SAXSdb — 4v4k

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PORTAL PROTEIN

ENTEROBACTERIA PHAGE P22

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–602 链 N； UniProt 1–602 链 O； UniProt 1–602 链 P； UniProt 1–602 链 Q； UniProt 1–602 链 R； UniProt 1–602 链 S； UniProt 1–602 链 T； UniProt 1–602 链 U； UniProt 1–602 链 V； UniProt 1–602 链 W； UniProt 1–602 链 X； UniProt 1–602	片段：UNP RESIDUES 1-602 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PACKAGED DNA STABILIZATION PROTEIN GP4 × 12 （P26746）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；20% PEG 8000, 0.1M (NH4)2HPO4, 0.1M MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.236
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–602 链 B； UniProt 1–602 链 C； UniProt 1–602 链 D； UniProt 1–602 链 E； UniProt 1–602 链 F； UniProt 1–602 链 G； UniProt 1–602 链 H； UniProt 1–602 链 I； UniProt 1–602 链 J； UniProt 1–602 链 K； UniProt 1–602 链 L； UniProt 1–602	片段：UNP RESIDUES 1-602 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PACKAGED DNA STABILIZATION PROTEIN GP4 × 12 （P26746）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；20% PEG 8000, 0.1M (NH4)2HPO4, 0.1M MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4V4K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3LJ5 Full Length Bacteriophage P22 Portal Protein 提交 2010-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725 链 B 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725 链 C 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725 链 D 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725 链 E 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725 链 F 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725 链 G 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725 链 H 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725 链 I 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725 链 J 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725 链 K 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725 链 L 1–725（725 aa）片段：UNP residues 1-725	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；30% tert-Butanol, 70mM sodium chloride, 2.5% PEG 400, 0.1M sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 7.50 Å R-free 0.263
5GAI Probabilistic Structural Models of Mature P22 Bacteriophage Portal, Hub, and Tailspike proteins 提交 2015-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric	链 A 5–725（721 aa）链 B 5–725（721 aa）链 C 5–725（721 aa）链 D 5–725（721 aa）链 E 5–725（721 aa）链 F 5–725（721 aa）链 G 5–725（721 aa）链 H 5–725（721 aa）链 I 5–725（721 aa）链 J 5–725（721 aa）链 W 5–725（721 aa）链 X 5–725（721 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging.	分辨率 10.50 Å
5JJ1 Structure of the Immature Procapsid Conformation of P22 Portal Protein 提交 2016-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 B 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 C 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 D 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 E 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 F 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 G 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 H 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 I 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 J 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 K 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602 链 L 1–602（602 aa）片段：UNP residues 1-602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；5% PEG 8,000, 10 mM Cesium Chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.315
5JJ3 Refined Structure of the Mature Virion Conformation of P22 Portal Protein 提交 2016-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–725（725 aa）链 B 1–725（725 aa）链 C 1–725（725 aa）链 D 1–725（725 aa）链 E 1–725（725 aa）链 F 1–725（725 aa）链 G 1–725（725 aa）链 H 1–725（725 aa）链 I 1–725（725 aa）链 J 1–725（725 aa）链 K 1–725（725 aa）链 L 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；30% tert-butanol, 70 mM sodium chloride, 2.5% PEG400 in 0.1 M sodium acetate	分辨率 7.00 Å R-free 0.260
