4v2s

Crystal structure of Hfq in complex with the sRNA RydC

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-BINDING PROTEIN HFQ

ESCHERICHIA COLI

UniProt P0A6X3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 6 RNA 1 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–102 链 B; UniProt 1–102 链 C; UniProt 1–102 链 D; UniProt 1–102 链 E; UniProt 1–102 链 F; UniProt 1–102 未记录 RYDC × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;0.2 M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.5), 15% ISOPROPANOL 分辨率 3.48 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HFQ_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 B; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 C; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 D; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 E; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 F; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4v2s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4v2s
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4v2s
沉积日期 deposition_date2014-10-14
结构标题 titleCrystal structure of Hfq in complex with the sRNA RydC
关键词 keywordsRNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX, NATIVELY UNSTRUCTURED PROTEIN, PROTEIN-RNA RECOGNITION; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.57
零角强度 I(0) i091720300.00
分子量 molecular_weight63930.0 kDa
排除体积 excluded_volume75270 ų
包络体积 envelope_volume105020 ų
水化壳体积 shell_volume32137 ų
包络直径 envelope_diameter102.1
壳层 Rg shell_rg34.22
包络 Rg envelope_rg27.71
形状 Rg shape_rg27.48
总 Rg total_rg28.42
总原子数 total_atoms4425
残基数 n_residues475
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.0
Rg (实空间) rg_real29.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real9.1720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.19
I(0) (倒空间) i0_reciprocal91720000.0000
解质量估计 total_estimate0.8975
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1
偏度 Skewness skewness0.313
峰度 Kurtosis kurtosis-0.359
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha9069000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.995

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4v2sA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id4v2sB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id4v2sC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id4v2sD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id4v2sE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100
结构域编号 domain_id4v2sF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)