SAXSdb — 4zgq

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division cycle protein 123

Schizosaccharomyces pombe

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–319	未记录	Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma × 1 （P32481）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；25%PEG3350, 0.2M LISO4, 0.1M Tris pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ZGQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4ZGN Structure Cdc123 complexed with the C-terminal domain of eIF2gamma 提交 2015-04-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–319（319 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；25%PEG3350, 0.2MLiSO4, 0.1M TrispH8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
4ZGO Structure of C-terminally truncated Cdc123 from Schizosaccharomyces pombe 提交 2015-04-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）片段：unp residues 21-389	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；12% PEG3350, 4% tacsimate	分辨率 2.06 Å R-free 0.230
4ZGO Structure of C-terminally truncated Cdc123 from Schizosaccharomyces pombe 提交 2015-04-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–319（319 aa）片段：unp residues 21-389	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；12% PEG3350, 4% tacsimate	分辨率 2.06 Å R-free 0.230
4ZGP Structure of Cdc123 from Schizosaccharomyces pombe 提交 2015-04-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–274（274 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；297 K；12% PEG3350, 4% tacsimate	分辨率 1.85 Å R-free 0.221
4ZGP Structure of Cdc123 from Schizosaccharomyces pombe 提交 2015-04-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–274（274 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；297 K；12% PEG3350, 4% tacsimate	分辨率 1.85 Å R-free 0.221

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD123_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–338； UniProt 1–319

Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32481

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 410–527	片段：UNP residues 410-527	Cell division cycle protein 123 × 1 （Q9P7N5）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；25%PEG3350, 0.2M LISO4, 0.1M Tris pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ZGQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J81 CryoEM structure of a partial yeast 48S preinitiation complex 提交 2014-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 k 1–527（527 aa）	突变：U31:A39 double mutation	MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 3 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2.5 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)	分辨率 4.00 Å
3JAP Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2015-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 k 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).	分辨率 4.90 Å
4ZGN Structure Cdc123 complexed with the C-terminal domain of eIF2gamma 提交 2015-04-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 410–527（118 aa）片段：residues 410-527	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；25%PEG3350, 0.2MLiSO4, 0.1M TrispH8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
6FYX Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1) 提交 2018-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 k 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6FYY Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2) 提交 2018-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 k 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
6GSM Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in open conformation. 提交 2018-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 k 90–519（430 aa）	未记录	7NO [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl] (2~{S})-2-azanyl-4-methylsulfanyl-butanoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 82 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6GSN Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2018-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 k 90–519（430 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.75 Å
6I3M eIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52. 提交 2018-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 O 1–527（527 aa）链 P 1–527（527 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions for sample preparation were made fresh, filter sterilized, and degassed. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging	分辨率 3.93 Å
6I7T eIF2B:eIF2 complex 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 O 1–527（527 aa）链 P 1–527（527 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions for sample preparation were made fresh, filter sterilized, and degassed. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 1 second before plunging	分辨率 4.61 Å
6QG0 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 1) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–527（527 aa）链 N 1–527（527 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
6QG1 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 2) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–527（527 aa）链 N 1–527（527 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
6QG2 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model A) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–527（527 aa）链 N 1–527（527 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.55 Å
6QG3 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model B) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–527（527 aa）链 N 1–527（527 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.40 Å
6QG5 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model C) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–527（527 aa）链 N 1–527（527 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 10.10 Å
6QG6 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model D) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–527（527 aa）链 N 1–527（527 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 10.40 Å
8RW1 Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation 提交 2024-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric	链 k 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
8S8D Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric	链 k 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
8S8E Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-3.1) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric	链 k 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.85 Å
8S8F Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-3.2) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 k 1–519（519 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
8S8G Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2.1) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric	链 k 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8S8H Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2.2) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric	链 k 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8S8I Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-eIF1) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 k 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
8S8J Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-eIF5) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 k 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8S8K Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in swivelled conformation (model py48S-AUC-swiv-eIF1) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric	链 k 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 96 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF2G_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–118； UniProt 410–527

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zgq
沉积日期 deposition_date	2015-04-23
结构标题 title	Structure of Cdc123 bound to eIF2-gammaDIII domain
关键词 keywords	ATP-grasp fold, cell cycle, eIF2; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.41 Å
零角强度 I(0) i0	28697700.00
分子量 molecular_weight	42956.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54584 Å³
包络体积 envelope_volume	71381 Å³
水化壳体积 shell_volume	24610 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.16 Å
包络 Rg envelope_rg	25.25 Å
形状 Rg shape_rg	24.38 Å
总 Rg total_rg	25.39 Å
总原子数 total_atoms	3032
残基数 n_residues	374
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8782
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.394
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.294
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5998000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.913; Smooth: 0.994

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cell division cycle protein 123
分子量 formula_weight	38979.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3032

GSSHHHHHHSSGLVPRGSHMTLILTKNQVLHCQFSSWYSLFRKLTPKAKVIKPIPATVLKYLHEDSIYVEQPMNTVEEVDSEEDEESAPAYYPEREAIQLIEKAIKELGGAVVPKLNWSTPKDALWITTTGSLKCTTAEEVLLLLKSSDFVAHDLNHAFDDCKDFDNADGSVPKDFSFELVLKEWFPMHASTEFRCFVKSKRLIAFCQRDDNYYEFLKENIDCYEKLISDLLKKLDTFPDPDFVFDVYIHKDRAWLIDINPFYPRTDGLLFSWSELESMNSENMKPEIRLIPKGSMPSTGSAKYYTNRVPFDMIAASEGENLLEFAQKWQDLTNKSNE

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe
通用名 common_name	Fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4896
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
分子量 formula_weight	13108.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DRLVGQVVGAKGHLPNIYTDIEINYFLLRRLLGVKTDGQKQAKVRKLEPNEVLMVNIGSTATGARVVAVKADMARLQLTSPACTEINEKIALSRRIEKHWRLIGWATIKKGTTLEPIA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4zgqB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	75.000 Å
晶胞边长 b length_b	117.400 Å
晶胞边长 c length_c	132.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	45.000 Å
R 因子 r_factor	0.2078
R_work r_work	0.2056
R_free r_free	0.2521

fit	/app/data/saxs_computation/zg/4zgq/4zgq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zg/4zgq/4zgq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zg/4zgq/4zgq.dat

Structure of Cdc123 bound to eIF2-gammaDIII domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division cycle protein 123

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)