SAXSdb — 4rly

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nav1.2 - AnkB chimera

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 74–92	未记录	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.8 M ammonium sulfate, 6-8% dioxane, and 0.1 M MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 74–92	未记录	SO4 SULFATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.8 M ammonium sulfate, 6-8% dioxane, and 0.1 M MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A9JQD3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–21； UniProt 74–92

Nav1.2 - AnkB chimera

Homo sapiens

UniProt Q01484

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–318	未记录	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.8 M ammonium sulfate, 6-8% dioxane, and 0.1 M MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–318	未记录	SO4 SULFATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.8 M ammonium sulfate, 6-8% dioxane, and 0.1 M MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4RLY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4D8O Crystal Structure of the ankyrin-B ZU5-ZU5-UPA-DD tandem 提交 2012-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 966–1210（245 aa）片段：residues 966-1535 链 A 1253–1568（316 aa）片段：residues 966-1535	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 5% n-Octyl-beta-D-glucoside, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
4RLV Crystal Structure of AnkB 24 Ankyrin Repeats in Complex with AnkR Autoinhibition Segment 提交 2014-10-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–873（846 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；0.5 M ammonium sulfate, 1.0 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.49 Å R-free 0.253
5Y4D Crystal Structure of AnkB Ankyrin Repeats in Complex with AnkR/AnkB Chimeric Autoinhibition Segment 提交 2017-08-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3707–3718（12 aa）片段：UNP RESIDUES 1577-1613,UNP RESIDUES 3707-3718,UNP RESIDUES 28-693 链 A 28–693（666 aa）片段：UNP RESIDUES 1577-1613,UNP RESIDUES 3707-3718,UNP RESIDUES 28-693	未记录	SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.0)	分辨率 3.30 Å R-free 0.229
5Y4E Crystal Structure of AnkB Ankyrin Repeats R8-14 in complex with autoinhibition segment AI-b 提交 2017-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 857–896（40 aa）片段：UNP RESIDUES 857-896,UNP RESIDUES 264-483 链 A 264–483（220 aa）片段：UNP RESIDUES 857-896,UNP RESIDUES 264-483	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；0.1 M HEPES (pH 7.0), 1 M ammonium sulfate, 0.5% w/v PEG 8000	分辨率 2.34 Å R-free 0.233
5Y4E Crystal Structure of AnkB Ankyrin Repeats R8-14 in complex with autoinhibition segment AI-b 提交 2017-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 857–896（40 aa）片段：UNP RESIDUES 857-896,UNP RESIDUES 264-483 链 B 264–483（220 aa）片段：UNP RESIDUES 857-896,UNP RESIDUES 264-483	未记录	SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；0.1 M HEPES (pH 7.0), 1 M ammonium sulfate, 0.5% w/v PEG 8000	分辨率 2.34 Å R-free 0.233
5Y4F Crystal Structure of AnkB Ankyrin Repeats R13-24 in complex with autoinhibition segment AI-c 提交 2017-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 430–873（444 aa）片段：UNP RESIDUES 430-873	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 28% v/v PEG 400	分辨率 1.95 Å R-free 0.220
5Y4F Crystal Structure of AnkB Ankyrin Repeats R13-24 in complex with autoinhibition segment AI-c 提交 2017-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 430–873（444 aa）片段：UNP RESIDUES 430-873	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 28% v/v PEG 400	分辨率 1.95 Å R-free 0.220
5YIR Crystal Structure of AnkB LIR/GABARAP complex 提交 2017-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1588–1614（27 aa）片段：UNP RESIDUES 1588-1614	未记录	NI NICKEL (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；12% w/v PEG 3350, 5 mM CoCl2, 5 mM NiCl2, 5 mM CdCl2, 5 mM MgCl2, 0.1 M HEPES buffer (pH 7.5)	分辨率 2.75 Å R-free 0.224
5YIR Crystal Structure of AnkB LIR/GABARAP complex 提交 2017-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1588–1614（27 aa）片段：UNP RESIDUES 1588-1614	未记录	NI NICKEL (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；12% w/v PEG 3350, 5 mM CoCl2, 5 mM NiCl2, 5 mM CdCl2, 5 mM MgCl2, 0.1 M HEPES buffer (pH 7.5)	分辨率 2.75 Å R-free 0.224
5YIR Crystal Structure of AnkB LIR/GABARAP complex 提交 2017-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1588–1614（27 aa）片段：UNP RESIDUES 1588-1614	未记录	NI NICKEL (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；12% w/v PEG 3350, 5 mM CoCl2, 5 mM NiCl2, 5 mM CdCl2, 5 mM MgCl2, 0.1 M HEPES buffer (pH 7.5)	分辨率 2.75 Å R-free 0.224
5YIS Crystal Structure of AnkB LIR/LC3B complex 提交 2017-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1588–1614（27 aa）片段：UNP RESIDUES 1588-1614	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M Tris buffer (pH 8.5)	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
5YIS Crystal Structure of AnkB LIR/LC3B complex 提交 2017-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1588–1614（27 aa）片段：UNP RESIDUES 1588-1614	未记录	GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M Tris buffer (pH 8.5)	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
6KZJ Crystal structure of Ankyrin B/NdeL1 complex 提交 2019-09-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1499–1570（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；289 K；1.9M ammonium sulfate, 0.16M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6	分辨率 1.50 Å R-free 0.211
6M3Q Crystal structure of AnkB/beta4-spectrin complex 提交 2020-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 951–1458（508 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；25% w/v pentaerythritol propoxylate 629 (17/8 PO/OH), 50 mM magnesium chloride and 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 3.44 Å R-free 0.307
8ZE8 Arf-GTPase activating protein Asap1 SH3 domain in complex with 440 Kd Ankyrin-B fragment 提交 2024-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1699–1710（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M MES monohydrate, pH=6.0, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000	分辨率 2.07 Å R-free 0.226
8ZE8 Arf-GTPase activating protein Asap1 SH3 domain in complex with 440 Kd Ankyrin-B fragment 提交 2024-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1699–1710（12 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M MES monohydrate, pH=6.0, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000	分辨率 2.07 Å R-free 0.226
8ZE8 Arf-GTPase activating protein Asap1 SH3 domain in complex with 440 Kd Ankyrin-B fragment 提交 2024-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1699–1710（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M MES monohydrate, pH=6.0, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000	分辨率 2.07 Å R-free 0.226
8ZE8 Arf-GTPase activating protein Asap1 SH3 domain in complex with 440 Kd Ankyrin-B fragment 提交 2024-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1699–1710（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M MES monohydrate, pH=6.0, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000	分辨率 2.07 Å R-free 0.226

