SAXSdb — 4y3u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cardiac phospholamban × 1 （P61012） Cardiac phospholamban × 1 POTASSIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT2A1_RABIT
Isoform	P04191-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–994； UniProt 1–994

Cardiac phospholamban

Canis familiaris

UniProt P61012

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 × 1 （P04191） Cardiac phospholamban × 1 POTASSIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPLA_CANFA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–50； UniProt 1–50

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4y3u
沉积日期 deposition_date	2015-02-10
结构标题 title	The structure of phospholamban bound to the calcium pump SERCA1a
关键词 keywords	Ca-ATPase, SERCA1a, membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4y3u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4y3u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4y3u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.83 Å
Rg（电子密度）	38.25 Å
总 Rg	38.31 Å
原子数	7812
残基数	1016
排除体积	140690 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4y3u__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
分子量 formula_weight	109602.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7812

MEAAHSKSTEECLAYFGVSETTGLTPDQVKRHLEKYGHNELPAEEGKSLWELVIEQFEDLLVRILLLAACISFVLAWFEEGEETITAFVEPFVILLILIANAIVGVWQERNAENAIEALKEYEPEMGKVYRADRKSVQRIKARDIVPGDIVEVAVGDKVPADIRILSIKSTTLRVDQSILTGESVSVIKHTEPVPDPRAVNQDKKNMLFSGTNIAAGKALGIVATTGVSTEIGKIRDQMAATEQDKTPLQQKLDEFGEQLSKVISLICVAVWLINIGHFNDPVHGGSWIRGAIYYFKIAVALAVAAIPEGLPAVITTCLALGTRRMAKKNAIVRSLPSVETLGCTSVICSDKTGTLTTNQMSVCKMFIIDKVDGDFCSLNEFSITGSTYAPEGEVLKNDKPIRSGQFDGLVELATICALCNDSSLDFNETKGVYEKVGEATETALTTLVEKMNVFNTEVRNLSKVERANACNSVIRQLMKKEFTLEFSRDRKSMSVYCSPAKSSRAAVGNKMFVKGAPEGVIDRCNYVRVGTTRVPMTGPVKEKILSVIKEWGTGRDTLRCLALATRDTPPKREEMVLDDSSRFMEYETDLTFVGVVGMLDPPRKEVMGSIQLCRDAGIRVIMITGDNKGTAIAICRRIGIFGENEEVADRAYTGREFDDLPLAEQREACRRACCFARVEPSHKSKIVEYLQSYDEITAMTGDGVNDAPALKKAEIGIAMGSGTAVAKTASEMVLADDNFSTIVAAVEEGRAIYNNMKQFIRYLISSNVGEVVCIFLTAALGLPEALIPVQLLWVNLVTDGLPATALGFNPPDLDIMDRPPRSPKEPLISGWLFFRYMAIGGYVGAATVGAAAWWFMYAEDGPGVTYHQLTHFMQCTEDHPHFEGLDCEIFEAPEPMTMALSVLVTIEMCNALNSLSENQSLMRMPPWVNIWLLGSICLSMSLHFLILYVDPLPMIFKLKALDLTQWLMVLKISLPVIGLDEILKFIARNYLEG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cardiac phospholamban
分子量 formula_weight	5859.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDKVQYLTRSAIRRASTIEMPQQARQNLQNLFINFCLILICLLLICIIVM

来源 Source

来源生物 organism	Canis familiaris
通用名 common_name	Dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cardiac phospholamban
分子量 formula_weight	1975.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Canis familiaris
通用名 common_name	Dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4y3uA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	150 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A

结构域编号 domain_id	4y3uA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4y3uA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	4y3uA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

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晶胞边长 a length_a	61.745 Å
晶胞边长 b length_b	91.825 Å
晶胞边长 c length_c	316.256 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.510 Å
最低分辨率 resolution_low	48.790 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2348
R_free r_free	0.2773

The structure of phospholamban bound to the calcium pump SERCA1a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cardiac phospholamban

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4y3u__assembly_1__model_1

4y3u__assembly_1__model_1 | I(q)

4y3u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of phospholamban bound to the calcium pump SERCA1a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cardiac phospholamban

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4y3u__assembly_1__model_1

4y3u__assembly_1__model_1 | I(q)

4y3u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)