4wvp

Crystal structure of an activity-based probe HNE complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neutrophil elastase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 30–247	未记录	BTN-3V3-NLB-OMT-OIC-3V2 × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH8, 0.8M ammonium sulfate	分辨率 1.63 Å R-free 0.169
2	其他组合异源复合物蛋白 × 6 其他聚合物 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 30–247	未记录	BTN-3V3-NLB-OMT-OIC-3V2 × 3 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH8, 0.8M ammonium sulfate	分辨率 1.63 Å R-free 0.169

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4WVP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B0F CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN NEUTROPHIL ELASTASE WITH MDL 101, 146 提交 1998-11-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	SEI 1-{3-METHYL-2-[4-(MORPHOLINE-4-CARBONYL)-BENZOYLAMINO]-BUTYRYL}-PYRROLIDINE-2-CARBOXYLIC ACID (3,3,4,4,4-PENTAFLUORO-1-ISOPROPYL-2-OXO-BUTYL)-AMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.00	分辨率 3.00 Å
1H1B Crystal structure of human neutrophil elastase complexed with an inhibitor (GW475151) 提交 2002-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–50（21 aa）链 A 51–108（58 aa）链 A 109–110（2 aa）链 A 111–160（50 aa）链 A 161–174（14 aa）链 A 175–183（9 aa）链 A 184–200（17 aa）链 A 201–202（2 aa）链 A 203–247（45 aa）链 B 30–50（21 aa）链 B 51–108（58 aa）链 B 109–110（2 aa）链 B 111–160（50 aa）链 B 161–174（14 aa）链 B 175–183（9 aa）链 B 184–200（17 aa）链 B 201–202（2 aa）链 B 203–247（45 aa）	未记录	151 (2S)-3-METHYL-2-((2R,3S)-3-[(METHYLSULFONYL)AMINO]-1-{[2-(PYRROLIDIN-1-YLMETHYL)-1,3-OXAZOL-4-YL]CARBONYL}PYRROLIDIN-2-YL)BUTANOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；HNE/GW475151 COMPLEX 10MG/ML IN 10MM NA CITRATE PH 5.0. HANGING DROPS OF EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AND PRECIPITANT. PRECIPITANT 1.1-1.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM CITRATE PH 3.8-4.0, ROOM TEMP.	分辨率 2.00 Å R-free 0.310
1HNE Structure of human neutrophil elastase in complex with a peptide chloromethyl ketone inhibitor at 1.84-angstroms resolution 提交 1989-04-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.84 Å
1PPF X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF HUMAN LEUKOCYTE ELASTASE (PMN ELASTASE) AND THE THIRD DOMAIN OF THE TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR 提交 1991-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1PPG The refined 2.3 angstroms crystal structure of human leukocyte elastase in a complex with a valine chloromethyl ketone inhibitor 提交 1991-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1PPG The refined 2.3 angstroms crystal structure of human leukocyte elastase in a complex with a valine chloromethyl ketone inhibitor 提交 1991-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
2RG3 Covalent complex structure of elastase 提交 2007-10-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；PEG, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.80 Å
2Z7F Crystal structure of the complex of human neutrophil elastase with 1/2SLPI 提交 2007-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 30–247（218 aa）片段：Peptidase S1 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M Na-Acetate, 2.0M Na-Formate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.231
3Q76 Structure of human neutrophil elastase (uncomplexed) 提交 2011-01-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.9 M ammonium sulfate, 5% w/v PEG400, 0.1 M MES-NaOH, 20% v/v glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.86 Å R-free 0.214
3Q76 Structure of human neutrophil elastase (uncomplexed) 提交 2011-01-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.9 M ammonium sulfate, 5% w/v PEG400, 0.1 M MES-NaOH, 20% v/v glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.86 Å R-free 0.214
3Q77 Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor 提交 2011-01-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2HY 2-hydroxyethyl (4R)-4-(4-cyanophenyl)-6-methyl-2-oxo-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-5-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
4NZL Extracellular proteins of Staphylococcus aureus inhibit the neutrophil serine proteases 提交 2013-12-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–247（218 aa）片段：mature neutrophil elastase	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；1.0 M succinic acid, 0.1 M Na-HEPES, 1% (w/v) PEG 2000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.207
5A09 Crystal Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor 提交 2015-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）片段：RESIDUES 30-247	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JJD 2-[(4R)-4-(4-cyanophenyl)-5-ethanoyl-6-methyl-2-oxidanylidene-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-4H-pyrimidin-3-yl]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 28%PEG4000, 0.1MTRIS/HCL AT PH 8.2, 0.7MLICL	分辨率 1.81 Å R-free 0.239
5A0A Crystal Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor 提交 2015-04-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 30–247（218 aa）	未记录	JJS 5-[(6R)-5-ethanoyl-4-methyl-2-oxidanylidene-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-1,6-dihydropyrimidin-6-yl]pyridine-2-carbonitrile × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 28%PEG4000,0.1MTRIS/HCL AT PH 8.2,0.7MLICL	分辨率 1.78 Å R-free 0.204