共 10 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ANK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 30–320； UniProt 28–318

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4rly
沉积日期 deposition_date	2014-10-18
结构标题 title	Crystal Structure of AnkB Ankyrin Repeats (R1-R9) in Complex with Nav1.2 Ankyrin Binding Domain
关键词 keywords	ANK Repeat, Protein-protein interaction, Structural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.41 Å
零角强度 I(0) i0	20862000.00
分子量 molecular_weight	32838.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40272 Å³
包络体积 envelope_volume	50225 Å³
水化壳体积 shell_volume	18510 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.76 Å
包络 Rg envelope_rg	25.79 Å
形状 Rg shape_rg	25.42 Å
总 Rg total_rg	25.88 Å
总原子数 total_atoms	2297
残基数 n_residues	308
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.4 Å
Rg (实空间) rg_real	25.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7846
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.602
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.314
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8496000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.594; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.529; Smooth: 0.897

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nav1.2 - AnkB chimera
分子量 formula_weight	34810.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2371

GSTVTVPIAVGESDFENLNTEGSLVPRGSKSDSNASFLRAARAGNLDKVVEYLKGGIDINTCNQNGLNALHLAAKEGHVGLVQELLGRGSSVDSATKKGNTALHIASLAGQAEVVKVLVKEGANINAQSQNGFTPLYMAAQENHIDVVKYLLENGANQSTATEDGFTPLAVALQQGHNQAVAILLENDTKGKVRLPALHIAARKDDTKSAALLLQNDHNADVQSKMMVNRTTESGFTPLHIAAHYGNVNVATLLLNRGAAVDFTARNGITPLHVASKRGNTNMVKLLLDRGGQIDAKTRDGLTPLHCAARSGHDQVVELLKVVTEEVTT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	mouse, human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4rlyA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.295 Å
晶胞边长 b length_b	102.295 Å
晶胞边长 c length_c	106.008 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 2 2
空间群编号 int_tables_number	93
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.503 Å
最低分辨率 resolution_low	34.229 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1875
R_free r_free	0.2384

fit	/app/data/saxs_computation/rl/4rly/4rly.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rl/4rly/4rly.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rl/4rly/4rly.dat

Crystal Structure of AnkB Ankyrin Repeats (R1-R9) in Complex with Nav1.2 Ankyrin Binding Domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nav1.2 - AnkB chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nav1.2 - AnkB chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)