4zkv

Crystal structure of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) refined to 1.92A at P21 space group

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histidine triad nucleotide-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–126 链 B； UniProt 1–126	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；281 K；18% PEG 4000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.8	分辨率 1.92 Å R-free 0.287
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–126 链 D； UniProt 1–126	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；281 K；18% PEG 4000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.8	分辨率 1.92 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ZKV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AV5 PKCI-SUBSTRATE ANALOG 提交 1997-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AP2 PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；GROWN FROM PEG8K PH6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.279
1KPA PKCI-1-ZINC 提交 1996-01-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1KPB PKCI-1-APO 提交 1996-01-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
1KPC PKCI-1-APO+ZINC 提交 1996-01-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.309
1KPC PKCI-1-APO+ZINC 提交 1996-01-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.309
1KPE PKCI-TRANSITION STATE ANALOG 提交 1997-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADW ADENOSINE-5'-DITUNGSTATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；GROWN FROM PEG8K PH6.5 THE PENTACOVALENT TRANSITION STATE ANALOG WAS PREPARED BY SOAKING SODIUM TUNGSTATE AND ADENOSINE INTO THE CRYSTAL. THE COMPOUNDS WERE FOUND TO BIND IN THE ACTIVE SITE OF CHAIN B. THE ACTIVE SITE OF CHAIN A IS BLOCKED BY A LATTICE CONTACT AND IS NOT AVAILABLE TO THE SUBSTRATE. THREE NEW BONDS ARE FORMED UPON SOAKING THIS MIXTURE INTO THE PKCI CRYSTALS: ONE BETWEEN THE NE OF HIS B 112 AND THE ALPHA TUNGSTATE, ONE BETWEEN THE ALPHA AND BETA TUNGSTATE IONS, AND ONE BETWEEN THE NUCLEOSIDE RIBOSE AND THE ALPHA TUNGSTATE ION.	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
1KPF PKCI-SUBSTRATE ANALOG 提交 1997-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；COCRYSTALLIZED WITH AMP FROM PEG8K PH6.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.240
3TW2 High resolution structure of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1)/AMP complex in a monoclinic space group 提交 2011-09-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；19% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 1.38 Å R-free 0.161
4EQE Crystal structure of histidine triad nucleotide-binding protein 1 (HINT1) from human complexed with Lys-AMS 提交 2012-04-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 KAA 5'-O-[(L-LYSYLAMINO)SULFONYL]ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；25-28% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.52 Å R-free 0.162
4EQG Crystal structure of histidine triad nucleotide-binding protein 1 (HINT1) from human complexed with Ala-AMS 提交 2012-04-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	A5A '5'-O-(N-(L-ALANYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；25-28% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.52 Å R-free 0.164
4EQH Crystal structure of histidine triad nucleotide-binding protein 1 (HINT1) from human complexed with Trp-AMS 提交 2012-04-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	WSA 5'-O-[(L-TRYPTOPHYLAMINO)SULFONYL]ADENOSINE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；25-28% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.67 Å R-free 0.173
4ZKL Crystal structure of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) complexed with JB419 (AP4A analog) 提交 2015-04-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）片段：UNP residues 1-126 链 B 1–126（126 aa）片段：UNP residues 1-126	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 JB6 (2R,3R,4S,5R)-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[2-[[(2S)-3-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-sulfanyl-phosphoryl]oxyethyl]oxolane-3,4-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；281 K；19% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5	分辨率 2.34 Å R-free 0.239
4ZKL Crystal structure of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) complexed with JB419 (AP4A analog) 提交 2015-04-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–126（126 aa）片段：UNP residues 1-126 链 D 1–126（126 aa）片段：UNP residues 1-126	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；281 K；19% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5	分辨率 2.34 Å R-free 0.239
5ED3 crystal structure of human Hint1 complexing with AP5A 提交 2015-10-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；PEG3350, HEPES	分辨率 1.31 Å R-free 0.155
5ED6 crystal structure of human Hint1 H114A mutant complexing with ATP 提交 2015-10-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H114A 突变：H114A	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；PEG3350, HEPES	分辨率 1.52 Å R-free 0.164
5EMT Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1)-copper complex 提交 2015-11-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；100 mM MES, 39% PEG 8000,	分辨率 1.50 Å R-free 0.165
