SAXSdb — 4u7i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spartin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–101	片段：MIT domain (UNP residues 8-101)	IST1 homolog × 1 （P53990）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；277 K；2.9 M Na-malonate	分辨率 1.79 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4U7I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DL1 Solution structure of the MIT domain from human Spartin 提交 2006-04-14	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–111（104 aa）片段：MIT domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1.23mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

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UniProt名称	SPG20_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–95； UniProt 8–101

IST1 homolog

Homo sapiens

UniProt P53990

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 341–364	片段：UNP residues 341-364	Spartin × 1 （Q8N0X7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；277 K；2.9 M Na-malonate	分辨率 1.79 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4U7I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FRR Structure of human IST1(NTD) - (residues 1-189)(P21) 提交 2009-01-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–189（189 aa）片段：UNP residues 1-189	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；296 K；35% pentaethritol propexylate 180mM KCl 50 mM HEPES, pH 7.6 7% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 1.80 Å R-free 0.247
3FRS Structure of human IST1(NTD) (residues 1-189)(p43212) 提交 2009-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–189（185 aa）片段：UNP residues 1-189	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；10mM Tris-HCL, pH 8.0, 350mM NaCl, 1mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.61 Å R-free 0.298
3JC1 Electron cryo-microscopy of the IST1-CHMP1B ESCRT-III copolymer 提交 2015-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：68-meric	链 Aa 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ac 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ae 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ag 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ai 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ak 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Am 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ao 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Aq 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 As 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Au 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Aw 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ay 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ba 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Bc 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Be 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Bg 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Bi 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Bk 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Bm 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Bo 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Bq 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Bs 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Bu 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Bw 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 By 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ca 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Cc 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ce 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Cg 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ci 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Ck 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Cm 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187) 链 Co 6–187（182 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 6-187)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 mM Tris, pH 8.0, 25 mM sodium chloride；pH 8；25 mM Tris, pH 8.0, 25 mM sodium chloride cryo-EM玻璃化条件 Deposited 3.5 uL sample, blotted 3-6 seconds (0 mm offset)；冷冻剂 ETHANE；Deposited 3.5 uL sample, blotted 3-6 seconds (0 mm offset), and plunged into liquid ethane (VITROBOT MARK III).	分辨率 4.00 Å
4U7E The crystal structure of the complex of LIP5 NTD and IST1 MIM 提交 2014-07-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 341–364（24 aa）片段：UNP residues 341-364	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；30% (w/v) PEG5000MME, 0.1 M ammonium sulfate , 0.1 M MES	分辨率 1.60 Å R-free 0.201
4U7Y Structure of the complex of VPS4B MIT and IST1 MIM 提交 2014-07-31	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 341–364（24 aa）片段：UNP residues 341-364	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；299 K；2.58 M Na-malonate	分辨率 2.50 Å R-free 0.271
4WZX ULK3 regulates cytokinetic abscission by phosphorylating ESCRT-III proteins 提交 2014-11-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 342–364（23 aa）片段：MIT-interacting motif (UNP residues 342-364)	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；50mM MES pH 6.5, 5mM Cobalt chloride, 800mM ammonium sulfate	分辨率 1.39 Å R-free 0.180
6E8G CryoEM reconstruction of IST1-CHMP1B copolymer filament bound to ssDNA at 2.9 Angstrom resolution 提交 2018-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 1–366（366 aa）链 BA 1–366（366 aa）链 BB 1–366（366 aa）链 C 1–366（366 aa）链 DA 1–366（366 aa）链 DB 1–366（366 aa）链 E 1–366（366 aa）链 FA 1–366（366 aa）链 FB 1–366（366 aa）链 G 1–366（366 aa）链 HA 1–366（366 aa）链 HB 1–366（366 aa）链 I 1–366（366 aa）链 JA 1–366（366 aa）链 JB 1–366（366 aa）链 K 1–366（366 aa）链 LA 1–366（366 aa）链 LB 1–366（366 aa）链 M 1–366（366 aa）链 NA 1–366（366 aa）链 NB 1–366（366 aa）链 O 1–366（366 aa）链 PA 1–366（366 aa）链 PB 1–366（366 aa）链 Q 1–366（366 aa）链 RA 1–366（366 aa）链 RB 1–366（366 aa）链 S 1–366（366 aa）链 TA 1–366（366 aa）链 TB 1–366（366 aa）链 V 1–366（366 aa）链 VA 1–366（366 aa）链 X 1–366（366 aa）链 XA 1–366（366 aa）链 Z 1–366（366 aa）链 ZA 1–366（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0 mm offset with 10 sec wait time and 2-4 sec blot	分辨率 2.90 Å
6TZ4 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B+IST1 (right-handed) 提交 2019-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 01 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 AA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 AB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 B 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 CA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 CB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 D 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 EA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 EB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 F 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 GA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 GB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 H 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 IA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 IB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 J 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 KA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 KB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 L 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 MA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 MB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 N 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 OA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 OB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 P 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 QA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 QB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 R 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 SA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 SB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 T 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 UA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 W 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 WA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 Y 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 YA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane	分辨率 3.20 Å
