPSVISLLKHMLQVDPMKRASIKDIREHEWFKQDLPKYLFPEDPSYSSTMIDDEALKEVCEKFECSEEEVLSCLYNRNHQDPLAVAYHLIIDNRRIMNEAKDFYLATSPPDSFLDDHHLTRPHPERVPFLVAETPRARHTLDELNPQKSKHQGVRKAKWHLGIRSQSRPNDIMAEVCRAIKQLDYEWKVVNPYYLRVRRKNPVTSTYSKMSLQLYQVDSRTYLLDFRSIDDGITAAASGTATPQRSGSVSNYRSCQRSDSDAEAQGKSSEVSLTSSVTSLDSSPVDLTPRPGSHTIEFFEMCANLIKILAQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 ;
分子量 formula_weight	22449.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ARPTVIRWSEGGKEVFISGSFNNWSTKIPLIKSHNDFVAILDLPEGEHQYKFFVDGQWVHDPSEPVVTSQLGTINNLIHVKKSDFEVFDALKLDSMESSETSCRDLSSSPPGPYGQEMYAFRSEERFKSPPILPPHLLQVILNKDTNISCDPALLPEPNHVMLNHLYALSIKDSVMVLSATHRYKKKYVTTLLYKPI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ;
分子量 formula_weight	34645.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

SNNSVYTSFMKSHRCYDLIPTSSKLVVFDTSLQVKKAFFALVTNGVRAAPLWDSKKQSFVGMLTITDFINILHRYYKSALVQIYELEEHKIETWREVYLQDSFKPLVCISPNASLFDAVSSLIRNKIHRLPVIDPESGNTLYILTHKRILKFLKLFITEFPKPEFMSKSLEELQIGTYANIAMVRTTTPVYVALGIFVQHRVSALPVVDEKGRVVDIYSKFDVINLAAEKTYNNLDVSVTKALQHRSHYFEGVLKCYLHETLETIINRLVEAEVHRLVVVDENDVVKGIVSLSDILQALVLTGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose)
分子量 formula_weight	1153.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	STAUROSPORINE
分子量 formula_weight	466.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	132.566 Å
晶胞边长 b length_b	132.566 Å
晶胞边长 c length_c	195.392 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.047 Å
最低分辨率 resolution_low	39.657 Å
R 因子 r_factor	0.2271
R_work r_work	0.2244
R_free r_free	0.2595

Crystal structure of the phosphorylated human alpha1 beta2 gamma1 holo-AMPK complex bound to AMP and cyclodextrin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4rer__assembly_1__model_1

4rer__assembly_1__model_1 | I(q)

4rer__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the phosphorylated human alpha1 beta2 gamma1 holo-AMPK complex bound to AMP and cyclodextrin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4rer__assembly_1__model_1

4rer__assembly_1__model_1 | I(q)

4rer__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)