4yzf

Crystal structure of the anion exchanger domain of human erythrocyte Band 3

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 240.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Band 3 anion transport protein

物种未注明

UniProt P02730

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–911 链 B; UniProt 1–911 未记录 FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule × 2 FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule × 2 4KU 2,2'-ethane-1,2-diylbis{5-[(sulfanylmethyl)amino]benzenesulfonic acid} × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;277 K;100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 22-26 %(v/v) PEG300, 250 mM CH3COOK 分辨率 3.50 Å R-free 0.290
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–911 链 D; UniProt 1–911 未记录 FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule × 2 FAB fragment of Immunoglobulin (IgG) molecule × 2 4KU 2,2'-ethane-1,2-diylbis{5-[(sulfanylmethyl)amino]benzenesulfonic acid} × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;277 K;100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 22-26 %(v/v) PEG300, 250 mM CH3COOK 分辨率 3.50 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B3AT_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–911; UniProt 1–911 作者链 B; PDB构建体 1–911; UniProt 1–911 作者链 C; PDB构建体 1–911; UniProt 1–911 作者链 D; PDB构建体 1–911; UniProt 1–911

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4yzf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4yzf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4yzf
沉积日期 deposition_date2015-03-25
结构标题 titleCrystal structure of the anion exchanger domain of human erythrocyte Band 3
关键词 keywordsImmune System, Human membrane protein, anion exchanger, erythrocytes; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier67.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron66.81
零角强度 I(0) i02033590000.00
分子量 molecular_weight407160.0 kDa
排除体积 excluded_volume520360 ų
包络体积 envelope_volume840340 ų
水化壳体积 shell_volume109060 ų
包络直径 envelope_diameter231.5
壳层 Rg shell_rg64.65
包络 Rg envelope_rg63.73
形状 Rg shape_rg66.80
总 Rg total_rg66.82
总原子数 total_atoms28724
残基数 n_residues3664
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax240.0
Rg (实空间) rg_real67.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.45
I(0) (实空间) i0_real2.0340e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8510e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal67.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2034000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7994
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary83.5
偏度 Skewness skewness0.241
峰度 Kurtosis kurtosis-0.303
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0055
最高正则化参数 α highest_alpha57570000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.796; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id4yzfE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfG01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfG02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfI01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfI02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfJ01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfJ02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfK01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfK02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4yzfL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)