8qm4

Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 81.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qm4
沉积日期 deposition_date	2023-09-21
结构标题 title	Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E
关键词 keywords	translation initiation factor, translation regulator, protein biosynthesis, RNA binding, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.67 Å
零角强度 I(0) i0	71690600.00
分子量 molecular_weight	44244.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42829 Å³
包络体积 envelope_volume	72668 Å³
水化壳体积 shell_volume	25617 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.6 Å
壳层 Rg shell_rg	30.72 Å
包络 Rg envelope_rg	24.00 Å
形状 Rg shape_rg	23.62 Å
总 Rg total_rg	24.37 Å
总原子数 total_atoms	3373
残基数 n_residues	402
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.5 Å
Rg (实空间) rg_real	24.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	71690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8833
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.353
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.414
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.992

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 4E
分子量 formula_weight	25014.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3504

MHHHHHHGARIIYDRAFLMACRGGGGENLYFQGKHPLQNRWALWFFKNDKSKTWQANLRLISKFDTVEDFWALYNHIQLSSNLMPGCDYSLFKDGIEPMWEDEKNKRGGRWLITLNKQQRRSDLNRFWLETLLCLIGESFDDYSDDVCGAVVNVRAKGDKIAIWTTECENREAVTHIGRVYKERLGLPPKIVIGYQSHADTATKSGSTTKNRFVV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	3-phenylphenol
分子量 formula_weight	170.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	120

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.152 Å
晶胞边长 b length_b	69.427 Å
晶胞边长 c length_c	63.818 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.849 Å
最低分辨率 resolution_low	63.480 Å
R 因子 r_factor	0.1945
R_work r_work	0.1933
R_free r_free	0.2169

fit	/app/data/saxs_computation/qm/8qm4/8qm4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qm/8qm4/8qm4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qm/8qm4/8qm4.dat

Potential drug binding sites for translation initiation factor eIF4E

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction