Endoglucanase H
Clostridium thermocellum ATCC 27405
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 290–654 | 片段:UNP residues 290-654 突变:E314A | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 21% (W/V) PEG 4000 | 分辨率 2.65 Å R-free 0.255 |
| 2 | 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 B; UniProt 290–654 | 片段:UNP residues 290-654 突变:E314A | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 21% (W/V) PEG 4000 | 分辨率 2.65 Å R-free 0.255 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 4U5K | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1V0A Family 11 Carbohydrate-Binding Module of cellulosomal cellulase Lic26A-Cel5E of Clostridium thermocellum 提交 2004-03-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
655–821(167 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6;pH 6.00
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.232 |
| 2BV9 HOW FAMILY 26 GLYCOSIDE HYDROLASES ORCHESTRATE CATALYSIS ON DIFFERENT POLYSACCHARIDES. STRUCTURE AND ACTIVITY OF A CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM LICHENASE, CtLIC26A 提交 2005-06-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
26–304(279 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-304
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
0.3-1.2M NA FORMATE, 0.1M NA CACODYLATE BUFFERED AT PH 6.5 AND 5-20% PEG 4K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.157 |
| 2BVD HOW FAMILY 26 GLYCOSIDE HYDROLASES ORCHESTRATE CATALYSIS ON DIFFERENT POLYSACCHARIDES. STRUCTURE AND ACTIVITY OF A CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM LICHENASE, CtLIC26A 提交 2005-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
26–304(279 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-304
|
未记录 | ISX (3R,4R,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)piperidin-3-yl beta-D-glucopyranoside × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;PROTEIN WAS CO-CRYSTALLIZED WITH THE LIGAND FROM 0.15 M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 5K MME BUFFERED TO PH 6.5 WITH MES
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.186 |
| 2CIP Structure of the Michaelis complex of a family 26 lichenase 提交 2006-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
26–304(279 aa)
片段:RESIDUES 26-304
|
突变:YES | ZZ1 4-METHYL-2H-CHROMEN-2-ONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;0.15 M AMMONIUM SULPHATE, 30 % PEG 5K MME BUFFERED TO PH6.5 WITH 0.1 M MES, pH 6.50
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.179 |
| 2CIT Structure of the covalent intermediate of a family 26 lichenase 提交 2006-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
26–304(279 aa)
片段:RESIDUES 26-304
|
突变:YES | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;0.15 M AMMONIUM SULPHATE, 30 % PEG 5K MME BUFFERED TO PH 6.5 WITH 0.1 M MES
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.179 |
| 2LRO Solution structure, dynamics and binding studies of CtCBM11 提交 2012-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
655–821(167 aa)
片段:CBM11 domain residues 655-821
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.5;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0.75;压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 0.75 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LRP Solution structure, dynamics and binding studies of CtCBM11 提交 2012-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
655–821(167 aa)
片段:CBM11 domain residues 655-821
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.5;323 K;离子强度(mmCIF原始值)0.75;压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 0.75 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2V3G Structure of a family 26 lichenase in complex with noeuromycin 提交 2007-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
26–305(280 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 26-305
|
未记录 | BGC beta-D-glucopyranose × 1 NOY (2R,3S,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-2,3,4-TRIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;CO-CRYSTALLIZED WITH THE LIGAND FROM 0.15 M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG 5K MME BUFFERED TO PH 6.5 WITH MES AND SEEDED
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.144 |
| 2VI0 Lichenase CtLic26 in complex with a thio-oligosaccharide 提交 2007-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
26–304(279 aa)
片段:RESIDUES 26-304
|
突变:G271E | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;0.15 M AMMONIUM SULPHATE, 30 % PEG 5K, MME, 0.1 M MES PH 6.5
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.189 |
| 4U3A Crystal structure of CtCel5E 提交 2014-07-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
290–654(365 aa)
片段:UNP residues 290-654
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.1 M sodium acetate and 21% (W/V) PEG 4000
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.248 |
| 4U3A Crystal structure of CtCel5E 提交 2014-07-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