6TZ5 CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B+IST1 (left-handed) 提交 2019-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：68-meric	链 A 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 BA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 BB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 C 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 DA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 DB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 E 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 FA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 FB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 G 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 HA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 HB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 I 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 JA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 JB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 K 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 LA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 LB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 M 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 NA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 NB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 O 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 PA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 PB 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 Q 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 RA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 S 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 TA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 V 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 VA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 X 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 XA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 Z 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 ZA 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane	分辨率 3.10 Å
6TZA CryoEM reconstruction of ESCRT-III filament composed of IST1 NTD R16E K27E double mutant 提交 2019-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 B 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 C 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 D 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 E 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 F 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 G 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 H 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 I 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 J 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 K 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 L 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 M 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189) 链 N 1–189（189 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-189)	突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E 突变：R16E K27E	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane.	分辨率 7.20 Å
7S7J Structure of Human SPASTIN-IST1 complex. 提交 2021-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 342–364（23 aa）片段：UNP residues 342-364	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；278 K；40% v/v PEG 300, 100 mM Sodium cacodylate / Hydrochloric acid pH=6.5, 200 mM Calcium Acetate	分辨率 1.15 Å R-free 0.157
8UC6 Calpain-7:IST1 Complex 提交 2023-09-25	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 335–379（45 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；294 K；Both proteins were purified and concentrated to 20 mg/ml in buffer containing 25 mM Tris, pH 7.2, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.5 mM EDTA. The proteins were mixed in a 1:2 molar ratio (CAPN7:IST1). Crystals grew at 21 C (294 K) in Rigaku Wizard Cryo condition D5 (25% (v/v) 1,2-Porpanediol, 100 mM Sodium phosphate dibasic/Citric acid pH 4.2, 5% (w/v) PEG 3000, 10% (v/v) Glycerol. Crystals were transferred briefly to crystallization buffer supplemented with 25% added glycerol prior to plunging in liquid nitrogen	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
8UC6 Calpain-7:IST1 Complex 提交 2023-09-25	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 335–379（45 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；294 K；Both proteins were purified and concentrated to 20 mg/ml in buffer containing 25 mM Tris, pH 7.2, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.5 mM EDTA. The proteins were mixed in a 1:2 molar ratio (CAPN7:IST1). Crystals grew at 21 C (294 K) in Rigaku Wizard Cryo condition D5 (25% (v/v) 1,2-Porpanediol, 100 mM Sodium phosphate dibasic/Citric acid pH 4.2, 5% (w/v) PEG 3000, 10% (v/v) Glycerol. Crystals were transferred briefly to crystallization buffer supplemented with 25% added glycerol prior to plunging in liquid nitrogen	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
8V2Q CHMP1B/IST1 ssRNA bound copolymer 提交 2023-11-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 182 PDB 声明：182-meric	链 B 1–364（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
8V2R CryoEM of ssDNA bound CHMP1B/IST1 copolymer assembly 提交 2023-11-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric	链 B 1–364（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8V2S CHMP1B/IST1 dsDNA bound copolymer 提交 2023-11-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric	链 B 1–364（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.72 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	IST1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–24； UniProt 341–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4u7i
沉积日期 deposition_date	2014-07-30
结构标题 title	Structure of the complex of Spartin MIT and IST1 MIM
关键词 keywords	Complex, MIM3, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.63 Å
零角强度 I(0) i0	3005070.00
分子量 molecular_weight	12246.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15390 Å³
包络体积 envelope_volume	17286 Å³
水化壳体积 shell_volume	10695 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.4 Å
壳层 Rg shell_rg	19.49 Å
包络 Rg envelope_rg	15.10 Å
形状 Rg shape_rg	14.62 Å
总 Rg total_rg	15.67 Å
总原子数 total_atoms	864
残基数 n_residues	109
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.8 Å
Rg (实空间) rg_real	15.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0050e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7160e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3005000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7722
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.136
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	767100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.713; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.896; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spartin
分子量 formula_weight	10794.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	964

SGEPAEIKIIREAYKKAFLFVNKGLNTDELGQKEEAKNYYKQGIGHLLRGISISSKESEHTGPGWESARQMQQKMKETLQNVRTRLEILEKGLAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	IST1 homolog
分子量 formula_weight	3009.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

STSASEDIDFDDLSRRFEELKKKTW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4u7iA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.257 Å
晶胞边长 b length_b	46.257 Å
晶胞边长 c length_c	115.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.794 Å
最低分辨率 resolution_low	29.610 Å
R 因子 r_factor	0.1916
R_work r_work	0.1902
R_free r_free	0.2204

fit	/app/data/saxs_computation/u7/4u7i/4u7i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u7/4u7i/4u7i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u7/4u7i/4u7i.dat

Structure of the complex of Spartin MIT and IST1 MIM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spartin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

IST1 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)