5A0B Crystal Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor 提交 2015-04-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JJX (4R)-4-(4-cyanophenyl)-6-methyl-2-oxidanylidene-3-[2-oxidanylidene-2-(4-propan-2-ylpiperazin-1-yl)ethyl]-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-4H-pyrimidine-5-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15% PEG6000, 0.2M AMMONIUM CITRATE	分辨率 2.23 Å R-free 0.218
5A0C Crystal Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor 提交 2015-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）片段：UNP RESIDUES 30-247	未记录	JJV (6S)-6-(4-cyano-2-methylsulfonyl-phenyl)-4-methyl-2-oxidanylidene-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-1,6-dihydropyrimidine-5-carbonitrile × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 XPE 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1M MES AT PH6.5,1.2M SODIUMMALONATE	分辨率 2.10 Å R-free 0.213
5A0C Crystal Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor 提交 2015-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–247（218 aa）片段：UNP RESIDUES 30-247	未记录	JJV (6S)-6-(4-cyano-2-methylsulfonyl-phenyl)-4-methyl-2-oxidanylidene-3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-1,6-dihydropyrimidine-5-carbonitrile × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1M MES AT PH6.5,1.2M SODIUMMALONATE	分辨率 2.10 Å R-free 0.213
5A8X Crystal Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor 提交 2015-07-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 IUY ethyl (5R)-5-(4-cyanophenyl)-7-methyl-8-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-1,5-dihydroimidazo[1,2-a]pyrimidin-4-ium-6-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.23 Å R-free 0.223
5A8Y Crystal Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor 提交 2015-07-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	VBM METHYL {(7R)-6-CYANO-7-(4-CYANOPHENYL)-5-METHYL-4-[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]-4,7-DIHYDRO[1,2,4]TRIAZOLO[1,5-A]PYRIMIDIN-2-YL}CARBAMATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
5A8Z Crystal Structure of human neutrophil elastase in complex with a dihydropyrimidone inhibitor 提交 2015-07-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 IUL 4-[(4R)-7-methyl-2,5-bis(oxidanylidene)-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-3,4,6,8-tetrahydropyrimido[4,5-d]pyridazin-4-yl]benzenecarbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5ABW Neutrophil elastase inhibitors for the treatment of (cardio)pulmonary diseases 提交 2015-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）片段：UNP RESIDUES 30-247	未记录	WQQ 1-(3-CHLOROPHENYL)-5-(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)-6-METHYL-N-[4-(METHYLSULFONYL)BENZYL]-2-OXO-1,2-DIHYDROPYRIDINE-3-CARBOXAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.194
6E69 Ortho-substituted phenyl sulfonyl fluoride and fluorosulfate as potent elastase inhibitory fragments 提交 2018-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	HVP 2-(fluorosulfonyl)benzene-1-sulfonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；0.3 M ammonium citrate, pH 5.0, 14% w/v PEG3350	分辨率 2.33 Å R-free 0.241
6E69 Ortho-substituted phenyl sulfonyl fluoride and fluorosulfate as potent elastase inhibitory fragments 提交 2018-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	HVP 2-(fluorosulfonyl)benzene-1-sulfonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；0.3 M ammonium citrate, pH 5.0, 14% w/v PEG3350	分辨率 2.33 Å R-free 0.241
6E69 Ortho-substituted phenyl sulfonyl fluoride and fluorosulfate as potent elastase inhibitory fragments 提交 2018-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	HVP 2-(fluorosulfonyl)benzene-1-sulfonic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；0.3 M ammonium citrate, pH 5.0, 14% w/v PEG3350	分辨率 2.33 Å R-free 0.241
6E69 Ortho-substituted phenyl sulfonyl fluoride and fluorosulfate as potent elastase inhibitory fragments 提交 2018-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	HVP 2-(fluorosulfonyl)benzene-1-sulfonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；0.3 M ammonium citrate, pH 5.0, 14% w/v PEG3350	分辨率 2.33 Å R-free 0.241
6F5M Crystal structure of highly glycosylated human leukocyte elastase in complex with a thiazolidinedione inhibitor 提交 2017-12-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 CQH 5-[[4-[[(2~{S})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[(2-propylphenyl)amino]pentan-2-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-2-oxidanylidene-1,3-thiazol-1-ium-4-olate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；HLE from human blood was purchased from SERVA as a lyophilisate in the presence of sodium acetate puffer, pH 5.5. The lyophilisate was disolved in water so that the HLE concentration was 5 mg/ml (170 micromolar) and the acetate concentration 250 millimolar. 120 microliter dissolved HNE lysophilisate was mixed with 6 microliter inhibitor solution (10 mM in DMSO). 1 microliter of the resulting HLE/inhibitor mixture was mixed with 0.5 microliter reservoir solution which was composed of 20 % PEG MME 5000, 0.2 M potassium sulphate. Repeated seeding was necessary to get usable crystals. In the final seeding step the reservoir was composed of 20 % PEG MME 5000, 0.2 M sodium sulphate.	分辨率 2.70 Å R-free 0.234
