8yd2

CryoEM structure of M. tuberculosis ClpP1P2 bound to bortezomib

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 115.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yd2
沉积日期 deposition_date	2024-02-19
结构标题 title	CryoEM structure of M. tuberculosis ClpP1P2 bound to bortezomib
关键词 keywords	Mycobacterium tuberculosis, Caseinolytic protease system, Activation, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.86 Å
零角强度 I(0) i0	1137620000.00
分子量 molecular_weight	278920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	349660 Å³
包络体积 envelope_volume	459270 Å³
水化壳体积 shell_volume	89901 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.6 Å
壳层 Rg shell_rg	50.44 Å
包络 Rg envelope_rg	38.49 Å
形状 Rg shape_rg	40.85 Å
总 Rg total_rg	41.32 Å
总原子数 total_atoms	19572
残基数 n_residues	2506
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1380e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4910e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1138000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8743
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.1 Å
偏度 Skewness skewness	-0.217
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.581
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	517300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.743

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
分子量 formula_weight	19383.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M
原子数 atom_count	19572

SLTDSVYERLLSERIIFLGSEVNDEIANRLCAQILLLAAEDASKDISLYINSPGGSISAGMAIYDTMVLAPCDIATYAMGMAASMGEFLLAAGTKGKRYALPHARILMHQPLGGVTGSAADIAIQAEQFAVIKKEMFRLNAEFTGQPIERIEADSDRDRWFTAAEALEYGFVDHIITR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
分子量 formula_weight	19782.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N

NPYNKLFEERIIFLGVQVDDASANDIMAQLLVLESLDPDRDITMYINSPGGGFTSLMAIYDTMQYVRADIQTVCLGQAASAAAVLLAAGTPGKRMALPNARVLIHQPSLSGVIQGQFSDLEIQAAEIERMRTLMETTLARHTGKDAGVIRKDTDRDKILTAEEAKDYGIIDTVLEYRKLS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE
分子量 formula_weight	384.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.39 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	668234

fit	/app/data/saxs_computation/yd/8yd2/8yd2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yd/8yd2/8yd2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yd/8yd2/8yd2.dat

CryoEM structure of M. tuberculosis ClpP1P2 bound to bortezomib

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)