4xzu

Crystal Structure of the Human Factor VIII C2 Domain in Complex with Murine 3E6 Inhibitory Antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 127.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor VIII

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 2193–2346	未记录	3E6 antibody Fab heavy chain × 1 3E6 antibody Fab light chain × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；12-18% PEG 8000, MES, 0-200 mM magnesium chloride	分辨率 2.61 Å R-free 0.267
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 2193–2346	未记录	3E6 antibody Fab heavy chain × 1 3E6 antibody Fab light chain × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；12-18% PEG 8000, MES, 0-200 mM magnesium chloride	分辨率 2.61 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4XZU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
12JP Structural determination of lipid-bound Factor VIII 提交 2026-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–2351（2332 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.46 Å
12JV Structural determination of lipid-bound Factor VIII 提交 2026-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–2351（2332 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.56 Å
1CFG MEMBRANE-BINDING PEPTIDE FROM THE C2 DOMAIN OF FACTOR VIII FORMS AN AMPHIPATHIC STRUCTURE AS DETERMINED BY NMR SPECTROSCOPY 提交 1994-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2322–2343（22 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1D7P Crystal structure of the c2 domain of human factor viii at 1.5 a resolution at 1.5 A 提交 1999-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 M 2190–2348（159 aa）片段：C2-DOMAIN	突变：S2296C	SO4 SULFATE ION × 2 CYS CYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；AMMONIUM SULFATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.50 Å R-free 0.215
1FAC COAGULATION FACTOR VIII, NMR, 1 STRUCTURE 提交 1996-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2322–2342（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；308.3 K	分辨率未提供
1IQD Human Factor VIII C2 Domain complexed to human monoclonal BO2C11 Fab. 提交 2001-07-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2193–2348（156 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	突变：S2296C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG8000, sodium chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
2R7E Crystal Structure Analysis of Coagulation Factor VIII 提交 2007-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–760（742 aa）片段：residues 19-760 链 B 1582–2351（770 aa）片段：residues 1582-2351	突变：F1838S	CA CALCIUM ION × 3 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；8-10% PEG 8000, 0.1M Imidazole, 100-300 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.70 Å R-free 0.347
3CDZ Crystal structure of human factor VIII 提交 2008-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–759（740 aa）片段：B-domain deleted (UNP residues 20-764) 链 B 1668–2351（684 aa）片段：B-domain deleted (UNP residues 1668-2351)	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris-HCl, 10% EtOH, 7% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.98 Å R-free 0.327
3HNB Factor VIII Trp2313-His2315 segment is involved in membrane binding as shown by crystal structure of complex between factor VIII C2 domain and an inhibitor 提交 2009-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 M 2189–2347（159 aa）片段：C2 domain of Factor VIIIa light chain, UNP residues 2189-2347	未记录	768 (2R)-1-(2,4-dichlorophenoxy)-3-[(2E)-2-imino-3-(2-piperidin-1-ylethyl)-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-1-yl]propan-2-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；2.8M sodium chloride, 0.1M Tris-HCl, 3% glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.220
3HNY Factor VIII Trp2313-His2315 segment is involved in membrane binding as shown by crystal structure of complex between factor VIII C2 domain and an inhibitor 提交 2009-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 M 2189–2347（159 aa）片段：factor VIII c2 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；2.8M sodium chloride, 0.1M Tris-HCl, 3% glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.07 Å R-free 0.201
3HOB Factor VIII Trp2313-His2315 segment is involved in membrane binding as shown by crystal structure of complex between factor VIII C2 domain and an inhibitor 提交 2009-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 M 2189–2347（159 aa）片段：factor VIII c2 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；30.0% PEG 2000, MME 0.15M KBr, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.07 Å R-free 0.263
3HOB Factor VIII Trp2313-His2315 segment is involved in membrane binding as shown by crystal structure of complex between factor VIII C2 domain and an inhibitor 提交 2009-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2189–2347（159 aa）片段：factor VIII c2 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；30.0% PEG 2000, MME 0.15M KBr, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.07 Å R-free 0.263
3J2Q Model of membrane-bound factor VIII organized in 2D crystals 提交 2012-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–764（745 aa）片段：UNP residues 20-764 链 B 1668–2351（684 aa）片段：UNP residues 1668-2351	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 15.00 Å
