4xpe

Crystal structure of 5'-CTTATGGGCCCATAAG in a host-guest complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.1 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

reverse transcriptase

Moloney murine leukemia virus (isolate Shinnick)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 683–937	未记录	;DNA (5'-D(CPTPTPAPTPGPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PCPCPCPAPTPAPAPG)-3') ; × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 4000	分辨率 1.78 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4XPE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D0E CRYSTAL STRUCTURES OF THE N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH NUCLEIC ACID: FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR TEMPLATE-PRIMER BINDING TO THE FINGERS DOMAIN 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT COMPRISING FINGERS AND PALM DOMAINS 链 B 144–398（255 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT COMPRISING FINGERS AND PALM DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；15% PEG 4000,0.1M NH4CL,0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.298
1D1U USE OF AN N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE TO FACILITATE CRYSTALLIZATION AND ANALYSIS OF A PSEUDO-16-MER DNA MOLECULE CONTAINING G-A MISPAIRS 提交 1999-09-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 144–398（255 aa）片段：FINGERS AND PALM DOMAIN OF MMLV RT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.286
1I6J CRYSTAL STRUCTURE OF A PSEUDO-16-MER DNA WITH STACKED GUANINES AND TWO G-A MISPAIRS COMPLEXED WITH THE N-TERMINAL FRAGMENT OF MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE 提交 2001-03-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 144–398（255 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 4000, NaCl, ADA, MgCl2, HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1MML MECHANISTIC IMPLICATIONS FROM THE STRUCTURE OF A CATALYTIC FRAGMENT OF MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE 提交 1995-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 130–394（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.257
1N4L A DNA analogue of the polypurine tract of HIV-1 提交 2002-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 144–398（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 4000, NaCl, ADA, MgCl2, HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.269
1NND Arginine 116 is Essential for Nucleic Acid Recognition by the Fingers Domain of Moloney Murine Leukemia Virus Reverse Transcriptase 提交 2003-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–398（255 aa）片段：MMLV Reverse Transcriptase	突变：R116A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 400, Magnesium Chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
1QAI CRYSTAL STRUCTURES OF THE N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH NUCLEIC ACID: FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR TEMPLATE-PRIMER BINDING TO THE FINGERS DOMAIN 提交 1999-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 130–394（265 aa）片段：FINGERS AND PALM DOMAINS OF THE MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE 链 B 130–394（265 aa）片段：FINGERS AND PALM DOMAINS OF THE MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE	未记录	HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 4000, 0.1M NH4CL, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.296
1QAJ CRYSTAL STRUCTURES OF THE N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH NUCLEIC ACID: FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR TEMPLATE-PRIMER BINDING TO THE FINGERS DOMAIN 提交 1999-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT COMPRISING FINGERS AND PALM DOMAINS 链 B 144–398（255 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT COMPRISING FINGERS AND PALM DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；15% PEG 4000, 0.1 M NH4CL,0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
1ZTT Netropsin bound to d(CTTAATTCGAATTAAG) in complex with MMLV RT catalytic fragment 提交 2005-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：RT catalytic fragment	未记录	NT NETROPSIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.246
1ZTW d(CTTAATTCGAATTAAG) complexed with Moloney Murine Leukemia Virus Reverse Transcriptase catalytic fragment 提交 2005-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：RT catalytic fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.264
2FJV RT29 Bound to D(CTTAATTCGAATTAAG) in complex with MMLV RT Catalytic Fragment 提交 2006-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：RT catalytic domain	未记录	HXL 2-(4-(4-CARBAMIMIDOYLPHENOXY)PHENYL)-1H-BENZO[D]IMIDAZOLE-6-CARBOXIMIDAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MAGNESIUM ACETATE, ADA PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.280
2FJW d(CTTGAATGCATTCAAG) in complex with MMLV RT catalytic fragment 提交 2006-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）	突变：RT catalytic domain	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MAGNESIUM ACETATE, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.256
2FJX RT29 bound to D(CTTGAATGCATTCAAG) in complex with MMLV RT catalytic fragment 提交 2006-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：RT catalytic domain	未记录	HXL 2-(4-(4-CARBAMIMIDOYLPHENOXY)PHENYL)-1H-BENZO[D]IMIDAZOLE-6-CARBOXIMIDAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.266
2FVP A Structural Study of the CA Dinucleotide Step in the Integrase Processing Site of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2006-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.288
2FVQ A Structural Study of the CA Dinucleotide Step in the Integrase Processing Site of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2006-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
2FVR A Structural Study of the CA Dinucleotide Step in the Integrase Processing Site of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2006-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2FVS A Structural Study of the CA Dinucleotide Step in the Integrase Processing Site of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2006-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 144–398（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.265
2HB5 Crystal Structure of the Moloney Murine Leukemia Virus RNase H Domain 提交 2006-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 618–791（174 aa）片段：RNase H Domain (Residues 618-791)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；15% PEG 4000, 0.1M ammonium sulfate, 150mM NaCl, 1.25%PEG-MME 550, 1% 2-propanol, 0.5mM zinc sulfate, 5mM MES , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.59 Å R-free 0.221
2M9U Solution NMR structure of the C-terminal domain (CTD) of Moloney murine leukemia virus integrase, Northeast Structural Genomics Target OR41A 提交 2013-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1659–1738（80 aa）片段：DNA binding C terminal domain (CTD) residues 1659-1738	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM K-glutamate, 100mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV IN CTD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] MLV IN CTD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MQV Solution NMR structure of the U5-primer binding site (U5-PBS) domain of murine leukemia virus RNA genome bound to the retroviral nucleocapsid protein 提交 2014-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 479–534（56 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；311 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris, 10mM Nacl；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris, 10mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM 15N,13C-Alab U5-PBS-NC, 0.5 mM 15N.13C-Glab U5-PBS-NC, 0.5 mM 15N.13C-Ulab U5-PBS-NC, 0.5 mM 15N.13C-Clab U5-PBS-NC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM U5-PBS-M2-NC, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM UAUCG-linker, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2MS0 Solution NMR structure pf tRNApro:MLV-Nucleocapsid (1:2) Complex 提交 2014-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 479–534（56 aa）链 C 479–534（56 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；311 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris, 1mM MgCl2, 10mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MS1 Solution NMR structure of tRNApro:MLV Nucleocapsid Protein (1:1) Complex 提交 2014-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 479–534（56 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；311 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Tris, 1mM MgCl2, 10mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro13C NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-13C NC-tRNApro (1:1), 0.5 mM 13C, 15N G-lab tRNA-pro NC-tRNApro (1:1), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2R2R d(ATTAGTTATAACTAAT) complexed with MMLV RT catalytic fragment 提交 2007-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：residues 144-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MgCl2, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.269
