SAXSdb — 4yk9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2-like protein 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–196	片段：UNP RESIDUES 2-196	BH3BIM × 1 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；287 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 0.01 M calcium chloride and 15% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 2–196	片段：UNP RESIDUES 2-196	BH3BIM × 1 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；287 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 0.01 M calcium chloride and 15% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 1.70 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4YK9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PQ0 Crystal structure of mouse Bcl-xl 提交 2003-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–196（196 aa）片段：Bcl-xl	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；NH4SO4, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
1PQ1 Crystal structure of Bcl-xl/Bim 提交 2003-06-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–196（196 aa）片段：BIM	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；NH4H2PO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
2BZW The crystal structure of BCL-XL in complex with full-length BAD 提交 2005-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–211（211 aa）片段：BCL-2 HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 1-211	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
3IHC Crystal structure of mouse Bcl-xl (wt) at pH 5.0 提交 2009-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；1.6M Ammonium sulphate, Tri-Na citrate (pH 5.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.242
3IHD Crystal structure of mouse Bcl-xl mutant (Y101A) at pH 5.0 提交 2009-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	突变：Y101A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；1.4M Ammonium Sulphate, Tri-Na citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.88 Å R-free 0.210
3IHE Crystal structure of mouse Bcl-xl mutant (F105A) at pH 6.0 提交 2009-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	突变：F105A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；1.7M Ammonium sulphate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.239
3IHF Crystal structure of mouse Bcl-xl mutant (R139A) at pH 5.0 提交 2009-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	突变：R139A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；1.45M Ammonium sulphate, Tri-Na citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.28 Å R-free 0.266
3IHF Crystal structure of mouse Bcl-xl mutant (R139A) at pH 5.0 提交 2009-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	突变：R139A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；1.45M Ammonium sulphate, Tri-Na citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.28 Å R-free 0.266
3IHF Crystal structure of mouse Bcl-xl mutant (R139A) at pH 5.0 提交 2009-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	突变：R139A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；1.45M Ammonium sulphate, Tri-Na citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.28 Å R-free 0.266
3IHF Crystal structure of mouse Bcl-xl mutant (R139A) at pH 5.0 提交 2009-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	突变：R139A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；1.45M Ammonium sulphate, Tri-Na citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.28 Å R-free 0.266
3IIG Crystal structure of mouse Bcl-xl mutant (F105A) at pH 5.0 提交 2009-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	突变：F105A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；1.6M Ammonium sulphate, 0.1M tri-Na citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
3IIH Crystal structure of mouse Bcl-xl (wt) at pH 6.0 提交 2009-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；1.0M Ammonium sulphate, 0.4M Lithium sulphate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.75 Å R-free 0.275
3ILB Crystal structure of mouse Bcl-xl mutant (R139A) at pH 6.0 提交 2009-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	突变：R139A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；1.2M Ammonium sulphate, 0.3M Lithium sulphate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.38 Å R-free 0.293
3ILB Crystal structure of mouse Bcl-xl mutant (R139A) at pH 6.0 提交 2009-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 N 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	突变：R139A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；1.2M Ammonium sulphate, 0.3M Lithium sulphate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.38 Å R-free 0.293
3ILC Crystal structure of mouse Bcl-xl mutant (Y101A) at pH 6.0 提交 2009-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–196（196 aa）片段：UNP residues 1-196	突变：Y101A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；1.6M Ammonium sulphate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.64 Å R-free 0.244
4YJ4 Crystal structure of Bcl-xL in complex with the BIM BH3 domain containing Ile155-to-Arg and Glu158-to-phosphoserine mutations 提交 2015-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–196（196 aa）	突变：M83E, A84S	ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.8；293 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.8), 3.0 M sodium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.211
5C3G Crystal structure of Bcl-xl bound to BIM-MM 提交 2015-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–26（26 aa）片段：UNP residues 1-26,UNP residues 83-209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% Peg 1500, 0.1M Sodium Acetate pH 5.5, 2.5M NaCl, 1.5% MPD	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
7WJH Crystal structure of Bcl-xL bound to the BH3 domain of human Pxt1 提交 2022-01-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–42（42 aa）链 A 85–196（112 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M ammonium sulfate and 30% (w/v) polyethylene glycol 8,000	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
7Y99 Crystal Structure Analysis of cp2 bound BCLxl 提交 2022-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–26（26 aa）链 A 82–196（115 aa）	未记录	IQ8 N-(2-acetamidoethyl)-4-(4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)benzamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；Ammonium acetate, BIS-TRIS, MPD	分辨率 1.90 Å R-free 0.192

共 15 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2CL1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–195； UniProt 2–196 作者链 F； PDB构建体 1–195； UniProt 2–196

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4yk9
沉积日期 deposition_date	2015-03-04
结构标题 title	Complex structure of BCL-XL and mutated BIM BH3 domain
关键词 keywords	BCL-XL, BIM, BH3, complex, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.46 Å
零角强度 I(0) i0	25731000.00
分子量 molecular_weight	38139.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47327 Å³
包络体积 envelope_volume	55578 Å³
水化壳体积 shell_volume	21376 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.59 Å
包络 Rg envelope_rg	22.58 Å
形状 Rg shape_rg	22.46 Å
总 Rg total_rg	23.22 Å
总原子数 total_atoms	2695
残基数 n_residues	320
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.5 Å
Rg (实空间) rg_real	23.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25730000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8697
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	23.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.450
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.348
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	9047000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.969

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bcl-2-like protein 1
分子量 formula_weight	21925.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	2824

SQSNRELVVDFLSYKLSQKGYSWSQFSDVEENRTEAPEETEAERETPSAINGNPSWHLADSPAVNGATGHSSSLDAREVIPMAAVKQALREAGDEFELRYRRAFSDLTSQLHITPGTAYQSFEQVVNELFRDGVNWGRIVAFFSFGGALCVESVDKEMQVLVSRIASWMATYLNDHLEPWIQENGGWDTFVDLYG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BH3BIM
分子量 formula_weight	2669.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

XIWIAQELRSRGDSFNAYYAR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	117

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4yk9A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Blc2-like

结构域编号 domain_id	4yk9F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Blc2-like

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	81.738 Å
晶胞边长 b length_b	81.738 Å
晶胞边长 c length_c	42.568 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3
空间群编号 int_tables_number	143
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.633 Å
R 因子 r_factor	0.1941
R_work r_work	0.1923
R_free r_free	0.2275

fit	/app/data/saxs_computation/yk/4yk9/4yk9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yk/4yk9/4yk9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yk/4yk9/4yk9.dat

Complex structure of BCL-XL and mutated BIM BH3 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)