3J2S Membrane-bound factor VIII light chain 提交 2012-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1710–2351（642 aa）片段：UNP residues 1710-2356	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 5mM CaCl2；pH 7.4；20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 5mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件 Blot for 3.5 seconds before plunging；95 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (Vitrobot Mark III)	分辨率 15.00 Å
4BDV CRYSTAL STRUCTURE OF A TRUNCATED B-DOMAIN HUMAN FACTOR VIII 提交 2012-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–769（750 aa）片段：COAGULATION FACTOR VIII, RESIDUES 20-769,1657-1666 链 A 1657–1666（10 aa）片段：COAGULATION FACTOR VIII, RESIDUES 20-769,1657-1666 链 B 1667–2351（685 aa）片段：RESIDUES 1667-2351	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；3% PEG550, 0.100 M NACL, 0.100 M TRIS-HCL PH 7.5, 10% ETHANOL	分辨率 3.98 Å R-free 0.246
4KI5 Cystal structure of human factor VIII C2 domain in a ternary complex with murine inhbitory antibodies 3E6 and G99 提交 2013-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 2190–2351（162 aa）片段：C2 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；28% PEG-1000, 0.15 M sodium acetate, 0.025 M Tris-HCl, 0.05 M NaCl, 0.15 M ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.47 Å R-free 0.238
4PT6 The discobody: an engineered discoidin domain from factor VIII that binds v 3 integrin with antibody-like affinities 提交 2014-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2190–2351（162 aa）片段：unp residues 2190-2351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
4PT6 The discobody: an engineered discoidin domain from factor VIII that binds v 3 integrin with antibody-like affinities 提交 2014-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2190–2351（162 aa）片段：unp residues 2190-2351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
5K8D Crystal structure of rFVIIIFc 提交 2016-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–759（740 aa）链 B 1713–2350（638 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；297 K；5% Ethanol, 100mM TRIS pH 7.3	分辨率 4.19 Å R-free 0.362
6MF0 Crystal Structure Determination of Human/Porcine Chimera Coagulation Factor VIII 提交 2018-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：monomeric	链 A 387–761（375 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human) 链 A 2039–2351（313 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human) 链 B 387–761（375 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human) 链 B 2039–2351（313 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human)	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CU1 COPPER (I) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG3350, 0.025 M magnesium chloride, 0.025 M HEPES	分辨率 3.20 Å R-free 0.287
6MF0 Crystal Structure Determination of Human/Porcine Chimera Coagulation Factor VIII 提交 2018-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 387–761（375 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human) 链 A 2039–2351（313 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human)	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG3350, 0.025 M magnesium chloride, 0.025 M HEPES	分辨率 3.20 Å R-free 0.287
6MF2 Improved Model of Human Coagulation Factor VIII 提交 2018-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–760（742 aa）片段：UNP residues 19-760,1582-2351 链 A 1582–2351（770 aa）片段：UNP residues 19-760,1582-2351	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；8-10% PEG8000, 0.1 M imidazole, 100-300 mM sodium chloride	分辨率 3.61 Å R-free 0.284
7K66 Structure of Blood Coagulation Factor VIII in Complex with an Anti-C1 Domain Pathogenic Antibody Inhibitor 提交 2020-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 406–761（356 aa）链 A 2039–2351（313 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；293 K；17.5 %(w/v) PEG 1500, 50 mM HEPES (pH 7.7)	分辨率 3.92 Å R-free 0.322
7KBT Factor VIII in complex with the anti-C2 domain antibody, G99 提交 2020-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 387–761（375 aa）链 A 2039–2351（313 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8 - 18% PEG 1500, PEG 6K, or PEG 10K and 50mM malic acid, pH 7.	分辨率 4.15 Å R-free 0.338
8G6I Coagulation factor VIII bound to a patient-derived anti-C1 domain antibody inhibitor 提交 2023-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 406–761（356 aa）链 A 2039–2351（313 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.23 Å
8TY1 Cryo-EM structure of coagulation factor VIII bound to NB2E9 提交 2023-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 392–771（380 aa）链 A 2039–2351（313 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES (pH 7.4) and 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9D5D Crystal Structure of Blood Coagulation Factor VIII C2 Domain Mutant L2251A/L2252A 提交 2024-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 M 2191–2351（161 aa）片段：C2 domain (UNP residues 2191-2351)	突变：L2251A,L2252A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4 M potassium formate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 9, 2% w/v PEG2000 MME	分辨率 1.83 Å R-free 0.223
9JBV Structure of Engineered Coagulation Factor VIII with Enhanced Secretion and Coagulation Potential 提交 2024-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–764（764 aa）链 A 1659–2351（693 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å

