SAXSdb — 4w4u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–471	未记录	Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.241
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–471	未记录	Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称	N1P0J5_YEASC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–476； UniProt 1–471 作者链 D； PDB构建体 6–476； UniProt 1–471

Transcription and mRNA export factor SUS1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt N1P8F5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–96	未记录	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.241
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–96	未记录	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.241

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UniProt名称	N1P8F5_YEASC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96 作者链 F； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

SAGA-associated factor 11

Saccharomyces cerevisiae

UniProt N1NXA6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–99	未记录	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.241
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–99	未记录	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 73 × 1 （P53165） ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	N1NXA6_YEASC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 G； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

SAGA-associated factor 73

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P53165

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–96	突变：Y57A	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.241
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–96	突变：Y57A	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase × 1 （N1P0J5） Transcription and mRNA export factor SUS1 × 1 （N1P8F5） SAGA-associated factor 11 × 1 （N1NXA6） ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.80 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB	相对当前条目 4W4U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LO3 Solution structure of Sgf73(59-102) zinc finger domain 提交 2012-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–102（44 aa）片段：UNP residues 59-102	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.175；压力 ambient NMR样品组成 0.2 mM [U-98% 15N] sgf73, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 mM TCEP, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-98% 15N] sgf73, 20 mM sodium phosphate, 75 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.2 mM [U-98% 15N] sgf73, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 mM TCEP, 100 % D2O, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3M99 Structure of the Ubp8-Sgf11-Sgf73-Sus1 SAGA DUB module 提交 2010-03-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–104（104 aa）片段：UNP RESIDUES: 1-104	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；0.2M ammonium citrate, 18% PEG 3,350, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.300
3MHH Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2010-04-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–96（96 aa）片段：residues 1-96	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1 M Na Citrate (5.2), 16% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.45 Å R-free 0.273
3MHS Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module bound to ubiquitin aldehyde 提交 2010-04-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–96（96 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Hepes pH 6.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.89 Å R-free 0.208
4FIP Structure of the SAGA Ubp8(S144N)/Sgf11(1-72, Delta-ZnF)/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–96（96 aa）片段：UNP Residues 1-96 链 H 1–96（96 aa）片段：UNP Residues 1-96	未记录	ZN ZINC ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；14% PEG3350, 0.18-0.22 M Tri-ammonium citrate, 8-14% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.69 Å R-free 0.264
4FJC Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11(1-72, Delta-ZnF)/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–96（96 aa）片段：UNP Residues 1-96 链 H 1–96（96 aa）片段：UNP Residues 1-96	未记录	ZN ZINC ION × 14 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；14% PEG3350, 0.18-0.22 M tri-ammonium citrate, 8-14% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.83 Å R-free 0.276
4FK5 Structure of the SAGA Ubp8(S144N)/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module 提交 2012-06-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–96（96 aa）片段：UNP Residues 1-96	未记录	ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；sodium citrate pH 5.2, 16% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.03 Å R-free 0.212
4WA6 Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angstroms resolution 提交 2014-08-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–96（96 aa）	突变：N59D	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris, 18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.36 Å R-free 0.244
4WA6 Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angstroms resolution 提交 2014-08-28	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–96（96 aa）	突变：N59D	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris, 18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.36 Å R-free 0.244
4WA6 Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 N59D mutant at 2.36 angstroms resolution 提交 2014-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–96（96 aa）链 H 1–96（96 aa）	突变：N59D 突变：N59D	ZN ZINC ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM Bis Tris, 18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate	分辨率 2.36 Å R-free 0.244
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 Y 1–104（104 aa）链 d 1–104（104 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol	分辨率 3.82 Å R-free 0.256
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 i 1–104（104 aa）链 n 1–104（104 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol	分辨率 3.82 Å R-free 0.256
6AQR SAGA DUB module Ubp8(C146A)/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to monoubiquitin 提交 2017-08-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–96（96 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0 17% PEG3350 0.1 M ammonium sulfate	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
6T9I cryo-EM structure of transcription coactivator SAGA 提交 2019-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 Q 1–657（657 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å
6T9K SAGA Core module 提交 2019-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 Q 1–657（657 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.30 Å
6T9L SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome 提交 2019-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 N 1–657（657 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging	分辨率 3.60 Å