8EAO Cryo-EM structure of the in-situ gp1-gp4 complex from bacteriophage P22 提交 2022-08-29	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 B 6–626（621 aa）链 D 6–626（621 aa）链 F 6–626（621 aa）链 H 6–626（621 aa）链 J 6–626（621 aa）链 L 6–626（621 aa）链 N 6–626（621 aa）链 P 6–626（621 aa）链 R 6–626（621 aa）链 T 6–626（621 aa）链 V 6–626（621 aa）链 X 6–626（621 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8TVU In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 portal protein: head-to-tail protein complex at 3.0A resolution 提交 2023-08-18	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–725（725 aa）链 B 1–725（725 aa）链 D 1–725（725 aa）链 F 1–725（725 aa）链 H 1–725（725 aa）链 J 1–725（725 aa）链 L 1–725（725 aa）链 N 1–725（725 aa）链 P 1–725（725 aa）链 R 1–725（725 aa）链 T 1–725（725 aa）链 W 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8U10 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp4:gp5:gp10:gp9 N-term complex in conformation 1 at 3.2A resolution 提交 2023-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric	链 a 1–725（725 aa）链 b 1–725（725 aa）链 c 1–725（725 aa）链 d 1–725（725 aa）链 e 1–725（725 aa）链 f 1–725（725 aa）链 g 1–725（725 aa）链 h 1–725（725 aa）链 i 1–725（725 aa）链 j 1–725（725 aa）链 k 1–725（725 aa）链 l 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8U11 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp5:gp4: gp10: gp9 N-term complex in conformation 2 at 3.1A resolution 提交 2023-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric	链 a 1–725（725 aa）链 b 1–725（725 aa）链 c 1–725（725 aa）链 d 1–725（725 aa）链 e 1–725（725 aa）链 f 1–725（725 aa）链 g 1–725（725 aa）链 h 1–725（725 aa）链 i 1–725（725 aa）链 j 1–725（725 aa）链 k 1–725（725 aa）链 l 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9KYW The scaffold C-loop of phage P22 提交 2024-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–725（725 aa）链 L 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.70 Å
9PDP In situ cryoEM structure of bacteriophage P22 portal barrel 提交 2025-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 602–710（109 aa）链 B 602–710（109 aa）链 C 602–710（109 aa）链 D 602–710（109 aa）链 E 602–710（109 aa）链 F 602–710（109 aa）链 G 602–710（109 aa）链 H 602–710（109 aa）链 I 602–710（109 aa）链 J 602–710（109 aa）链 K 602–710（109 aa）链 L 602–710（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.83 Å
9PGG Cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1-gp5-gp4 complex at 2.76 angstrom 提交 2025-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 Bb 1–725（725 aa）链 Bd 1–725（725 aa）链 Bf 1–725（725 aa）链 Bh 1–725（725 aa）链 Bj 1–725（725 aa）链 Bl 1–725（725 aa）链 Bn 1–725（725 aa）链 Bp 1–725（725 aa）链 Br 1–725（725 aa）链 Bt 1–725（725 aa）链 Bv 1–725（725 aa）链 Bx 1–725（725 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PORTL_BPP22
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 B； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 C； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 D； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 E； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 F； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 G； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 H； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 I； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 J； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 K； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 L； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 M； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 N； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 O； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 P； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 Q； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 R； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 S； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 T； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 U； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 V； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 W； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602 作者链 X； PDB构建体 1–602； UniProt 1–602