共 25 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FA8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–154； UniProt 2193–2346 作者链 M； PDB构建体 1–154； UniProt 2193–2346

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4xzu
沉积日期 deposition_date	2015-02-05
结构标题 title	Crystal Structure of the Human Factor VIII C2 Domain in Complex with Murine 3E6 Inhibitory Antibody
关键词 keywords	immunoglobulin, blood coagulation, antibody, discoidin, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.60 Å
零角强度 I(0) i0	240243000.00
分子量 molecular_weight	124980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	156030 Å³
包络体积 envelope_volume	210390 Å³
水化壳体积 shell_volume	46784 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.2 Å
壳层 Rg shell_rg	42.86 Å
包络 Rg envelope_rg	38.37 Å
形状 Rg shape_rg	38.57 Å
总 Rg total_rg	38.97 Å
总原子数 total_atoms	8793
残基数 n_residues	1137
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.0 Å
Rg (实空间) rg_real	38.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	240200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8275
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.228
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.687
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	3E6 antibody Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23538.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	9034

QIQLVQSGPELKKPGKTVKISCKASDYTFTDYSLHWVKQAPGKGLKWMGWINTETGDPAYADDFKGRFAFSLETSVRTAYLQINNLKNEDTAIYFCAREDDGLASWGQGTTLTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRGPA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	3E6 antibody Fab light chain
分子量 formula_weight	23288.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

QIVLTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSTVSYMYWYQQKPGSSPRFLISDTSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISRIEAEDAATYYCQHWSSYPLTFGGGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHSTSTSPIVKSFNRNEC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Coagulation factor VIII
分子量 formula_weight	17529.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,G

CSMPLGMESKAISDAQITASSYFTNMFATWSPSKARLHLQGRSNAWRPQVNNPKEWLQVDFQKTMKVTGVTTQGVKSLLTSMYVKEFLISSSQDGHQWTLFFQNGKVKVFQGNQDSFTPVVNSLDPPLLTRYLRIHPQSWVHQIALRMEVLGCE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	241

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4xzua_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d4xzub1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4xzub2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d4xzue_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d4xzuf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4xzuf2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d4xzug_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.2 — Discoidin domain (FA58C, coagulation factor 5/8 C-terminal domain)

结构域编号 domain_id	d4xzum_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.2 — Discoidin domain (FA58C, coagulation factor 5/8 C-terminal domain)

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4xzuA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xzuA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xzuB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xzuB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xzuE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xzuE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xzuF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xzuF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4xzuG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	4xzuM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	43.229 Å
晶胞边长 b length_b	148.492 Å
晶胞边长 c length_c	188.417 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.610 Å
最低分辨率 resolution_low	39.780 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2670

fit	/app/data/saxs_computation/xz/4xzu/4xzu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xz/4xzu/4xzu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xz/4xzu/4xzu.dat

Crystal Structure of the Human Factor VIII C2 Domain in Complex with Murine 3E6 Inhibitory Antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor VIII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)