4u0g

Crystal Structure of M. tuberculosis ClpP1P2 bound to ADEP and agonist

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 21	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 × 7 （P9WPC5） ADEP-2B5Me × 7 N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-isoleucyl-L-leucine × 14 SULFATE ION × 17 DIMETHYL SULFOXIDE × 8 (2E,5S)-5-methylhept-2-enoic acid × 7 water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 21	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 × 7 （P9WPC5） ADEP-2B5Me × 7 N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-isoleucyl-L-leucine × 14 SULFATE ION × 18 DIMETHYL SULFOXIDE × 7 (2E,5S)-5-methylhept-2-enoic acid × 7 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPP2_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 B； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 C； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 D； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 E； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 F； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 G； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 O； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 P； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 Q； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 R； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 S； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 T； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214 作者链 U； PDB构建体 1–202； UniProt 13–214

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

UniProt P9WPC5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 21	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 × 7 （P9WPC3） ADEP-2B5Me × 7 N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-isoleucyl-L-leucine × 14 SULFATE ION × 17 DIMETHYL SULFOXIDE × 8 (2E,5S)-5-methylhept-2-enoic acid × 7 water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 21	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 × 7 （P9WPC3） ADEP-2B5Me × 7 N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-isoleucyl-L-leucine × 14 SULFATE ION × 18 DIMETHYL SULFOXIDE × 7 (2E,5S)-5-methylhept-2-enoic acid × 7 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPP1_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 I； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 J； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 K； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 L； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 M； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 N； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 V； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 W； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 X； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 Y； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 Z； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 a； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200 作者链 b； PDB构建体 1–194； UniProt 7–200

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4u0g
沉积日期 deposition_date	2014-07-11
结构标题 title	Crystal Structure of M. tuberculosis ClpP1P2 bound to ADEP and agonist
关键词 keywords	hydrolase, peptidase, hydrolase-antibiotic complex; hydrolase/antibiotic
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4u0g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4u0g__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4u0g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.09 Å
Rg（电子密度）	43.06 Å
总 Rg	43.46 Å
原子数	40844
残基数	2567
排除体积	367840 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4u0g__assembly_1__model_1`	21-meric （21）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4u0g__assembly_2__model_1`	21-meric （21）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
分子量 formula_weight	22235.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,O,P,Q,R,S,T,U
原子数 atom_count	81740

RYILPSFIEHSSFGVKESNPYNKLFEERIIFLGVQVDDASANDIMAQLLVLESLDPDRDITMYINSPGGGFTSLMAIYDTMQYVRADIQTVCLGQAASAAAVLLAAGTPGKRMALPNARVLIHQPSLSGVIQGQFSDLEIQAAEIERMRTLMETTLARHTGKDAGVIRKDTDRDKILTAEEAKDYGIIDTVLEYRKLSAQTA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
分子量 formula_weight	21441.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K,L,M,N,V,W,X,Y,Z,a,b

MRSNSQGLSLTDSVYERLLSERIIFLGSEVNDEIANRLCAQILLLAAEDASKDISLYINSPGGSISAGMAIYDTMVLAPCDIATYAMGMAASMGEFLLAAGTKGKRYALPHARILMHQPLGGVTGSAADIAIQAEQFAVIKKEMFRLNAEFTGQPIERIEADSDRDRWFTAAEALEYGFVDHIITRAHVNGEAQ

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ADEP-2B5Me
分子量 formula_weight	692.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c,i,d,e,f,g,h,j,k,l,m,n,o,p

FTPXAP

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-isoleucyl-L-leucine
分子量 formula_weight	378.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(2E,5S)-5-methylhept-2-enoic acid
分子量 formula_weight	142.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

结构域编号 domain_id	4u0gA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gQ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gR00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gT00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gU00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gV00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gW00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gX00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gY00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gZ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0ga00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4u0gb00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	154.748 Å
晶胞边长 b length_b	187.673 Å
晶胞边长 c length_c	294.029 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.198 Å
最低分辨率 resolution_low	49.913 Å
R 因子 r_factor	0.1919
R_work r_work	0.1903
R_free r_free	0.2223

Crystal Structure of M. tuberculosis ClpP1P2 bound to ADEP and agonist

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4u0g__assembly_1__model_1

4u0g__assembly_1__model_1 | I(q)

4u0g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of M. tuberculosis ClpP1P2 bound to ADEP and agonist

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4u0g__assembly_1__model_1

4u0g__assembly_1__model_1 | I(q)

4u0g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

7. 引用文献 (1)