PACKAGED DNA STABILIZATION PROTEIN GP4

ENTEROBACTERIA PHAGE P22

UniProt P26746

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 k； UniProt 1–166 链 l； UniProt 1–166 链 m； UniProt 1–166 链 n； UniProt 1–166 链 o； UniProt 1–166 链 p； UniProt 1–166 链 q； UniProt 1–166 链 r； UniProt 1–166 链 s； UniProt 1–166 链 t； UniProt 1–166 链 u； UniProt 1–166 链 v； UniProt 1–166	片段：UNP RESIDUES 1-166 突变：YES	PORTAL PROTEIN × 12 （P26744）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；20% PEG 8000, 0.1M (NH4)2HPO4, 0.1M MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.236
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 Y； UniProt 1–166 链 Z； UniProt 1–166 链 a； UniProt 1–166 链 b； UniProt 1–166 链 c； UniProt 1–166 链 d； UniProt 1–166 链 e； UniProt 1–166 链 f； UniProt 1–166 链 g； UniProt 1–166 链 h； UniProt 1–166 链 i； UniProt 1–166 链 j； UniProt 1–166	片段：UNP RESIDUES 1-166 突变：YES	PORTAL PROTEIN × 12 （P26744）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；20% PEG 8000, 0.1M (NH4)2HPO4, 0.1M MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4V4K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5GAI Probabilistic Structural Models of Mature P22 Bacteriophage Portal, Hub, and Tailspike proteins 提交 2015-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric	链 K 5–150（146 aa）链 L 5–150（146 aa）链 M 5–150（146 aa）链 N 5–150（146 aa）链 O 5–150（146 aa）链 P 5–150（146 aa）链 Q 5–150（146 aa）链 R 5–150（146 aa）链 S 5–150（146 aa）链 T 5–150（146 aa）链 U 5–150（146 aa）链 V 5–150（146 aa）	突变：P150A 突变：P150A 突变：P150A 突变：P150A 突变：P150A 突变：P150A 突变：P150A 突变：P150A 突变：P150A 突变：P150A 突变：P150A 突变：P150A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging.	分辨率 10.50 Å
8EAO Cryo-EM structure of the in-situ gp1-gp4 complex from bacteriophage P22 提交 2022-08-29	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 3–151（149 aa）链 C 3–151（149 aa）链 E 3–151（149 aa）链 G 3–151（149 aa）链 I 3–151（149 aa）链 K 3–151（149 aa）链 M 3–151（149 aa）链 O 3–151（149 aa）链 Q 3–151（149 aa）链 S 3–151（149 aa）链 U 3–151（149 aa）链 W 3–151（149 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8EB7 Cryo-EM structure of the in-situ gp4-gp10-gp9N from bacteriophage P22 提交 2022-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 E 2–151（150 aa）链 G 2–151（150 aa）链 H 2–151（150 aa）链 I 2–151（150 aa）链 J 2–151（150 aa）链 K 2–151（150 aa）链 L 2–151（150 aa）链 M 2–151（150 aa）链 N 2–151（150 aa）链 O 2–151（150 aa）链 P 2–151（150 aa）链 Q 2–151（150 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8TVU In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 portal protein: head-to-tail protein complex at 3.0A resolution 提交 2023-08-18	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 C 1–166（166 aa）链 E 1–166（166 aa）链 G 1–166（166 aa）链 I 1–166（166 aa）链 K 1–166（166 aa）链 M 1–166（166 aa）链 O 1–166（166 aa）链 Q 1–166（166 aa）链 S 1–166（166 aa）链 V 1–166（166 aa）链 X 1–166（166 aa）链 a 1–166（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8U10 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp4:gp5:gp10:gp9 N-term complex in conformation 1 at 3.2A resolution 提交 2023-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric	链 m 1–166（166 aa）链 n 1–166（166 aa）链 o 1–166（166 aa）链 p 1–166（166 aa）链 q 1–166（166 aa）链 r 1–166（166 aa）链 s 1–166（166 aa）链 t 1–166（166 aa）链 u 1–166（166 aa）链 v 1–166（166 aa）链 x 1–166（166 aa）链 y 1–166（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8U11 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp5:gp4: gp10: gp9 N-term complex in conformation 2 at 3.1A resolution 提交 2023-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric	链 m 1–166（166 aa）链 n 1–166（166 aa）链 o 1–166（166 aa）链 p 1–166（166 aa）链 q 1–166（166 aa）链 r 1–166（166 aa）链 s 1–166（166 aa）链 t 1–166（166 aa）链 u 1–166（166 aa）链 v 1–166（166 aa）链 x 1–166（166 aa）链 y 1–166（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9PGG Cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1-gp5-gp4 complex at 2.76 angstrom 提交 2025-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric	链 Ap 1–166（166 aa）链 Aq 1–166（166 aa）链 Ar 1–166（166 aa）链 As 1–166（166 aa）链 At 1–166（166 aa）链 Au 1–166（166 aa）链 Av 1–166（166 aa）链 Aw 1–166（166 aa）链 Ax 1–166（166 aa）链 Ay 1–166（166 aa）链 Az 1–166（166 aa）链 Ba 1–166（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VG04_BPP22
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 Z； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 a； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 b； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 c； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 d； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 e； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 f； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 g； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 h； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 i； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 j； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 k； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 l； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 m； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 n； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 o； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 p； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 q； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 r； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 s； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 t； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 u； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 v； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4v4k
沉积日期 deposition_date	2010-04-19
结构标题 title	Bacteriophage P22 Portal Protein bound to middle Tail Factor GP4. This file contain the second biological assembly
关键词 keywords	PORTAL PROTEIN, DNA EJECTION, MOLECULAR MOTOR, DNA PACKAGING, PODOVIRIDAE, VIRUS ASSEMBLY, LATE PROTEIN, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	104.80 Å
零角强度 I(0) i0	55114600000.00
分子量 molecular_weight	1928700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2372200 Å³
包络体积 envelope_volume	3935500 Å³
水化壳体积 shell_volume	308470 Å³
包络直径 envelope_diameter	347.3 Å
壳层 Rg shell_rg	97.78 Å
包络 Rg envelope_rg	101.60 Å
形状 Rg shape_rg	104.80 Å
总 Rg total_rg	104.60 Å
总原子数 total_atoms	134604
残基数 n_residues	16740
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	282.1 Å
Rg (实空间) rg_real	101.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2900e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0920e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	99.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54280000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9054
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	94.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.714
角度范围 angular_range	— – 0.0750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.1140
最高正则化参数 α highest_alpha	3370000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	16
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 0.964; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.001