5I2E Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (Hint1) with Bound Sulfamate Inhibitor 3a:3-(5-O-{[3-(1H-indol-3-yl)propanoyl]sulfamoyl}-beta-D-ribofuranosyl)-3H-imidazo[2,1-i]purine 提交 2016-02-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	67D 3-(5-O-{[3-(1H-indol-3-yl)propanoyl]sulfamoyl}-beta-D-ribofuranosyl)-3H-imidazo[2,1-i]purine × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；293 K；100 mM MES, 35% PEG 8000	分辨率 1.60 Å R-free 0.199
5I2F Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) with bound sulfamide inhibitor Bio-AMS 提交 2016-02-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 BS5 5'-deoxy-5'-[({5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}sulfamoyl)amino]adenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；293 K；100 mM MES, 33% PEG 8000	分辨率 1.25 Å R-free 0.175
5IPB Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) H112N mutant 提交 2016-03-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H112N 突变：H112N	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；293 K；100 mM MES, 33% PEG 8000	分辨率 1.55 Å R-free 0.193
5IPC Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) H112N mutant nucleoside thiophosphoramidate substrate complex 提交 2016-03-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H112N 突变：H112N	6CE 5'-S-[(S)-hydroxy{[2-(1H-indol-3-yl)ethyl]amino}phosphoryl]-5'-thioguanosine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；100 mM MES, 37% PEG 8000	分辨率 1.30 Å R-free 0.170
5IPD Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) nucleoside thiophosphoramidate covalent intermediate complex 提交 2016-03-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	6CG 5'-S-phosphono-5'-thioguanosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；100 mM MES, 34% PEG 8000	分辨率 1.75 Å R-free 0.188
5IPE Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) nucleoside thiophosphoramidate catalytic product complex 提交 2016-03-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	6CG 5'-S-phosphono-5'-thioguanosine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.1；293 K；100 mM MES, 39% PEG 8000	分辨率 1.45 Å R-free 0.181
5KLY Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) H112N mutant adenosine nucleoside phosphoramidate substrate complex 提交 2016-06-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H112N 突变：H112N	6UR [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[2-(1~{H}-indol-3-yl)ethyl]p hosphonamidic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；100 mM MES, 32% PEG 8000	分辨率 1.30 Å R-free 0.171
5KLZ Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) AMP catalytic product complex 提交 2016-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；100 mM MES, 37% PEG 8000,	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
5KM0 Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint) IMP complex 提交 2016-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；100 mM MES, 34% PEG 8000	分辨率 1.53 Å R-free 0.223
5KM0 Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint) IMP complex 提交 2016-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–126（126 aa）链 D 1–126（126 aa）	未记录	IMP INOSINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；100 mM MES, 34% PEG 8000	分辨率 1.53 Å R-free 0.223
5KM1 Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) GMP catalytic product complex 提交 2016-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；100 mM MES, 31% PEG 8000,	分辨率 1.65 Å R-free 0.180
5KM2 Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) CMP catalytic product complex 提交 2016-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	C5P CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；100 mM MES, 38% PEG 8000,	分辨率 1.25 Å R-free 0.173
5KM3 Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) UMP catalytic product complex 提交 2016-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；100 mM MES, 38% PEG 8000,	分辨率 1.20 Å R-free 0.181
5KM4 Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1)-5-Iodo-UMP complex 提交 2016-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	IU 5-IODOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；100 mM MES, 34-39% PEG 8000,	分辨率 1.40 Å R-free 0.200
5KM6 Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) H112N mutant Ara-A nucleoside phosphoramidate substrate complex 提交 2016-06-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）	突变：H112N	6US [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[2-(1~{H}-indol-3-yl)ethyl]phosphonamidic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM MES, 32% PEG 8000	分辨率 1.60 Å R-free 0.191
5KMA Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) H112N mutant nucleoside D-Trp phosphoramidate substrate complex 提交 2016-06-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H112N 突变：H112N	777 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-ethyl-phosphonamidic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；100 mM MES, 32% PEG 8000	分辨率 1.55 Å R-free 0.186
5KMB Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) H112N mutant nucleoside L-Trp phosphoramidate substrate complex 提交 2016-06-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H112N 突变：H112N	6UT [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[(2~ {S})-3-(1~{H}-indol-3-yl)-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]phosphonamidic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；100 mM MES, 33% PEG 8000	分辨率 1.60 Å R-free 0.175
