4v9g

RC-LH1-PufX dimer complex from Rhodobacter sphaeroides

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Light-harvesting protein B-875 alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 64	Intrinsic membrane protein PufX × 2 （P13402） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 28 （Q3J1A3） Reaction center protein H chain × 2 （P0C0Y7） Reaction center protein L chain × 2 （P0C0Y8） Reaction center protein M chain × 2 （P0C0Y9） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 64 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 4 UBIQUINONE-10 × 3 PHOSPHATE ION × 2 FE (II) ION × 2 SPHEROIDENE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHA1_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A1； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 A2； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 A3； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 A5； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 A7； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 AD； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 AF； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 AJ； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 AN； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 AP； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 AT； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 AV； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 AX； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 AZ； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 B1； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 B2； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 B3； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 B5； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 B7； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 BD； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 BF； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 BJ； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 BN； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 BP； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 BT； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 BV； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 BX； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 BZ； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58

Intrinsic membrane protein PufX

物种未注明

UniProt P13402

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 64	Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 28 （P0C0X9） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 28 （Q3J1A3） Reaction center protein H chain × 2 （P0C0Y7） Reaction center protein L chain × 2 （P0C0Y8） Reaction center protein M chain × 2 （P0C0Y9） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 64 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 4 UBIQUINONE-10 × 3 PHOSPHATE ION × 2 FE (II) ION × 2 SPHEROIDENE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PUFX_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 AB； PDB构建体 1–82； UniProt 1–82 作者链 BB； PDB构建体 1–82； UniProt 1–82

Light-harvesting protein B-875 beta chain

物种未注明

UniProt Q3J1A3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 64	Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 28 （P0C0X9） Intrinsic membrane protein PufX × 2 （P13402） Reaction center protein H chain × 2 （P0C0Y7） Reaction center protein L chain × 2 （P0C0Y8） Reaction center protein M chain × 2 （P0C0Y9） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 64 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 4 UBIQUINONE-10 × 3 PHOSPHATE ION × 2 FE (II) ION × 2 SPHEROIDENE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHB1_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A4； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 A6； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 A8； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 A9； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 AE； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 AG； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 AI； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 AK； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 AO； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 AQ； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 AS； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 AU； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 AW； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 AY； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 B4； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 B6； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 B8； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 B9； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 BE； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 BG； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 BI； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 BK； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 BO； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 BQ； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 BS； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 BU； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 BW； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49 作者链 BY； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49

Reaction center protein H chain

物种未注明

UniProt P0C0Y7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 64	Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 28 （P0C0X9） Intrinsic membrane protein PufX × 2 （P13402） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 28 （Q3J1A3） Reaction center protein L chain × 2 （P0C0Y8） Reaction center protein M chain × 2 （P0C0Y9） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 64 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 4 UBIQUINONE-10 × 3 PHOSPHATE ION × 2 FE (II) ION × 2 SPHEROIDENE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEH_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 AH； PDB构建体 1–260； UniProt 1–260 作者链 BH； PDB构建体 1–260； UniProt 1–260

Reaction center protein L chain

物种未注明

UniProt P0C0Y8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 64	Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 28 （P0C0X9） Intrinsic membrane protein PufX × 2 （P13402） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 28 （Q3J1A3） Reaction center protein H chain × 2 （P0C0Y7） Reaction center protein M chain × 2 （P0C0Y9） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 64 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 4 UBIQUINONE-10 × 3 PHOSPHATE ION × 2 FE (II) ION × 2 SPHEROIDENE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEL_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 AL； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 BL； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282

Reaction center protein M chain

物种未注明

UniProt P0C0Y9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 64	Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 28 （P0C0X9） Intrinsic membrane protein PufX × 2 （P13402） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 28 （Q3J1A3） Reaction center protein H chain × 2 （P0C0Y7） Reaction center protein L chain × 2 （P0C0Y8） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 64 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 4 UBIQUINONE-10 × 3 PHOSPHATE ION × 2 FE (II) ION × 2 SPHEROIDENE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCEM_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 AM； PDB构建体 1–308； UniProt 1–308 作者链 BM； PDB构建体 1–308； UniProt 1–308

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4v9g
沉积日期 deposition_date	2013-02-21
结构标题 title	RC-LH1-PufX dimer complex from Rhodobacter sphaeroides
关键词 keywords	;photosynthesis, antenna complex LH1, Reaction Centre, chromophores, Photosynthetic Complexes, Photosynthetic Light Capture and electron transfer, Photosynthetic Chromophores, membrane spherical vesicles, PufX, quinol, quinone ;; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4v9g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4v9g__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4v9g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	65.53 Å
Rg（电子密度）	65.60 Å
总 Rg	65.49 Å
原子数	38094
残基数	4302
排除体积	693770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4v9g__assembly_1__model_1`	64-meric （64）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-875 alpha chain
分子量 formula_weight	6816.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	28

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A5,AT,AV,AX,A3,A7,AD,AF,A1,AJ,A2,AN,AP,AZ,B5,BT,BV,BX,B3,B7,BD,BF,B1,BJ,B2,BN,BP,BZ
原子数 atom_count	38108

MSKFYKIWMIFDPRRVFVAQGVFLFLLAVMIHLILLSTPSYNWLEISAAKYNRVAVAE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Intrinsic membrane protein PufX
分子量 formula_weight	9061.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AB,BB

MADKTIFNDHLNTNPKTNLRLWVAFQMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQAPAPNITGALETGIELIKHLV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-875 beta chain
分子量 formula_weight	5592.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	28

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AS,A9,AO,AQ,A6,AU,AW,AY,A4,A8,AE,AG,AI,AK,BS,B9,BO,BQ,B6,BU,BW,BY,B4,B8,BE,BG,BI,BK

MADKSDLGYTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAIVAHLAVYIWRPWF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	28066.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AH,BH

MVGVTAFGNFDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPESEDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEIAGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGGLMYAAPKRKSVVAAMLAEYA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	31477.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AL,BL

MALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAPLAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSNTGYTYGNFHYNPAHMIAISFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLSAVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	34529.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AM,BM

MAEYQNIFSQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAGWNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMVLGFIRPILMGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLFYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIADRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSGTVVDNWYVWGQNHGMAPLN

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	64

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	SPHEROIDENE
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	78.077 Å
晶胞边长 b length_b	415.075 Å
晶胞边长 c length_c	129.818 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.780 Å
最低分辨率 resolution_low	20.390 Å
R 因子 r_factor	0.2294
R_work r_work	0.2279
R_free r_free	0.2577

RC-LH1-PufX dimer complex from Rhodobacter sphaeroides

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Light-harvesting protein B-875 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Intrinsic membrane protein PufX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Light-harvesting protein B-875 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein H chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein M chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4v9g__assembly_1__model_1

4v9g__assembly_1__model_1 | I(q)

4v9g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

7. 引用文献 (1)