4x8m

Crystal structure of E. coli Adenylate kinase Y171W mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenylate kinase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–214	突变：Y171W	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；28% PEG 4K, 0.2 M NaOAc, 0.1 M Tris-HCl	分辨率 2.60 Å R-free 0.309

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4X8M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AKE STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ADENYLATE KINASE FROM ESCHERICHIA COLI AND THE INHIBITOR AP5A REFINED AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION: A MODEL FOR A CATALYTIC TRANSITION STATE 提交 1991-11-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1AKE STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ADENYLATE KINASE FROM ESCHERICHIA COLI AND THE INHIBITOR AP5A REFINED AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION: A MODEL FOR A CATALYTIC TRANSITION STATE 提交 1991-11-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1E4V Mutant G10V of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：G10V	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70	分辨率 1.85 Å
1E4V Mutant G10V of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：G10V	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70	分辨率 1.85 Å
1E4Y Mutant P9L of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：L9P	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20	分辨率 1.85 Å
1E4Y Mutant P9L of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：L9P	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20	分辨率 1.85 Å
2ECK STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE 提交 1996-12-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2ECK STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE 提交 1996-12-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
3HPQ Crystal structure of wild-type adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：Wild-type	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
3HPQ Crystal structure of wild-type adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：Wild-type	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
3HPR Crystal structure of V148G adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：V148G	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3HPR Crystal structure of V148G adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：V148G	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
4AKE ADENYLATE KINASE 提交 1995-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–214（214 aa）链 B 1–214（214 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
4X8H Crystal structure of E. coli Adenylate kinase P177A mutant 提交 2014-12-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：P177A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4K, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgCl2	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
4X8L Crystal structure of E. coli Adenylate kinase P177A mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：P177A	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4K, 0.2 M AmAc, 0.1 M Tris-HCl, Ap5a in five time stoichiometric excess	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
4X8L Crystal structure of E. coli Adenylate kinase P177A mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：P177A	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4K, 0.2 M AmAc, 0.1 M Tris-HCl, Ap5a in five time stoichiometric excess	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
4X8O Crystal structure of E. coli Adenylate kinase Y171W mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：Y171W	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；28% PEG 4K, 0.1 M NaCit., 0.2 M AmAc	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
4X8O Crystal structure of E. coli Adenylate kinase Y171W mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：Y171W	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；28% PEG 4K, 0.1 M NaCit., 0.2 M AmAc	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
6F7U Molecular Mechanism of ATP versus GTP Selectivity of Adenylate Kinase 提交 2017-12-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；32% PEG 8000, 0.2 M Na-Acetate, 0.1 M Na-Cacodylate	分辨率 1.40 Å R-free 0.190
6HAM Adenylate kinase 提交 2018-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；14% PEG 4000 0.05M Tris pH=8	分辨率 2.55 Å R-free 0.243
7APU Structure of Adenylate kinase from Escherichia coli in complex with two ADP molecules refined at 1.36 A resolution. 提交 2020-10-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291.15 K；AdK at 18.3 mg/ml was mixed with 5 mM each of AMP and GTP in 30 mM MOPS buffer pH 7, containing 50 mM NaCl. Hanging drop: 2 ul of AdK, preincubated with AMP and GTP, and 2 ul of precipitant buffer containing 30% PEG 4000, 0.2 M NH4CH3CO2 (Ammonium Acetate), buffered with 100 mM CH3COONa (Sodium Acetate) adjusted to pH 4.6.	分辨率 1.36 Å R-free 0.206
7APU Structure of Adenylate kinase from Escherichia coli in complex with two ADP molecules refined at 1.36 A resolution. 提交 2020-10-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291.15 K；AdK at 18.3 mg/ml was mixed with 5 mM each of AMP and GTP in 30 mM MOPS buffer pH 7, containing 50 mM NaCl. Hanging drop: 2 ul of AdK, preincubated with AMP and GTP, and 2 ul of precipitant buffer containing 30% PEG 4000, 0.2 M NH4CH3CO2 (Ammonium Acetate), buffered with 100 mM CH3COONa (Sodium Acetate) adjusted to pH 4.6.	分辨率 1.36 Å R-free 0.206
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8CRG E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-03-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MPO 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.15 K；20 % (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-tris propane pH 6.5	分辨率 1.49 Å R-free 0.191
8CRG E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-03-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.15 K；20 % (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-tris propane pH 6.5	分辨率 1.49 Å R-free 0.191
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ6 E. coli adenylate kinase in complex with ATP and AMP and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
8RJ6 E. coli adenylate kinase in complex with ATP and AMP and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
8RJ9 E. coli adenylate kinase Asp84Ala variant in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；24-26% PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane.	分辨率 1.59 Å R-free 0.203
8RJ9 E. coli adenylate kinase Asp84Ala variant in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；24-26% PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane.	分辨率 1.59 Å R-free 0.203
9L14 Crystal structure of the monobody CL-1 in complex with the Escherichia coli adenylate kinase 提交 2024-12-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M HEPES buffer pH 7.5, 10% (v/v) 2-propanol, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.86 Å R-free 0.235

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–214； UniProt 1–214

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4x8m
沉积日期 deposition_date	2014-12-10
结构标题 title	Crystal structure of E. coli Adenylate kinase Y171W mutant
关键词 keywords	Adenylate Kinase, Y171W, Apo, Protein Dynamics, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.62 Å
零角强度 I(0) i0	10039100.00
分子量 molecular_weight	23518.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29500 Å³
包络体积 envelope_volume	37953 Å³
水化壳体积 shell_volume	16813 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.42 Å
包络 Rg envelope_rg	19.51 Å
形状 Rg shape_rg	19.62 Å
总 Rg total_rg	20.52 Å
总原子数 total_atoms	3329
残基数 n_residues	214
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10040000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8287
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.177
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.488
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1417000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4x8mA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.566 Å
晶胞边长 b length_b	31.618 Å
晶胞边长 c length_c	63.080 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	33.800 Å
R 因子 r_factor	0.2491
R_work r_work	0.2463
R_free r_free	0.3089

描述 description	Adenylate kinase
分子量 formula_weight	23643.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.3
突变 mutation	Y171W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3365

Crystal structure of E. coli Adenylate kinase Y171W mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenylate kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

fit	/app/data/saxs_computation/x8/4x8m/4x8m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x8/4x8m/4x8m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x8/4x8m/4x8m.dat