6F5M Crystal structure of highly glycosylated human leukocyte elastase in complex with a thiazolidinedione inhibitor 提交 2017-12-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–247（218 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 CQH 5-[[4-[[(2~{S})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[(2-propylphenyl)amino]pentan-2-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-2-oxidanylidene-1,3-thiazol-1-ium-4-olate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；HLE from human blood was purchased from SERVA as a lyophilisate in the presence of sodium acetate puffer, pH 5.5. The lyophilisate was disolved in water so that the HLE concentration was 5 mg/ml (170 micromolar) and the acetate concentration 250 millimolar. 120 microliter dissolved HNE lysophilisate was mixed with 6 microliter inhibitor solution (10 mM in DMSO). 1 microliter of the resulting HLE/inhibitor mixture was mixed with 0.5 microliter reservoir solution which was composed of 20 % PEG MME 5000, 0.2 M potassium sulphate. Repeated seeding was necessary to get usable crystals. In the final seeding step the reservoir was composed of 20 % PEG MME 5000, 0.2 M sodium sulphate.	分辨率 2.70 Å R-free 0.234
6SMA Crystal structure of Human Neutrophil Elastase (HNE) in complex with the 3-Oxo-beta-Sultam inhibitor LMC249 提交 2019-08-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293.15 K；24% PEG Smear Broad 0.1 M Tris-HCl pH 7.2 0.1 M KSCN 0.1M NaBr	分辨率 2.59 Å R-free 0.258
6SMA Crystal structure of Human Neutrophil Elastase (HNE) in complex with the 3-Oxo-beta-Sultam inhibitor LMC249 提交 2019-08-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–247（218 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293.15 K；24% PEG Smear Broad 0.1 M Tris-HCl pH 7.2 0.1 M KSCN 0.1M NaBr	分辨率 2.59 Å R-free 0.258
6SMA Crystal structure of Human Neutrophil Elastase (HNE) in complex with the 3-Oxo-beta-Sultam inhibitor LMC249 提交 2019-08-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 30–247（218 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 2 LKK 3-[[1-[(4-bromophenyl)methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methylcarbamoyl]pentane-3-sulfonic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293.15 K；24% PEG Smear Broad 0.1 M Tris-HCl pH 7.2 0.1 M KSCN 0.1M NaBr	分辨率 2.59 Å R-free 0.258
7CBK Structure of Human Neutrophil Elastase Ecotin complex 提交 2020-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–267（267 aa）链 D 1–267（267 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.70 Å R-free 0.266
7WHU Human Neutrophil Elastase in-complex with Ecotin Peptide 提交 2021-12-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–267（267 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3350 (PEG3350)	分辨率 2.89 Å R-free 0.306
7WHU Human Neutrophil Elastase in-complex with Ecotin Peptide 提交 2021-12-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–267（267 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3350 (PEG3350)	分辨率 2.89 Å R-free 0.306
7WHU Human Neutrophil Elastase in-complex with Ecotin Peptide 提交 2021-12-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–267（267 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3350 (PEG3350)	分辨率 2.89 Å R-free 0.306
7WHU Human Neutrophil Elastase in-complex with Ecotin Peptide 提交 2021-12-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–267（267 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3350 (PEG3350)	分辨率 2.89 Å R-free 0.306
8D4Q Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M sodium citrate (pH 5.2), 12% (w/v) PEG-6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.217
8D4Q Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M sodium citrate (pH 5.2), 12% (w/v) PEG-6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.217
8D4U Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M Lithium Sulfate, 25%(w/v) PEG-3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
8D4U Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M Lithium Sulfate, 25%(w/v) PEG-3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7I Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap1 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；0.1M BisTris, 0.2M sodium/potassium tartrate, 14% PEG-8000	分辨率 3.63 Å R-free 0.217
8D7K Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M Citric acid, 0.15M Lithium Sulfate, 12% PEG-6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
8D7K Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M Citric acid, 0.15M Lithium Sulfate, 12% PEG-6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
8D7K Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M Citric acid, 0.15M Lithium Sulfate, 12% PEG-6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
8D7K Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase and Cathepsin G by Eap2 from S. aureus 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 30–247（218 aa）片段：UNP residues 30-247	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M Citric acid, 0.15M Lithium Sulfate, 12% PEG-6000	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
