SAXSdb — 4udm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLICIN-E3 IMMUNITY PROTEIN

ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	COLICIN-E3 × 1 （P00646） CALCIUM ION × 3 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMM3_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–85； UniProt 1–85

COLICIN-E3

ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

UniProt P00646

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	COLICIN-E3 IMMUNITY PROTEIN × 1 （P02984） CALCIUM ION × 3 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA3_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–96； UniProt 456–551

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4udm
沉积日期 deposition_date	2014-12-10
结构标题 title	Crystal structure of Im3 in complex with Y52A mutant of E3RNase
关键词 keywords	;TRANSLATION, ANTIBIOTIC, ANTIMICROBIAL, BACTERIOCIN, BACTERIOCIN IMMUNITY, ENDONUCLEASE, HYDROLASE, INHIBITION, NUCLEASE, PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS, RIBONUCLEASE, RIBOSOME INACTIVATION, TOXIN ;; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4udm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4udm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4udm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.15 Å
Rg（电子密度）	16.06 Å
总 Rg	17.17 Å
原子数	1455
残基数	180
排除体积	25554 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4udm__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COLICIN-E3 IMMUNITY PROTEIN
分子量 formula_weight	9910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1490

MGLKLDLTWFDKSTEDFKGEEYSKDFGDDGSVMESLGVPFKDNVNNGCFDVIAEWVPLLQPYFNHQIDISDNEYFVSFDYRDGDW

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	COLICIN-E3
分子量 formula_weight	10720.0 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GFKDYGHDYHPAPKTENIKGLGDLKPGIPKTPKQNGGGKRKRWTGDKGRKIAEWDSQHGELEGYRASDGQHLGSFDPKTGNQLKGPDPKRNIKKYL

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4udma_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.26.2 — Colicin E3 immunity protein
家族 Family family	d.26.2.1 — Colicin E3 immunity protein

结构域编号 domain_id	d4udmb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.101 — Ribonuclease domain of colicin E3
超家族 Superfamily superfamily	b.101.1 — Ribonuclease domain of colicin E3
家族 Family family	b.101.1.1 — Ribonuclease domain of colicin E3

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4udmA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Cloacin immunity protein

结构域编号 domain_id	4udmB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	380 — Ribonuclease domain of colicin e3 (Residues 456-551)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin E3-like ribonuclease domain

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晶胞边长 a length_a	92.854 Å
晶胞边长 b length_b	92.854 Å
晶胞边长 c length_c	76.942 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.960 Å
最低分辨率 resolution_low	38.470 Å
R 因子 r_factor	0.1857
R_work r_work	0.1842
R_free r_free	0.2138

Crystal structure of Im3 in complex with Y52A mutant of E3RNase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLICIN-E3 IMMUNITY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

COLICIN-E3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4udm__assembly_1__model_1

4udm__assembly_1__model_1 | I(q)

4udm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Im3 in complex with Y52A mutant of E3RNase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLICIN-E3 IMMUNITY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

COLICIN-E3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4udm__assembly_1__model_1

4udm__assembly_1__model_1 | I(q)

4udm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)