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4rh7

Crystal structure of human cytoplasmic dynein 2 motor domain in complex with ADP.Vi

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 181.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Green fluorescent protein/Cytoplasmic dynein 2 heavy chain 1

Homo sapiens

UniProt Q8NCM8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1091–4307 未记录 AOV ADP ORTHOVANADATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；mixing equal volumes of protein (8mg/ml) and reservoir solution (4-6 % PEG 6000 and 0.1 M Tris pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K 分辨率 3.41 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4RH7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8RGG Structure of dynein-2 intermediate chain DYNC2I2 (WDR34) in complex with dynein-2 heavy chain DYNC2H1. 提交 2023-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 2–4307（4306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8RGH Structure of dynein-2 intermediate chain DYNC2I1 (WDR60) in complex with the dynein-2 heavy chain DYNC2H1. 提交 2023-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–4307（4306 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYHC2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 233–3449； UniProt 1091–4307

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4rh7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4rh7
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4rh7
沉积日期 deposition_date2014-10-01
结构标题 titleCrystal structure of human cytoplasmic dynein 2 motor domain in complex with ADP.Vi
关键词 keywordsAAA+ protein, motor protein, dynein motor domain; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron60.17 Å
零角强度 I(0) i01533890000.00
分子量 molecular_weight323760.0 kDa
排除体积 excluded_volume403970 ų
包络体积 envelope_volume633000 ų
水化壳体积 shell_volume97843 ų
包络直径 envelope_diameter288.0 Å
壳层 Rg shell_rg54.97 Å
包络 Rg envelope_rg72.95 Å
形状 Rg shape_rg60.52 Å
总 Rg total_rg58.77 Å
总原子数 total_atoms22816
残基数 n_residues3005
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax181.9 Å
Rg (实空间) rg_real51.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6750e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1519000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8831
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary60.6 Å
偏度 Skewness skewness0.868
峰度 Kurtosis kurtosis1.011
角度范围 angular_range— – 0.1350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.3184
最高正则化参数 α highest_alpha204900000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.011; Oscil: 0.578; Stabil: 0.984; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.936
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4rh7A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)