8G24 Crystal Structure of Cathepsin-G and Neutrophil Elastase Inhibited by S. aureus EapH2 at pH 5.5 提交 2023-02-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M sodium chloride, 26% w/v PDB3350	分辨率 1.82 Å R-free 0.249
8G25 Crystal Structure of Cathepsin-G and Neutrophil Elastase Inhibited by S. aureus EapH2 at pH 7.5 提交 2023-02-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.283
8G25 Crystal Structure of Cathepsin-G and Neutrophil Elastase Inhibited by S. aureus EapH2 at pH 7.5 提交 2023-02-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.283
8G25 Crystal Structure of Cathepsin-G and Neutrophil Elastase Inhibited by S. aureus EapH2 at pH 7.5 提交 2023-02-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 0.2 M lithium sulfate, 26% w/v PEG3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.283
8G26 Crystal Structure of Cathepsin-G and Neutrophil Elastase Inhibited by S. aureus EapH2 at pH 8.5 提交 2023-02-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–247（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris, 0.2 M magnesium chloride, 25% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.238
8QGX Complex between human neutrophil elastase with nanobody NbE201 提交 2023-09-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；The crystals were grown at 20oC using the sitting drop vapor diffusion method. The drop contained 0.2 uL of hNE in complex with NbE201 at a concentration of 15 mg/mL and 0.2 uL of 0.1M HEPES pH7 buffer with 10 per cent (v/v) polyethylene glycol 5000 monomethyl ether and 5 per cent (v/v) tacsimate. The crystals were transferred to a cryoprotectant solution containing 33 per cent (v/v) polyethylene glycol 6000 and 33 per cent (v/v) glycerol before being frozen in liquid nitrogen.	分辨率 2.30 Å R-free 0.271
8VK5 Human Sputum Leucocyte Elastase (uncomplexed) 提交 2024-01-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；296 K；0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000	分辨率 1.56 Å R-free 0.159
9ASS Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.01 M zinc sulfate heptahydrate 0.1M MES (pH 6.5) 25% (v/v) peg-550MME	分辨率 1.75 Å R-free 0.212
9ASX BIFUNCTIONAL INHIBITION OF NEUTROPHIL ELASTASE AND CATHEPSIN G by Eap3 of S. aureus 提交 2024-02-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–247（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate 0.1 M imidazole (pH 6.8) 22% (w/v) peg-2kMME	分辨率 1.96 Å R-free 0.228
9ATK BIFUNCTIONAL INHIBITION OF NEUTROPHIL ELASTASE AND CATHEPSIN G by Eap4 of S. aureus 提交 2024-02-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate (pH 5.5) 12% (w/v) PEG-6K	分辨率 2.11 Å R-free 0.233
9ATK BIFUNCTIONAL INHIBITION OF NEUTROPHIL ELASTASE AND CATHEPSIN G by Eap4 of S. aureus 提交 2024-02-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–247（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate (pH 5.5) 12% (w/v) PEG-6K	分辨率 2.11 Å R-free 0.233
9ATK BIFUNCTIONAL INHIBITION OF NEUTROPHIL ELASTASE AND CATHEPSIN G by Eap4 of S. aureus 提交 2024-02-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 30–247（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate (pH 5.5) 12% (w/v) PEG-6K	分辨率 2.11 Å R-free 0.233
9ATK BIFUNCTIONAL INHIBITION OF NEUTROPHIL ELASTASE AND CATHEPSIN G by Eap4 of S. aureus 提交 2024-02-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 30–247（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate (pH 5.5) 12% (w/v) PEG-6K	分辨率 2.11 Å R-free 0.233
9ATU Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 30–247（218 aa）链 F 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 17% (w/v) PEG-10K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
9ATU Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 30–247（218 aa）链 C 30–247（218 aa）链 D 30–247（218 aa）链 F 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 17% (w/v) PEG-10K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
9ATU Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–247（218 aa）链 C 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 17% (w/v) PEG-10K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
9ATU Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 17% (w/v) PEG-10K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
9ATU Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–247（218 aa）链 F 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 17% (w/v) PEG-10K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
9ATU Bifunctional Inhibition of Neutrophil Elastase by Eap4 from S. aureus 提交 2024-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 30–247（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0) 17% (w/v) PEG-10K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
9SI4 Structure of human neutrophil elastase in complex with a 5,8-dihydro[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrimidin-3(2H)-one inhibitor 提交 2025-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–247（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 A1JN2 methyl (5~{R})-5-[4-cyano-2-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethyl]phenyl]-7-methyl-3-oxidanylidene-8-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-2,5-dihydro-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrimidine-6-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；18% PEG-3350, 0.2M ammonium citrate	分辨率 1.14 Å R-free 0.155

