4zia

Crystal Structure of STAT3 N-terminal domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 109.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal transducer and activator of transcription 3

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–127 链 B； UniProt 3–127	片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127)	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% v/v PEG 3350, 0.2M magnesium formate	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 3–127 链 D； UniProt 3–127	片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127)	FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% v/v PEG 3350, 0.2M magnesium formate	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 3–127	片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127)	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% v/v PEG 3350, 0.2M magnesium formate	分辨率 2.70 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ZIA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BG1 TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B/DNA COMPLEX 提交 1998-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 127–722（596 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.25 Å R-free 0.301
3CWG Unphosphorylated mouse STAT3 core fragment 提交 2008-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 127–688（562 aa）片段：STAT3 Core Fragment, UNP residues (127-688)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；277 K；0.1M Bis-tris, 0.5M ammonium sulfate, 12% PEG3350, 0.1mM KCl, 0.05M NaI, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.05 Å R-free 0.269
3CWG Unphosphorylated mouse STAT3 core fragment 提交 2008-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 127–688（562 aa）片段：STAT3 Core Fragment, UNP residues (127-688)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；277 K；0.1M Bis-tris, 0.5M ammonium sulfate, 12% PEG3350, 0.1mM KCl, 0.05M NaI, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.05 Å R-free 0.269
4E68 Unphosphorylated STAT3B core protein binding to dsDNA 提交 2012-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 127–722（596 aa）片段：STAT3 Core Fragment, residues (127-722)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.005M MgSO4, 0.1M ammonium acetate, 10% glycerol, 0.05M MES pH 5.6, 0.25M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.58 Å R-free 0.273

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STAT3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–129； UniProt 3–127 作者链 B； PDB构建体 5–129； UniProt 3–127 作者链 C； PDB构建体 5–129； UniProt 3–127 作者链 D； PDB构建体 5–129； UniProt 3–127 作者链 E； PDB构建体 5–129； UniProt 3–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zia
沉积日期 deposition_date	2015-04-28
结构标题 title	Crystal Structure of STAT3 N-terminal domain
关键词 keywords	STAT N-terminal domain, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.33 Å
零角强度 I(0) i0	83701500.00
分子量 molecular_weight	71927.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89747 Å³
包络体积 envelope_volume	115160 Å³
水化壳体积 shell_volume	32181 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.40 Å
包络 Rg envelope_rg	31.22 Å
形状 Rg shape_rg	31.31 Å
总 Rg total_rg	31.82 Å
总原子数 total_atoms	5086
残基数 n_residues	601
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	83700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8853
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Signal transducer and activator of transcription 3
分子量 formula_weight	15215.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	5149

GPGSQWNQLQQLDTRYLEQLHQLYSDSFPMELRQFLAPWIESQDWAYAASKESHATLVFHNLLGEIDQQYSRFLQESNVLYQHNLRRIKQFLQSRYLEKPMEIARIVARCLWEESRLLQTAATAAQQGG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d4ziaa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.90 — Transcription factor STAT-4 N-domain
超家族 Superfamily superfamily	a.90.1 — Transcription factor STAT-4 N-domain
家族 Family family	a.90.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ziaa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ziab1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.90 — Transcription factor STAT-4 N-domain
超家族 Superfamily superfamily	a.90.1 — Transcription factor STAT-4 N-domain
家族 Family family	a.90.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ziab2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ziac1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.90 — Transcription factor STAT-4 N-domain
超家族 Superfamily superfamily	a.90.1 — Transcription factor STAT-4 N-domain
家族 Family family	a.90.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ziac2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ziad1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.90 — Transcription factor STAT-4 N-domain
超家族 Superfamily superfamily	a.90.1 — Transcription factor STAT-4 N-domain
家族 Family family	a.90.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ziad2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ziae1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.90 — Transcription factor STAT-4 N-domain
超家族 Superfamily superfamily	a.90.1 — Transcription factor STAT-4 N-domain
家族 Family family	a.90.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ziae2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	4ziaA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	532 — Transcription Factor, Stat-4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — STAT transcription factor, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4ziaB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	532 — Transcription Factor, Stat-4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — STAT transcription factor, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4ziaC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	532 — Transcription Factor, Stat-4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — STAT transcription factor, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4ziaD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	532 — Transcription Factor, Stat-4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — STAT transcription factor, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4ziaE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	532 — Transcription Factor, Stat-4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — STAT transcription factor, N-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.012 Å
晶胞边长 b length_b	109.012 Å
晶胞边长 c length_c	154.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2362
R_free r_free	0.2701

fit	/app/data/saxs_computation/zi/4zia/4zia.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zi/4zia/4zia.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zi/4zia/4zia.dat