290–654(365 aa)
片段:UNP residues 290-654
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.1 M sodium acetate and 21% (W/V) PEG 4000
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.248 |
| 4U5I Complex structure of mutant CtCel5E (E314A) with xylobiose 提交 2014-07-25 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
290–654(365 aa)
片段:UNP residues 290-654
|
突变:E314A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate and 21% (W/V) PEG 4000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.252 |
| 4U5I Complex structure of mutant CtCel5E (E314A) with xylobiose 提交 2014-07-25 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
290–654(365 aa)
片段:UNP residues 290-654
|
突变:E314A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate and 21% (W/V) PEG 4000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.252 |
| 5BYW Crystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E 提交 2015-06-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
290–654(365 aa)
片段:UNP residues 290-654
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;50mM sodium acetate, 8% PEG 4000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 5BYW Crystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E 提交 2015-06-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
290–654(365 aa)
片段:UNP residues 290-654
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;50mM sodium acetate, 8% PEG 4000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 5BYW Crystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E 提交 2015-06-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
290–654(365 aa)
片段:UNP residues 290-654
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;50mM sodium acetate, 8% PEG 4000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 5BYW Crystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E 提交 2015-06-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 D
290–654(365 aa)
片段:UNP residues 290-654
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;50mM sodium acetate, 8% PEG 4000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 5BYW Crystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E 提交 2015-06-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 E
290–654(365 aa)
片段:UNP residues 290-654
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.6;298 K;50mM sodium acetate, 8% PEG 4000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 6R31 Family 11 Carbohydrate-Binding Module from Clostridium thermocellum in complex with beta-1,3-1,4-mixed-linked tetrasaccharide 提交 2019-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
655–821(167 aa)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;293.15 K;20-28% (m/v) polyethyleneglycol (PEG)
3350, 0.2 M potassium phosphate, 0.1 M
sodium acetate buffer pH 4.6
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.254 |
| 6R3M Family 11 Carbohydrate-Binding Module from Clostridium thermocellum in complex with beta-1,3-1,4-mixed-linked tetrasaccharide 提交 2019-03-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
655–821(167 aa)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;293.15 K;20-28% (m/v) polyethyleneglycol (PEG) 3350, 0.2 M potassium phosphate, 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.6
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.208 |
| 6ZPL Inward-open structure of human glycine transporter 1 in complex with a benzoylisoindoline inhibitor, sybody Sb_GlyT1#7 and bound Na and Cl ions. 提交 2020-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
31–303(273 aa)
|
未记录 | QET [5-fluoranyl-6-(oxan-4-yloxy)-1,3-dihydroisoindol-2-yl]-[5-methylsulfonyl-2-[2,2,3,3,3-pentakis(fluoranyl)propoxy]phenyl]methanone × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 7;292.75 K;Crystals appeared in 3-10 days in 0.1 M ADA pH 7, 13-25% PEG600, 4-14% v/v, 1,3-Butanediol with the longest dimension of 2-5 um.
|
分辨率 3.94 Å R-free 0.291 |
| 8XVI Cryo-EM structure of ETAR bound with Endothelin1 提交 2024-01-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 R
26–304(279 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 8XVJ Cryo-EM structure of ETAR bound with Macitentan 提交 2024-01-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 R
26–304(279 aa)
|
未记录 | A1D5I Macitentan × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.26 Å |
| 8XVK Cryo-EM structure of ETAR bound with Ambrisentan 提交 2024-01-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 R
26–304(279 aa)
|
未记录 | A1D5J Ambrisentan × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 8XVL Cryo-EM structure of ETAR bound with Zibotentan 提交 2024-01-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 R
26–304(279 aa)
|
未记录 | A1D5L Zibotentan × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.22 Å |
共 19 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | GUNH_CLOTH |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 39–403; UniProt 290–654 作者链 B; PDB构建体 39–403; UniProt 290–654 |