4tpw

The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 75.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 4E

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–217	片段：UNP residues 28-217	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 33R (2E)-2-{2-[(4P)-4-(3,4-dichlorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazinylidene}-3-(2-nitrophenyl)propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG 4000 10-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 28–217	片段：UNP residues 28-217	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；PEG 4000 10-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.50 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4TPW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1IPB CRYSTAL STRUCTURE OF EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E COMPLEXED WITH 7-METHYL GPPPA 提交 2001-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
1IPC CRYSTAL STRUCTURE OF EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4E COMPLEXED WITH 7-METHYL GTP 提交 2001-05-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
1WKW Crystal structure of the ternary complex of eIF4E-m7GpppA-4EBP1 peptide 提交 2004-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–217（191 aa）片段：RESIDUES 27-217	未记录	GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 4000, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
2GPQ Cap-free structure of eIF4E suggests basis for its allosteric regulation 提交 2006-04-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.3mM eIF4E U-98% 15N, U-13C; 50mM phosphate buffer; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 50mM phosphate buffer; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 0.3mM eIF4E U-98% 15N, U-95% D; 50mM phosphate buffer; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 50mM phosphate buffer; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
2V8W Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 2.30 Å R-free 0.243
2V8W Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 2.30 Å R-free 0.243
2V8X Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGQ 7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
2V8X Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–217（217 aa）	未记录	MGQ 7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
2V8Y Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGV P-FLUORO-7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
2V8Y Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives 提交 2007-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–217（217 aa）	未记录	MGV P-FLUORO-7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
2W97 Crystal Structure of eIF4E Bound to Glycerol and eIF4G1 peptide 提交 2009-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–217（217 aa）链 B 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；60% AMMONIUM SULPHATE, 100MM TRIS-HCL PH 8.0, 1% PEG400	分辨率 2.29 Å R-free 0.239
3AM7 Crystal structure of the ternary complex of eIF4E-M7GTP-4EBP2 peptide 提交 2010-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–217（191 aa）片段：UNP RESIDUES 27-217	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG-MME 2000, 0.1M MES, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3TF2 Crystal structure of the cap free human translation initiation factor eIF4E 提交 2011-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；20% PEG-3350, 0.2 M diammonium citrate, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
3TF2 Crystal structure of the cap free human translation initiation factor eIF4E 提交 2011-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–217（217 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；20% PEG-3350, 0.2 M diammonium citrate, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
3TF2 Crystal structure of the cap free human translation initiation factor eIF4E 提交 2011-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–217（217 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；20% PEG-3350, 0.2 M diammonium citrate, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
3TF2 Crystal structure of the cap free human translation initiation factor eIF4E 提交 2011-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–217（217 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；20% PEG-3350, 0.2 M diammonium citrate, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
3U7X Crystal structure of the human eIF4E-4EBP1 peptide complex without cap 提交 2011-10-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium HEPES), vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
3U7X Crystal structure of the human eIF4E-4EBP1 peptide complex without cap 提交 2011-10-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–217（217 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium HEPES), vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
3U7X Crystal structure of the human eIF4E-4EBP1 peptide complex without cap 提交 2011-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–217（217 aa）链 B 1–217（217 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1:1 of (protein stock: 0.0004 M eif4e, 0.001 M 4epb1, 0.004 M ribavirin, 0.02 HEPES, 0.1 M potassium chloride, 0.001 tcep, ph 7.3):(reservoir: 2 M ammonium sulfate, 2% Peg-400, 0.1 M sodium HEPES), vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
4AZA Improved eIF4E binding peptides by phage display guided design. 提交 2012-06-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；20% PEG 5000 MME, 100 MM BISTRIS PH 6.5.	分辨率 2.16 Å R-free 0.279
4AZA Improved eIF4E binding peptides by phage display guided design. 提交 2012-06-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；20% PEG 5000 MME, 100 MM BISTRIS PH 6.5.	分辨率 2.16 Å R-free 0.279
4BEA Crystal Structure of eIF4E in Complex with a Stapled Peptide Derivative 提交 2013-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；18-26% OF POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.01-02M AMMONIUM SULPHATE AND 100MM BIS-TRIS AT PH 5.5	分辨率 2.57 Å R-free 0.266
