SAXSdb — 4wrn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,Uromodulin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UROM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 380–695； UniProt 295–610 作者链 B； PDB构建体 380–695； UniProt 295–610

Maltose-binding periplasmic protein,Uromodulin

Homo sapiens

UniProt P0AEY0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALE_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–376； UniProt 27–393 作者链 B； PDB构建体 10–376； UniProt 27–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4wrn
沉积日期 deposition_date	2014-10-24
结构标题 title	Crystal structure of the polymerization region of human uromodulin/Tamm-Horsfall protein
关键词 keywords	ZP DOMAIN, EGF DOMAIN, EXTRACELLULAR MATRIX, GLYCOPROTEIN, structural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4wrn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4wrn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4wrn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.08 Å
Rg（电子密度）	36.52 Å
总 Rg	36.90 Å
原子数	20898
残基数	1356
排除体积	187990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4wrn__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maltose-binding periplasmic protein,Uromodulin
分子量 formula_weight	76539.4 kDa
突变 mutation	;I28T, D108A, K109A, E198A, N199A, A241H, K245H, K265A, A338V, I343V, E385A, E388A, D389A, R393N,R586A, R588A,I28T, D108A, K109A, E198A, N199A, A241H, K245H, K265A, A338V, I343V, E385A, E388A, D389A, R393N,R586A, R588A ;
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	20898

ETGHHHHHHKTEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEHAFNHGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELVKDPRVAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAGTCEECSIDEDCKSNNGRWHCQCKQDFNITDISLLEHRLECGANDMKVSLGKCQLKSLGFDKVFMYLSDSRCSGFNDRDNRDWVSVVTPARDGPCGTVLTRNETHATYSNTLYLADEIIIRDLNIKINFACSYPLDMKVSLKTALQPMVSALNIRVGGTGMFTVRMALFQTPSYTQPYQGSSVTLSTEAFLYVGTMLDGGDLSRFALLMTNCYATPSSQATDPLKYFIIQDRCPHTRDSTIQVVENGESSQGRFSVQMFRFAGNYDLVYLHCEVYLCDTMNEKCKPTCSGTAFASGSVIDQSRVLNLGPITRKGVQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4wrnA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	4wrnA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3210 — Zona pellucida, ZP-N domain

结构域编号 domain_id	4wrnA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4100 — Zona pellucida, ZP-C domain

结构域编号 domain_id	4wrnB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	4wrnB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3210 — Zona pellucida, ZP-N domain

结构域编号 domain_id	4wrnB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4100 — Zona pellucida, ZP-C domain

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7. 引用文献 (10)

A structured interdomain linker directs self-polymerization of human uromodulin.

Proc.Natl.Acad.Sci.USA (2016)

PMID: 26811476 · DOI: 10.1073/pnas.1519803113 PRIMARY

The rediscovery of uromodulin (Tamm-Horsfall protein): from tubulointerstitial nephropathy to chronic kidney disease.

Kidney Int. (2011)

PMID: 21654721 · DOI: 10.1038/ki.2011.134

Insights into egg coat assembly and egg-sperm interaction from the X-ray structure of full-length ZP3.

Cell (2010)

PMID: 20970175 · DOI: 10.1016/j.cell.2010.09.041

Zona pellucida domain proteins.

Annu.Rev.Biochem. (2005)

PMID: 15952882 · DOI: 10.1146/annurev.biochem.74.082803.133039

A duplicated motif controls assembly of zona pellucida domain proteins.

Proc.Natl.Acad.Sci.USA (2004)

PMID: 15079052 · DOI: 10.1073/pnas.0401600101

Tamm-Horsfall glycoprotein: biology and clinical relevance.

Am. J. Kidney Dis. (2003)

PMID: 14520616

The ZP domain is a conserved module for polymerization of extracellular proteins.

Nat.Cell Biol. (2002)

PMID: 12021773 · DOI: 10.1038/ncb802

Mutations in the human alpha-tectorin gene cause autosomal dominant non-syndromic hearing impairment.

Nat.Genet. (1998)

PMID: 9590290 · DOI: 10.1038/ng0598-60

;Isolation of the cDNA encoding glycoprotein-2 (GP-2), the major zymogen granule membrane protein. Homology to uromodulin/Tamm-Horsfall protein. ;

J.Biol.Chem. (1991)

PMID: 1999417

Characterization and separation of an inhibitor of viral hemagglutination present in urine.

Proc. Soc. Exp. Biol. Med. (1950)

PMID: 15430405

晶胞边长 a length_a	242.320 Å
晶胞边长 b length_b	242.320 Å
晶胞边长 c length_c	258.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	34.976 Å
R 因子 r_factor	0.2222
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2459

Crystal structure of the polymerization region of human uromodulin/Tamm-Horsfall protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,Uromodulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Maltose-binding periplasmic protein,Uromodulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wrn__assembly_1__model_1

4wrn__assembly_1__model_1 | I(q)

4wrn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (10)

Crystal structure of the polymerization region of human uromodulin/Tamm-Horsfall protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,Uromodulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltose-binding periplasmic protein,Uromodulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4wrn__assembly_1__model_1

4wrn__assembly_1__model_1 | I(q)

4wrn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (10)