SAXSdb — 4w4u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZINC ION × 7 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZINC ION × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	N1P0J5_YEASC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–476； UniProt 1–471 作者链 D； PDB构建体 6–476； UniProt 1–471

Transcription and mRNA export factor SUS1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt N1P8F5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZINC ION × 7 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZINC ION × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	N1P8F5_YEASC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96 作者链 F； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

SAGA-associated factor 11

Saccharomyces cerevisiae

UniProt N1NXA6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZINC ION × 7 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZINC ION × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	N1NXA6_YEASC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 G； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

SAGA-associated factor 73

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P53165

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） ZINC ION × 7 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） ZINC ION × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SGF73_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96 作者链 H； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4w4u
沉积日期 deposition_date	2014-08-15
结构标题 title	Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 Y57A mutant at 2.8 angstroms resolution
关键词 keywords	Multi-Protein Complex, Hydrolase-transcription complex, transcription-hydrolase complex; transcription/hydrolase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4w4u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4w4u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4w4u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.51 Å
Rg（电子密度）	27.25 Å
总 Rg	28.21 Å
原子数	5424
残基数	677
排除体积	96875 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4w4u__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4w4u__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
分子量 formula_weight	54033.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	10594

GAAAAMSICPHIQQVFQNEKSKDGVLKTCNAARYILNHSVPKEKFLNTMKCGTCHEINSGATFMCLQCGFCGCWNHSHFLSHSKQIGHIFGINSNNGLLFCFKCEDYIGNIDLINDAILAKYWDDVCTKTMVPSMERRDGLSGLINMGSTCFMSSILQCLIHNPYFIRHSMSQIHSNNCKVRSPDKCFSCALDKIVHELYGALNTKQASSSSTSTNRQTGFIYLLTCAWKINQNLAGYSQQDAHEFWQFIINQIHQSYVLDLPNAKEVSRANNKQCECIVHTVFEGSLESSIVCPGCQNNSKTTIDPFLDLSLDIKDKKKLYECLDSFHKKEQLKDFNYHCGECNSTQDAIKQLGIHKLPSVLVLQLKRFEHLLNGSNRKLDDFIEFPTYLNMKNYCSTKEKDKHSENGKVPDIIYELIGIVSHKGTVNEGHYIAFCKISGGQWFKFNDSMVSSISQEEVLKEQAYLLFYTIRQVN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	889517
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transcription and mRNA export factor SUS1
分子量 formula_weight	11094.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MTMDTAQLKSQIQQYLVESGNYELISNELKARLLQEGWVDKVKDLTKSEMNINESTNFTQILSTVEPKALEMVSDSTRETVLKQIREFLEEIVDTQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	889517
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SAGA-associated factor 11
分子量 formula_weight	11297.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MTEETITIDSISNGILNNLLTTLIQDIVARETTQQQLLKTRYPDLRSYYFDPNGSLDINGLQKQQESSQYIHCENCGRDVSANRLAAHLQRCLSRGARR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	889517
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	SAGA-associated factor 73
分子量 formula_weight	10732.2 kDa
突变 mutation	Y57A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H

MRSGDAEIKGIKPKVIEEYSLSQGSGPSNDSWKSLMSSAKDTPLQYDHMNRESLKKAFNPNAQLIEDPLDKPIQYRVCEKCGKPLALTAIVDHLEN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4w4ub_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.301.1 — Sus1-like
家族 Family family	a.301.1.1 — Sus1-like

结构域编号 domain_id	d4w4uf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.301.1 — Sus1-like
家族 Family family	a.301.1.1 — Sus1-like

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	4w4uA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	4w4uA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4w4uB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — ENY2/SUS1

结构域编号 domain_id	4w4uD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	4w4uD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4w4uF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — ENY2/SUS1

结构域编号 domain_id	4w4uG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

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晶胞边长 a length_a	80.739 Å
晶胞边长 b length_b	67.273 Å
晶胞边长 c length_c	137.145 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	47.020 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2407

Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 Y57A mutant at 2.8 angstroms resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription and mRNA export factor SUS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SAGA-associated factor 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SAGA-associated factor 73

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4w4u__assembly_1__model_1

4w4u__assembly_1__model_1 | I(q)

4w4u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)