SAXSdb — 4s3o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） Polycomb group RING finger protein 5 × 1 （Q86SE9） ZINC ION × 4 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） Polycomb group RING finger protein 5 × 1 （Q86SE9） ZINC ION × 4 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2D3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–148； UniProt 2–147 作者链 D； PDB构建体 3–148； UniProt 2–147

E3 ubiquitin-protein ligase RING2

Homo sapiens

UniProt Q99496

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 1 （P61077） Polycomb group RING finger protein 5 × 1 （Q86SE9） ZINC ION × 4 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 1 （P61077） Polycomb group RING finger protein 5 × 1 （Q86SE9） ZINC ION × 4 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RING2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116 作者链 E； PDB构建体 3–118； UniProt 1–116

Polycomb group RING finger protein 5

Homo sapiens

UniProt Q86SE9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 1 （P61077） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） ZINC ION × 4 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 1 （P61077） E3 ubiquitin-protein ligase RING2 × 1 （Q99496） ZINC ION × 4 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCGF5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 F； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4s3o
沉积日期 deposition_date	2015-03-23
结构标题 title	PCGF5-RING1B-UbcH5c complex
关键词 keywords	E2, E3, RING domain, Ubiquitin RING E3 Ligase, Ligase-Transcription complex; Ligase/Transcription
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4s3o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4s3o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4s3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.46 Å
Rg（电子密度）	24.70 Å
总 Rg	25.29 Å
原子数	2696
残基数	342
排除体积	48121 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4s3o__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4s3o__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
分子量 formula_weight	16719.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	5635

GSALKRINKELSDLARDPPAQCSAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSICLDILRSQWSPALTISKVLLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDRDKYNRISREWTQKYAM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RING2
分子量 formula_weight	13247.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

GSMSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITALRSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polycomb group RING finger protein 5
分子量 formula_weight	13950.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MATQRKHLVKDFNPYITCYICKGYLIKPTTVTECLHTFCKTCIVQHFEDSNDCPRCGNQVHETNPLEMLRLDNTLEEIIFKLVPGLREQELERESEFWKKNKPQENGQDLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	152

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4s3oa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d4s3oa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4s3od1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d4s3od2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4s3oA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	4s3oB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	4s3oC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	4s3oD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	4s3oE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	4s3oF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

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晶胞边长 a length_a	54.392 Å
晶胞边长 b length_b	105.285 Å
晶胞边长 c length_c	132.417 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.919 Å
R 因子 r_factor	0.1961
R_work r_work	0.1939
R_free r_free	0.2368

PCGF5-RING1B-UbcH5c complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E3 ubiquitin-protein ligase RING2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polycomb group RING finger protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4s3o__assembly_1__model_1

4s3o__assembly_1__model_1 | I(q)

4s3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

PCGF5-RING1B-UbcH5c complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RING2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb group RING finger protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4s3o__assembly_1__model_1

4s3o__assembly_1__model_1 | I(q)

4s3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)