4DT6 Co-crystal structure of eIF4E with inhibitor 提交 2012-02-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	6LI 7-[2-(4-chlorophenoxy)ethyl]guanosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；The purified protein which contained 100 uM m7-GTP was concentrated to about 7 mg/mL in 20 mM Hepes, pH 7.6, 100 mM KCl, 1mM DTT, and 0.1 mM EDTA for crystallization. The m7-GTP-bound eIF4e protein was crystallized with 1:1 ratio of protein solution to reservoir solution of 17-20% PEG-3350 and 0.1-0.4M Na formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
4DUM Co-crystal structure of eIF4E with inhibitor 提交 2012-02-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	HLI (4-{7-[2-(4-chlorophenoxy)ethyl]-2-(methylamino)-6-oxo-6,7-dihydro-1H-purin-8-yl}phenyl)phosphonic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；The purified protein which contained 100 uM m7-GTP was then concentrated to about 7 mg/mL in 20 mM Hepes, pH7.6, 100 mM KCl, 1mM DTT, 0.1 mM EDTA for crystallization. The m7-GTP-bound eIF4e protein was crystallized with 1:1 ratio of protein solution to reservoir solution of 17-20% PEG-3350 and 0.1-0.4M Na formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.95 Å R-free 0.271
4TQB The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G 提交 2014-06-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 34K (2E)-2-{2-[4-(4-bromophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazinylidene}-3-(2-nitrophenyl)propanoic acid × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 4000 12-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.59 Å R-free 0.211
4TQB The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G 提交 2014-06-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 4000 12-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.59 Å R-free 0.211
4TQC The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G 提交 2014-06-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 34J (2S)-3-(4-amino-3-nitrophenyl)-2-{2-[(4P)-4-(3,4-dichlorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazin-1-yl}propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG 4000 12-20%, 100mM MES pH 8.5, 10% IPN	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
4TQC The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G 提交 2014-06-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG 4000 12-20%, 100mM MES pH 8.5, 10% IPN	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
4UED Complex of human eIF4E with the 4E binding protein 4E-BP1 提交 2014-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）片段：RESIDUES 36-217	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.03M EACH DIETHYLENE GLYCOL, TRIETHYLENE GLYCOL, TETRAETHYLENE GLYCOL, PENTAETHYLENE GLYCOL, 0.1M BICINE/TRIZMA BASE PH 8.5, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD	分辨率 1.75 Å R-free 0.237
5EHC Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	5NX 3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2-azanyl-7-[(3-chlorophenyl)methyl]-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylamino]-4-oxidanyl-cyclobut-3-ene-1,2-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1???3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
5EI3 Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	5O8 ~{N}-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2-azanyl-6-oxidanylidene-7-(phenylmethyl)-1~{H}-purin-7-ium-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1???3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding	分辨率 1.71 Å R-free 0.187
5EIR Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	5O8 ~{N}-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2-azanyl-6-oxidanylidene-7-(phenylmethyl)-1~{H}-purin-7-ium-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1???3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding. Crystals replaced in to above conditions without (NH4)2SO4 prior to freezing.	分辨率 2.69 Å R-free 0.272
5EKV Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	5PQ 3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylamino]-4-oxidanyl-cyclobut-3-ene-1,2-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1-3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding	分辨率 3.61 Å R-free 0.342
5EKV Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–217（217 aa）	未记录	5PQ 3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylamino]-4-oxidanyl-cyclobut-3-ene-1,2-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1-3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding	分辨率 3.61 Å R-free 0.342
5GW6 Water-Bridge Mediates Recognition of mRNA Cap in eIF4E 提交 2016-09-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–217（195 aa）	突变：E105A, K106A, K108A	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；20% PEG 5000 MME, 100MM TRIS BIS PH 5.0, 0.05M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 1.97 Å R-free 0.228
5T46 Crystal structure of the human eIF4E-eIF4G complex 提交 2016-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；0.1 M Hepes pH 7.25, 25% w/v PEG 6000	分辨率 1.53 Å R-free 0.162
5T46 Crystal structure of the human eIF4E-eIF4G complex 提交 2016-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–217（217 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；0.1 M Hepes pH 7.25, 25% w/v PEG 6000	分辨率 1.53 Å R-free 0.162
5ZJY Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；30%(W/V) PEG 6000, 0.1M Na-Hepes pH6.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.216
5ZJZ Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；12.5%(w/v) PEG20000, 20%(w/v) PEG MME 550, 0.1M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.212
5ZK5 Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–217（190 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；30%(w/v) PEG6000, 0.1M Na-Hepes pH 6.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.268
5ZK7 Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IOD IODIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.2M Potassium Iodide, 0.1M MES/Imidazole pH6.5, 25%(wv) PEG4000	分辨率 2.12 Å R-free 0.270
5ZK7 Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–217（190 aa）片段：UNP residues 28-217	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.2M Potassium Iodide, 0.1M MES/Imidazole pH6.5, 25%(wv) PEG4000	分辨率 2.12 Å R-free 0.270