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PORTAL PROTEIN
分子量 formula_weight	70015.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	135120

MADNENRLESILSRFDADWTASDEARREAKNDLFFSRVSQWDDWLSQYTTLQYRGQFDVVRPVVRKLVSEMRQNPIDVLYRPKDGARPDAADVLMGMYRTDMRHNTAKIAVNIAVREQIEAGVGAWRLVTDYEDQSPTSNNQVIRREPIHSACSHVIWDSNSKLMDKSDARHCTVIHSMSQNGWEDFAEKYDLDADDIPSFQNPNDWVFPWLTQDTIQIAEFYEVVEKKETAFIYQDPVTGEPVSYFKRDIKDVIDDLADSGFIKIAERQIKRRRVYKSIITCTAVLKDKQLIAGEHIPIVPVFGEWGFVEDKEVYEGVVRLTKDGQRLRNMIMSFNADIVARTPKKKPFFWPEQIAGFEHMYDGNDDYPYYLLNRTDENSGDLPTQPLAYYENPEVPQANAYMLEAATSAVKEVATLGVDTEAVNGGQVAFDTVNQLNMRADLETYVFQDNLATAMRRDGEIYQSIVNDIYDVPRNVTITLEDGSEKDVQLMAEVVDLATGEKQVLNDIRGRYECYTDVGPSFQSMKQQNRAEILELLGKTPQGTPEYQLLLLQYFTLLDGKGVEMMRDYANKQLIQMGVKKPETPEEQQWLVEAQQAKQG

来源 Source

来源生物 organism	ENTEROBACTERIA PHAGE P22
通用名 common_name	BACTERIOPHAGE P22
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10754
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PACKAGED DNA STABILIZATION PROTEIN GP4
分子量 formula_weight	18071.0 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v,Y,Z,a,b,c,d,e,f,g,h,i,j

MQIKTKGDLVRAALRKLGVASDATLTDVEPQSMQDAVDDLEAMMAEWYQDGKGIITGYVFSDDENPPAEGDDHGLRSSAVSAVFHNLACRIAPDYALEATAKIIATAKYGKELLYKQTAISRAKRAPYPSRMPTGSGNSFPNLNEWHYFPGEQNADSTTPHDEGNG

来源 Source

来源生物 organism	ENTEROBACTERIA PHAGE P22
通用名 common_name	BACTERIOPHAGE P22
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10754
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	516

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	170.172 Å
晶胞边长 b length_b	253.284 Å
晶胞边长 c length_c	282.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.251 Å
最低分辨率 resolution_low	19.991 Å
R 因子 r_factor	0.2224
R_work r_work	0.2223
R_free r_free	0.2365

fit	/app/data/saxs_computation/v4/4v4k/4v4k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v4/4v4k/4v4k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v4/4v4k/4v4k.dat

Bacteriophage P22 Portal Protein bound to middle Tail Factor GP4. This file contain the second biological assembly

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PORTAL PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PACKAGED DNA STABILIZATION PROTEIN GP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)