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UniProt名称	ELNE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–218； UniProt 30–247

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4wvp
沉积日期 deposition_date	2014-11-06
结构标题 title	Crystal structure of an activity-based probe HNE complex
关键词 keywords	neutrophil elastase, acitivity-based probe, inhibitor, protease, complex, HNE, HyCoSuL, Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.80 Å
零角强度 I(0) i0	13158400.00
分子量 molecular_weight	26375.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32792 Å³
包络体积 envelope_volume	37426 Å³
水化壳体积 shell_volume	18115 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.8 Å
壳层 Rg shell_rg	23.54 Å
包络 Rg envelope_rg	17.24 Å
形状 Rg shape_rg	16.76 Å
总 Rg total_rg	17.93 Å
总原子数 total_atoms	1838
残基数 n_residues	212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.6 Å
Rg (实空间) rg_real	17.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8943
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.127
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.435
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4631000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neutrophil elastase
分子量 formula_weight	23319.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.37
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	2051

IVGGRRARPHAWPFMVSLQLRGGHFCGATLIAPNFVMSAAHCVANVNVRAVRVVLGAHNLSRREPTRQVFAVQRIFENGYDPVNLLNDIVILQLNGSATINANVQVAQLPAQGRRLGNGVQCLAMGWGLLGRNRGIASVLQELNVTVVTSLCRRSNVCTLVRGRQAGVCFGDSGSPLVCNGLIHGIASFVRGGCASGLYPDAFAPVAQFVNWIDSIIQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BTN-3V3-NLB-OMT-OIC-3V2
分子量 formula_weight	1146.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

XXXMXX

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	202

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4wvpE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	4wvpE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.120 Å
晶胞边长 b length_b	73.120 Å
晶胞边长 c length_c	69.451 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.630 Å
最低分辨率 resolution_low	63.320 Å
R 因子 r_factor	0.1400
R_work r_work	0.1384
R_free r_free	0.1689

fit	/app/data/saxs_computation/wv/4wvp/4wvp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wv/4wvp/4wvp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wv/4wvp/4wvp.dat

Crystal structure of an activity-based probe HNE complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neutrophil elastase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)