9jvp

CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bortezomib, conformation 3

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 184.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jvp
沉积日期 deposition_date	2024-10-09
结构标题 title	CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bortezomib, conformation 3
关键词 keywords	Mycobacterium tuberculosis, Caseinolytic protease system, Activation, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.35 Å
零角强度 I(0) i0	6279730000.00
分子量 molecular_weight	667810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	836250 Å³
包络体积 envelope_volume	1161900 Å³
水化壳体积 shell_volume	154990 Å³
包络直径 envelope_diameter	199.7 Å
壳层 Rg shell_rg	66.00 Å
包络 Rg envelope_rg	59.36 Å
形状 Rg shape_rg	61.33 Å
总 Rg total_rg	61.49 Å
总原子数 total_atoms	46966
残基数 n_residues	5946
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	184.5 Å
Rg (实空间) rg_real	61.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2800e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1520e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6279000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6024
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	71.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.362
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.421
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	626600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.001; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.007

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
分子量 formula_weight	73270.3 kDa
突变 mutation	E288A, F444S, E626A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	46966

SLVLDQFGRNLTAAAMEGKLDPVIGREKEIERVMQVLSRRTKNNPVLIGEPGVGKTAVVEGLAQAIVHGEVPETLKDKQLYTLDLGSLVAGSRYRGDFEERLKKVLKEINTRGDIILFIDALHTLVGAGAAEGAIDAASILKPKLARGELQTIGATTLDEYRKYIEKDAALERRFQPVQVGEPTVEHTIEILKGLRDRYEAHHRVSITDAAMVAAATLADRYINDRFLPDKAIDLIDEAGARMRIRRMTAPPDLREFDEKIAEARREKESAIDAQDSEKAASLRDREKTLVAQRAEREKQWRSGDLDVVAEVDDEQIAEVLGNWTGIPVFKLTEAETTRLLRMEEELHKRIIGQEDAVKAVSKAIRRTRAGLKDPKRPSGSFIFAGPSGVGKTELSKALANFLFGDDDALIQIDMGEFHDRFTASRLFGAPPGYVGYEEGGQLTEKVRRKPFSVVLFDAIEKAHQEIYNSLLQVLEDGRLTDGQGRTVDFKNTVLIFTSNLGTSDISKPVGLGFSKGGGENDYERMKQKVNDELKKHFRPEFLNRIDDIIVFHQLTREEIIRMVDLMISRVAGQLKSKDMALVLTDAAKALLAKRGFDPVLGARPLRRTIQREIEDQLSEKILFEEVGPGQVVTVDVDNWDGEGPGEDAVFTFTGTR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
分子量 formula_weight	19782.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,G,H,I,J,K,L

NPYNKLFEERIIFLGVQVDDASANDIMAQLLVLESLDPDRDITMYINSPGGGFTSLMAIYDTMQYVRADIQTVCLGQAASAAAVLLAAGTPGKRMALPNARVLIHQPSLSGVIQGQFSDLEIQAAEIERMRTLMETTLARHTGKDAGVIRKDTDRDKILTAEEAKDYGIIDTVLEYRKLS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
分子量 formula_weight	19383.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,N,O,P,Q,R,S

SLTDSVYERLLSERIIFLGSEVNDEIANRLCAQILLLAAEDASKDISLYINSPGGSISAGMAIYDTMVLAPCDIATYAMGMAASMGEFLLAAGTKGKRYALPHARILMHQPLGGVTGSAADIAIQAEQFAVIKKEMFRLNAEFTGQPIERIEADSDRDRWFTAAEALEYGFVDHIITR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Beta-casein
分子量 formula_weight	2624.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MKVLILACLVALALARELEELNVP

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE
分子量 formula_weight	384.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.15 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	520973

fit	/app/data/saxs_computation/jv/9jvp/9jvp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jv/9jvp/9jvp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jv/9jvp/9jvp.dat

CryoEM structure of M. tuberculosis ClpC1P1P2 complex bound to bortezomib, conformation 3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)