5ZK9 Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–217（190 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；12.5% pEG1000 w/v, 12.5% PEG3350 w/v, 12.5% MPD w/v, 0.1M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 1.76 Å R-free 0.211
5ZML Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-04-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–217（191 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；40%(v/v) Ethylene glycol, 20 %(w/v) PEG 8000, 0.3M Sodium nitrate, 0.3M Ammonium sulfate, 100mM Sodium HEPES/MOPS pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
7D6Y eIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain 提交 2020-10-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；25% (w/v) PEG 6000, 0.01-02 M Ammonium Sulphate, 100mM Tris, pH 8.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.206
7D8B Engineering Disulphide-Free Autonomous Antibody VH Domains to modulate intracellular pathways 提交 2020-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.01M Tri-sodium citrate, 16% PEG 6000	分辨率 2.46 Å R-free 0.292
7D8B Engineering Disulphide-Free Autonomous Antibody VH Domains to modulate intracellular pathways 提交 2020-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–217（217 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.01M Tri-sodium citrate, 16% PEG 6000	分辨率 2.46 Å R-free 0.292
7EZW Cyclic Peptide that Interacts with the eIF4E Capped-mRNA Binding Site 提交 2021-06-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Potassium chloride 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.248
7F07 Autonomous VH domain that interacts with eIF4E at the Capped mRNA Binding site. 提交 2021-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M TRIS.HCl pH 8.5 25% (v/v) PEG 550 MME	分辨率 2.25 Å R-free 0.266
7MEU A biphenyl inhibitor of eIF4E targeting an internal binding site enables the design of cell-permeable PROTAC-degraders 提交 2021-04-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–217（191 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 Z5D (2E)-2-{2-[4-([1,1'-biphenyl]-4-yl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazinylidene}-3-(2-nitrophenyl)propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 4000 10-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.91 Å R-free 0.219
7MEU A biphenyl inhibitor of eIF4E targeting an internal binding site enables the design of cell-permeable PROTAC-degraders 提交 2021-04-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–217（191 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 4000 10-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN	分辨率 1.91 Å R-free 0.219
7XTP eIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain 提交 2022-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium HEPES pH7.5, 25% PEG 6000	分辨率 1.83 Å R-free 0.259
7XTP eIF4E in Complex with a Disulphide-Free Autonomous VH Domain 提交 2022-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–217（217 aa）	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium HEPES pH7.5, 25% PEG 6000	分辨率 1.83 Å R-free 0.259
8QM4 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 W5B 3-phenylphenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；273 K；0.002M DTT, 40% PEG 400, 0.1M pH=7.5 HEPES/NaOH	分辨率 1.85 Å R-free 0.217
8QM5 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	W4U 1-(4-chlorophenyl)cyclopentane-1-carboxylic acid × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.002M DTT 40% PEG 400 0.1M pH=7.5 HEPES/NaOH	分辨率 1.89 Å R-free 0.220
8QM6 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 W2N (1~{S})-1-[4-(2-fluorophenyl)phenyl]ethanol × 2 W4B (1~{R})-1-[4-(2-fluorophenyl)phenyl]ethanol × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.002M DTT 40% PEG 400 0.1M pH=8 Tris/HCl	分辨率 1.93 Å R-free 0.227
8QM7 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 W5K (2~{R})-2-[(1~{R})-1-[4-(2-fluorophenyl)-2-(2-hydroxyethylamino)phenyl]propoxy]propan-1-ol × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.002M DTT 38% PEG 400 0.1M pH=8 Tris/HCl	分辨率 2.19 Å R-free 0.240
8QM8 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 W4K (2~{R})-2-[(1~{S})-1-[4-(2-fluorophenyl)-2-(2-hydroxyethylamino)phenyl]propoxy]propan-1-ol × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；10% PEG 3350 0.1M pH=8 Bicine/NaOH	分辨率 1.58 Å R-free 0.202
8QM9 Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E 提交 2023-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–217（182 aa）链 B 36–217（182 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 W4K (2~{R})-2-[(1~{S})-1-[4-(2-fluorophenyl)-2-(2-hydroxyethylamino)phenyl]propoxy]propan-1-ol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.002M DTT 38% PEG 400 0.1M pH=8 Tris/HCl	分辨率 1.97 Å R-free 0.272
8SX4 Crystal Structure of eIF4e in complex with Compound 7n 提交 2023-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–217（190 aa）	未记录	WXL [(~{Z})-4-[2-azanyl-7-[(5-chloranyl-1~{H}-indol-2-yl)methyl]-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl]but-2-enyl]phosphonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16-26% Peg 3350, 0.1 M MES pH 6.0, 10% isopropanol and 2 mM CaCl2	分辨率 1.99 Å R-free 0.243
8SX4 Crystal Structure of eIF4e in complex with Compound 7n 提交 2023-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–217（190 aa）	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16-26% Peg 3350, 0.1 M MES pH 6.0, 10% isopropanol and 2 mM CaCl2	分辨率 1.99 Å R-free 0.243
9DON Crystal structure of eIF4e in complex with Compound 5-PA 提交 2024-09-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–217（190 aa）	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% Peg 3350, 0.1 M MES pH 6.0, 10% isopropanol and 2 mM CaCl2	分辨率 2.09 Å R-free 0.247
9DON Crystal structure of eIF4e in complex with Compound 5-PA 提交 2024-09-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–217（190 aa）	未记录	A1A8P 2-[3-[[2-azanyl-7-[(5-chloranyl-1-benzofuran-2-yl)methyl]-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl]methyl]phenyl]ethylphosphonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% Peg 3350, 0.1 M MES pH 6.0, 10% isopropanol and 2 mM CaCl2	分辨率 2.09 Å R-free 0.247