2R2S Co(III)bleomycinB2 bound to d(ATTAGTTATAACTAAT) complexed with MMLV RT catalytic fragment 提交 2007-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：residues 144-398	未记录	3CO COBALT (III) ION × 2 BLB BLEOMYCIN B2 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MgCl2, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.308
2R2T d(ATTTAGTTAACTAAAT) complexed with MMLV RT catalytic fragment 提交 2007-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：residues 144-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MgCl2, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
2R2U Co(III)bleomycinB2 bithiazole/C-terminal tail domain bound to d(ATTTAGTTAACTAAAT) complexed with MMLV RT catalytic fragment 提交 2007-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：residues 144-398	未记录	BTZ N-(4-{[amino(imino)methyl]amino}butyl)-2,4'-bi-1,3-thiazole-4-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；PEG 4000, MgCl2, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
3FSI Crystal structure of a trypanocidal 4,4'-Bis(imidazolinylamino)diphenylamine bound to DNA 提交 2009-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 144–398（255 aa）片段：Reverse transcriptase domain: UNP residues 144-398	未记录	ACT ACETATE ION × 10 MWB N1-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-N4-(4-((4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)amino)phenyl)benzene-1,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 4000, Magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.254
3NNQ Crystal Structure of the N-terminal domain of Moloney murine leukemia virus integrase, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR3 提交 2010-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1331–1435（105 aa）片段：N-terminal domain 链 B 1331–1435（105 aa）片段：N-terminal domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；2.0 M Sodium Malonate, 0.1 M Sodium Acetate,0.05% Anapoe X-305, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.69 Å R-free 0.274
4M94 d(ATCCGTTATAACGGAT) complexed with Moloney Murine Leukemia virus reverse transcriptase catalytic fragment 提交 2013-08-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）片段：UNP residues 683-937	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；7% PEG 4000, 5mM Magnesium acetate, 50mM N-(2-acetamido)iminodiacetic acid, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K	分辨率 2.14 Å R-free 0.239
4M95 d(ATCCGTTATAACGGAT)complexed with Moloney Murine Leukemia virus reverse transcriptase catalytic fragment 提交 2013-08-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）片段：UNP residues 683-937	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；9% PEG 4000, 5mM Magnesium acetate, 50mM N-(2-acetamido)iminodiacetic acid, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.15K	分辨率 1.72 Å R-free 0.234
4MH8 The crystal structure of the monomeric reverse transcriptase from moloney murine leukemia virus 提交 2013-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 683–1330（648 aa）	突变：L435K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；POTASSIUM CHLORIDE, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PEG 8000, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K REMARK 300	分辨率 3.00 Å R-free 0.277
4NZG Crystal Structure of the N-terminal domain of Moloney murine leukemia virus integrase, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR3 提交 2013-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1338–1435（98 aa）链 B 1338–1435（98 aa）链 C 1338–1435（98 aa）链 D 1338–1435（98 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 3 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:1.0 M K2HPO4, 0.1 M NaAc, 0.05% Anapoe X-305, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.15 Å R-free 0.265
4NZG Crystal Structure of the N-terminal domain of Moloney murine leukemia virus integrase, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR3 提交 2013-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1338–1435（98 aa）链 C 1338–1435（98 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:1.0 M K2HPO4, 0.1 M NaAc, 0.05% Anapoe X-305, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.15 Å R-free 0.265
4NZG Crystal Structure of the N-terminal domain of Moloney murine leukemia virus integrase, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR3 提交 2013-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1338–1435（98 aa）链 D 1338–1435（98 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:1.0 M K2HPO4, 0.1 M NaAc, 0.05% Anapoe X-305, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.15 Å R-free 0.265
4XO0 Crystal structure of 5'-CTTATPPTAZZATAAG in a host-guest complex 提交 2015-01-16	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）片段：unp residues 683-937	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 4000	分辨率 1.70 Å R-free 0.240
4XPC Crystal structure of 5'- CTTATAAATTTATAAG in a host-guest complex 提交 2015-01-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 4000	分辨率 1.68 Å R-free 0.241
5DMQ Crystal structure of mouse eRF1 in complex with Reverse Transcriptase (RT) of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2015-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 683–1330（648 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.02 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % polyacrylic acid sodium salt 5100	分辨率 4.00 Å R-free 0.295
5DMR Crystal Structure of C-terminal domain of mouse eRF1 in complex with RNase H domain of RT of Moloney Murine Leukemia Virus 提交 2015-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1159–1330（172 aa）片段：RNase H domain, UNP residues 1159-1330	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；288 K；0.1 M Tris pH 8.5, 18 % ammonium dihydrogen phosphate	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
5VBS Structural basis for a six letter alphabet including GATCKX 提交 2017-03-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）片段：unp residues 683-987	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；10 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.75 Å R-free 0.238
6B1Q Hydrogen Bonding Complementary, not size complementarity is key in the formation of the double helix 提交 2017-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 683–937（255 aa）片段：Catalytic fragment (UNP residues 683-937)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；6 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.90 Å R-free 0.237
6B1R Hydrogen Bonding Complementary, not size complementarity is key in the formation of the double helix 提交 2017-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 683–937（255 aa）片段：Catalytic fragment (UNP residues 683-937)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；6 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.69 Å R-free 0.230
6B1S Hydrogen Bonding Complementary, not size complementarity is key in the formation of the double helix 提交 2017-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 683–937（255 aa）片段：Catalytic fragment (UNP residues 683-937) 链 B 683–937（255 aa）片段：Catalytic fragment (UNP residues 683-937)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；6 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
6MIG Crystal structure of host-guest complex with PB hachimoji DNA 提交 2018-09-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.70 Å R-free 0.256
6MIH Crystal structure of host-guest complex with PC hachimoji DNA 提交 2018-09-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.60 Å R-free 0.234
6MIK Crystal structure of host-guest complex with PP hachimoji DNA 提交 2018-09-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 683–937（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)	分辨率 1.70 Å R-free 0.247
7JQ8 Solution NMR structure of human Brd3 ET domain 提交 2020-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1716–1738（23 aa）片段：C-terminal Tail, residues 1716-1738	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV IN TP, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_MLVMS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–259； UniProt 683–937