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SGF73_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96 作者链 H； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4w4u
沉积日期 deposition_date	2014-08-15
结构标题 title	Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 Y57A mutant at 2.8 angstroms resolution
关键词 keywords	Multi-Protein Complex, Hydrolase-transcription complex, transcription-hydrolase complex; transcription/hydrolase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.96 Å
零角强度 I(0) i0	343933000.00
分子量 molecular_weight	150450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	187640 Å³
包络体积 envelope_volume	254580 Å³
水化壳体积 shell_volume	51205 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.1 Å
壳层 Rg shell_rg	45.23 Å
包络 Rg envelope_rg	42.81 Å
形状 Rg shape_rg	42.91 Å
总 Rg total_rg	43.27 Å
总原子数 total_atoms	10497
残基数 n_residues	1309
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.8 Å
Rg (实空间) rg_real	43.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	343800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8339
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.491
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.454
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	58590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.749; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.848; Smooth: 0.744

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
分子量 formula_weight	54033.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	10594

GAAAAMSICPHIQQVFQNEKSKDGVLKTCNAARYILNHSVPKEKFLNTMKCGTCHEINSGATFMCLQCGFCGCWNHSHFLSHSKQIGHIFGINSNNGLLFCFKCEDYIGNIDLINDAILAKYWDDVCTKTMVPSMERRDGLSGLINMGSTCFMSSILQCLIHNPYFIRHSMSQIHSNNCKVRSPDKCFSCALDKIVHELYGALNTKQASSSSTSTNRQTGFIYLLTCAWKINQNLAGYSQQDAHEFWQFIINQIHQSYVLDLPNAKEVSRANNKQCECIVHTVFEGSLESSIVCPGCQNNSKTTIDPFLDLSLDIKDKKKLYECLDSFHKKEQLKDFNYHCGECNSTQDAIKQLGIHKLPSVLVLQLKRFEHLLNGSNRKLDDFIEFPTYLNMKNYCSTKEKDKHSENGKVPDIIYELIGIVSHKGTVNEGHYIAFCKISGGQWFKFNDSMVSSISQEEVLKEQAYLLFYTIRQVN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	889517
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transcription and mRNA export factor SUS1
分子量 formula_weight	11094.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MTMDTAQLKSQIQQYLVESGNYELISNELKARLLQEGWVDKVKDLTKSEMNINESTNFTQILSTVEPKALEMVSDSTRETVLKQIREFLEEIVDTQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	889517
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SAGA-associated factor 11
分子量 formula_weight	11297.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MTEETITIDSISNGILNNLLTTLIQDIVARETTQQQLLKTRYPDLRSYYFDPNGSLDINGLQKQQESSQYIHCENCGRDVSANRLAAHLQRCLSRGARR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	889517
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	SAGA-associated factor 73
分子量 formula_weight	10732.2 kDa
突变 mutation	Y57A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H

MRSGDAEIKGIKPKVIEEYSLSQGSGPSNDSWKSLMSSAKDTPLQYDHMNRESLKKAFNPNAQLIEDPLDKPIQYRVCEKCGKPLALTAIVDHLEN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4w4ub_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.301.1 — Sus1-like
家族 Family family	a.301.1.1 — Sus1-like

结构域编号 domain_id	d4w4uf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.301 — Sus1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.301.1 — Sus1-like
家族 Family family	a.301.1.1 — Sus1-like

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	4w4uA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	4w4uA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4w4uB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — ENY2/SUS1

结构域编号 domain_id	4w4uD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	4w4uD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	4w4uF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — ENY2/SUS1

结构域编号 domain_id	4w4uG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.739 Å
晶胞边长 b length_b	67.273 Å
晶胞边长 c length_c	137.145 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	47.020 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2407

fit	/app/data/saxs_computation/w4/4w4u/4w4u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w4/4w4u/4w4u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w4/4w4u/4w4u.dat

Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 Y57A mutant at 2.8 angstroms resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription and mRNA export factor SUS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAGA-associated factor 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAGA-associated factor 73

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)