SAXSdb — 4z36

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysophosphatidic acid receptor 1,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	;1-(4-{[(2S,3R)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yloxy)-3-(3,5-dimethoxy-4-methylphenyl)-3-hydroxypropyl]oxy}phenyl)cyclopropan ecarboxylic acid ; × 1 (2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C562_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 251–292； UniProt 23–64 作者链 A； PDB构建体 301–350； UniProt 78–127

Lysophosphatidic acid receptor 1,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt Q92633

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	;1-(4-{[(2S,3R)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yloxy)-3-(3,5-dimethoxy-4-methylphenyl)-3-hydroxypropyl]oxy}phenyl)cyclopropan ecarboxylic acid ; × 1 (2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LPAR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–250； UniProt 2–232 作者链 A； PDB构建体 352–430； UniProt 249–327

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4z36
沉积日期 deposition_date	2015-03-30
结构标题 title	Crystal Structure of Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 in complex with ONO-3080573
关键词 keywords	;human lysophosphatidic acid receptor 1 (LPA1), G-protein coupled receptor (GPCR), membrane protein, antagonist, endogenous ligand, PSI-biology, structural genomics, GPCR network, lipidic cubic phase (LCP), novel disulfide bond engineering, compound design, polypharmacology, lipid receptor, TRANSPORT PROTEIN-inhibitor complex ;; TRANSPORT PROTEIN/inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4z36__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4z36__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4z36__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.77 Å
Rg（电子密度）	28.03 Å
总 Rg	28.52 Å
原子数	3070
残基数	382
排除体积	55855 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4z36__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lysophosphatidic acid receptor 1,Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	51842.3 kDa
突变 mutation	M1007W, H1102I, R1106L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3073

MKTIIALSYIFCLVFAGAPAAISTSIPVISQPQFTAMNEPQCFYNESIAFFYNRSGKHLATEWNTVSKLVMGLGITVCIFIMLANLLVMVAIYVNRRFHFPIYYLMANLAAADFFAGLAYFYLMFNTGPNTRRLTVSTWLLRQGLIDTSLTASVANLLAIAIERHITVFRMQLHTRMSNRRVVVVIVVIWTMAIVMGAIPSVGWNCICDIENCSNMAPLYSCSYLVFWAIFNLVTFVVMVVLYAHIFGYVADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKGGSGGSDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLRNRDTMMSLLKTVVIVLGAFIICWTPGLVLLLLDCCCPQCDVLAYEKFFLLLAEFNSAMNPIIYSYRDKEMSATFRQILGRPLEVLFQGPHHHHHHHHHHDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;1-(4-{[(2S,3R)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yloxy)-3-(3,5-dimethoxy-4-methylphenyl)-3-hydroxypropyl]oxy}phenyl)cyclopropan ecarboxylic acid ;
分子量 formula_weight	518.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-tetradec-7-enoate
分子量 formula_weight	300.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	34.350 Å
晶胞边长 b length_b	111.930 Å
晶胞边长 c length_c	153.960 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2728
R_work r_work	0.2718
R_free r_free	0.2921

Crystal Structure of Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 in complex with ONO-3080573

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysophosphatidic acid receptor 1,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lysophosphatidic acid receptor 1,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4z36__assembly_1__model_1

4z36__assembly_1__model_1 | I(q)

4z36__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 in complex with ONO-3080573

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysophosphatidic acid receptor 1,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lysophosphatidic acid receptor 1,Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4z36__assembly_1__model_1

4z36__assembly_1__model_1 | I(q)

4z36__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)