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xpe
沉积日期 deposition_date	2015-01-16
结构标题 title	Crystal structure of 5'-CTTATGGGCCCATAAG in a host-guest complex
关键词 keywords	host-guest complex, B-DNA, non-natural nucleobase pair, synthetic biology, transferase-DNA complex; transferase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.53 Å
零角强度 I(0) i0	21177000.00
分子量 molecular_weight	32864.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40151 Å³
包络体积 envelope_volume	50350 Å³
水化壳体积 shell_volume	19966 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.55 Å
包络 Rg envelope_rg	21.40 Å
形状 Rg shape_rg	21.47 Å
总 Rg total_rg	22.42 Å
总原子数 total_atoms	2301
残基数 n_residues	262
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9138
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.164
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.617
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2108000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.961; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	reverse transcriptase
分子量 formula_weight	29347.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49,2.7.7.7,3.1.26.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2496

GSHMTWLSDFPQAWAETGGMGLAVRQAPLIIPLKATSTPVSIKQYPMSQEARLGIKPHIQRLLDQGILVPCQSPWNTPLLPVKKPGTNDYRPVQDLREVNKRVEDIHPTVPNPYNLLSGLPPSHQWYTVLDLKDAFFCLRLHPTSQPLFAFEWRDPEMGISGQLTWTRLPQGFKNSPTLFDEALHRDLADFRIQHPDLILLQYVDDLLLAATSELDCQQGTRALLQTLGNLGYRASAKKAQICQKQVKYLGYLLKEGQR

来源 Source

来源生物 organism	Moloney murine leukemia virus (isolate Shinnick)
通用名 common_name	MoMLV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	928306
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPTPAPTPGPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2457.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CTTATGGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPCPAPTPAPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2395.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CCCATAAG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	195

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4xpeA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4xpeA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	54.623 Å
晶胞边长 b length_b	145.385 Å
晶胞边长 c length_c	46.801 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.780 Å
最低分辨率 resolution_low	26.842 Å
R 因子 r_factor	0.2166
R_work r_work	0.2155
R_free r_free	0.2371

fit	/app/data/saxs_computation/xp/4xpe/4xpe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xp/4xpe/4xpe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xp/4xpe/4xpe.dat

Crystal structure of 5'-CTTATGGGCCCATAAG in a host-guest complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

reverse transcriptase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)