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UniProt名称	IF4E_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–191； UniProt 28–217 作者链 B； PDB构建体 2–191； UniProt 28–217

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4tpw
沉积日期 deposition_date	2014-06-09
结构标题 title	The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G
关键词 keywords	eIF4E, 4EGI1, allosteric, translation initiation inhibitor, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.34 Å
零角强度 I(0) i0	35818600.00
分子量 molecular_weight	44662.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55328 Å³
包络体积 envelope_volume	66139 Å³
水化壳体积 shell_volume	24904 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.8 Å
壳层 Rg shell_rg	29.15 Å
包络 Rg envelope_rg	22.47 Å
形状 Rg shape_rg	22.28 Å
总 Rg total_rg	23.36 Å
总原子数 total_atoms	6168
残基数 n_residues	368
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7018
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.365
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.403
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7443000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.154; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 4E
分子量 formula_weight	22290.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6813

MVANPEHYIKHPLQNRWALWFFKNDKSKTWQANLRLISKFDTVEDFWALYNHIQLSSNLMPGCDYSLFKDGIEPMWEDEKNKRGGRWLITLNKQQRRSDLDRFWLETLLCLIGESFDDYSDDVCGAVVNVRAKGDKIAIWTTECENREAVTHIGRVYKERLGLPPKIVIGYQSHADTATKSGSTTKNRFVV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	538.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2E)-2-{2-[(4P)-4-(3,4-dichlorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]hydrazinylidene}-3-(2-nitrophenyl)propanoic acid
分子量 formula_weight	451.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	424

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4tpwa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.86 — eIF4e-like
超家族 Superfamily superfamily	d.86.1 — eIF4e-like
家族 Family family	d.86.1.1 — Translation initiation factor eIF4e

结构域编号 domain_id	d4tpwb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.86 — eIF4e-like
超家族 Superfamily superfamily	d.86.1 — eIF4e-like
家族 Family family	d.86.1.1 — Translation initiation factor eIF4e

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4tpwA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	760 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e

结构域编号 domain_id	4tpwB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	760 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.340 Å
晶胞边长 b length_b	73.200 Å
晶胞边长 c length_c	65.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.666 Å
R 因子 r_factor	0.1725
R_work r_work	0.1716
R_free r_free	0.1928

fit	/app/data/saxs_computation/tp/4tpw/4tpw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tp/4tpw/4tpw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tp/4tpw/4tpw.dat