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4wt3

The N-terminal domain of Rubisco Accumulation Factor 1 from Arabidopsis thaliana

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rubisco Accumulation Factor 1, isoform 2

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9SR19

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 62–274 片段：Raf1 alpha-domain, UNP residues 62-274 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES-NaOH pH 6.0 and 26% (w/v) PEG-6000 分辨率 1.95 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4WT3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4WT4 The C-terminal domain of Rubisco Accumulation Factor 1 from Arabidopsis thaliana, crystal form I 提交 2014-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 281–449（169 aa） 片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449
链 C 281–449（169 aa） 片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG 3350
分辨率 2.81 Å R-free 0.289
4WT4 The C-terminal domain of Rubisco Accumulation Factor 1 from Arabidopsis thaliana, crystal form I 提交 2014-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 281–449（169 aa） 片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449
链 D 281–449（169 aa） 片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10% PEG 3350
分辨率 2.81 Å R-free 0.289
4WT5 The C-terminal domain of Rubisco Accumulation Factor 1 from Arabidopsis thaliana, crystal form II 提交 2014-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric
链 A 281–449（169 aa） 片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449
链 B 281–449（169 aa） 片段：Raf1 beta-domain, UNP residues 281-449
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；200 mM KH2PO4 and 20% (w/v) PEG-5000MME
分辨率 2.57 Å R-free 0.279
8ILB The complexes of RbcL, AtRaf1 and AtBSD2 (LFB) 提交 2023-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 E 62–449（388 aa）
链 N 62–449（388 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8ILM The cryo-EM structure of eight Rubisco large subunits (RbcL), two Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factors 1 (AtRaf1), and seven Arabidopsis thaliana Bundle Sheath Defective 2 (AtBSD2) 提交 2023-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric
链 D 62–449（388 aa）
链 E 62–449（388 aa）
链 R 62–449（388 aa）
链 S 62–449（388 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8IO2 The Rubisco assembly intermidate of Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) and Rubisco large subunit (RbcL) 提交 2023-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 I 73–437（365 aa）
链 J 73–437（365 aa）
链 K 73–437（365 aa）
链 L 73–437（365 aa）
链 M 73–437（365 aa）
链 N 73–437（365 aa）
链 O 73–437（365 aa）
链 P 73–437（365 aa）
链 Q 73–437（365 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IOJ The Rubisco assembly intermidiate of Rubisco large subunit (RbcL) and Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) 提交 2023-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 E 62–264（203 aa）
链 F 62–264（203 aa）
链 G 62–264（203 aa）
链 L 287–437（151 aa）
链 M 287–437（151 aa）
链 N 287–437（151 aa）
链 O 287–437（151 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAF2_ARATH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–213； UniProt 62–274

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4wt3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4wt3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4wt3
沉积日期 deposition_date2014-10-29
结构标题 titleThe N-terminal domain of Rubisco Accumulation Factor 1 from Arabidopsis thaliana
关键词 keywordsassembly chaperone, chaperone; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.70 Å
零角强度 I(0) i08836130.00
分子量 molecular_weight21940.0 kDa
排除体积 excluded_volume27404 ų
包络体积 envelope_volume32585 ų
水化壳体积 shell_volume14633 ų
包络直径 envelope_diameter76.4 Å
壳层 Rg shell_rg25.24 Å
包络 Rg envelope_rg21.08 Å
形状 Rg shape_rg20.69 Å
总 Rg total_rg21.40 Å
总原子数 total_atoms3068
残基数 n_residues198
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.2 Å
Rg (实空间) rg_real21.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real8.8360e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8836000.0000
解质量估计 total_estimate0.7660
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.4 Å
偏度 Skewness skewness0.563
峰度 Kurtosis kurtosis-0.285
角度范围 angular_range— – 0.3750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3375000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.523; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.399; Smooth: 0.986
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)