5KMC Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) non-nucleotidic covalent intermediate complex 提交 2016-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	6UU [2-(1~{H}-indol-3-yl)ethylamino]phosphonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；100 mM MES, 39% PEG 8000,	分辨率 1.35 Å R-free 0.174
5O8I Crystal structure of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) crystallized at P212121 space group, and refined to 1.27 A 提交 2017-06-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；281 K；20% w/v PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5, 0.2 M Sodium/Potassium Phosphate	分辨率 1.27 Å R-free 0.133
5WA8 Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) H112N mutant nucleoside L-Ala phosphoramidate substrate complex 提交 2017-06-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H112N 突变：H112N	9ZA [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[(2~{S})-1-methoxy-1-oxidanylidene-propan-2-yl]phosphonamidic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, 38% PEG 8000	分辨率 1.30 Å R-free 0.170
5WA9 Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) H112N mutant nucleoside D-Ala phosphoramidate substrate complex 提交 2017-06-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H112N 突变：H112N	9ZD [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[(2~{R})-1-methoxy-1-oxidanylidene-propan-2-yl]phosphonamidic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；100 mM MES, 36% PEG 8000	分辨率 1.15 Å R-free 0.152
5WAA Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) C84R mutant 提交 2017-06-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：C84R 突变：C84R	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100 mM HEPES, 35% PEG 8000	分辨率 1.10 Å R-free 0.149
6B42 Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) 2'-deoxy-AMP complex at 1.13A resolution 提交 2017-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）	未记录	D5M 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；100 MM MES, 33% PEG 8000	分辨率 1.13 Å R-free 0.160
6G9Z Crystal structure of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) crystallized at P212121 space group, with visible extended fragment of N-terminus 提交 2018-04-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	LMR (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；281 K；25% PEG 1500, 0.1 M MMT Buffer pH 7.0	分辨率 1.43 Å R-free 0.277
6J53 Crystal structure of human HINT1 complexing with ATP 提交 2019-01-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；HEPES pH 7.5, PEG 3350	分辨率 1.52 Å R-free 0.169
6J58 Crystal structure of human HINT1 complexing with AP4A 提交 2019-01-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；HEPES pH 7.5, PEG 3350	分辨率 1.52 Å R-free 0.170
6J5S Crystal structure of human HINT1 mutant complexing with AP5A 提交 2019-01-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H114A 突变：H114A	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 ESA ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；HEPES pH 7.5, PEG 3350	分辨率 1.02 Å R-free 0.175
6J5Z Crystal structure of human HINT1 mutant complexing with AP3A 提交 2019-01-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H114A 突变：H114A	ESA ETHANESULFONIC ACID × 1 ADN ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；HEPES pH 7.5, PEG 3350	分辨率 1.30 Å R-free 0.170
6J5Z Crystal structure of human HINT1 mutant complexing with AP3A 提交 2019-01-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–126（126 aa）链 D 1–126（126 aa）	突变：H114A 突变：H114A	ADN ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；HEPES pH 7.5, PEG 3350	分辨率 1.30 Å R-free 0.170
6J64 Crystal structure of human HINT1 mutant complexing with AP4A 提交 2019-01-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H114A 突变：H114A	TAU 2-AMINOETHANESULFONIC ACID × 1 B4P BIS(ADENOSINE)-5'-TETRAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；HEPES pH 7.5, PEG3350	分辨率 0.95 Å R-free 0.175
6J65 Crystal structure of human HINT1 mutant complexing with AP4A II 提交 2019-01-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	突变：H114A 突变：H114A	B4P BIS(ADENOSINE)-5'-TETRAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；HEPES pH 7.5, PEG3 350	分辨率 1.42 Å R-free 0.206
6J65 Crystal structure of human HINT1 mutant complexing with AP4A II 提交 2019-01-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–126（126 aa）链 E 1–126（126 aa）	突变：H114A 突变：H114A	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；HEPES pH 7.5, PEG3 350	分辨率 1.42 Å R-free 0.206
6N3V Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (Hint1) with Bound 5'-O-[1-Ethyl]Carbamoyl Guanosine 提交 2018-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	KB7 5'-O-(ethylcarbamoyl)guanosine × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；293 K；100 mM MES, 35% PEG 8000	分辨率 1.45 Å R-free 0.174
6N3W Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (Hint1) with Bound 5'-O-[3-Phenyl-1-Ethyl]Carbamoyl Guanosine 提交 2018-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	KBJ 5'-O-[(2-phenylethyl)carbamoyl]guanosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；293 K；100 mM MES, 35% PEG 8000	分辨率 1.75 Å R-free 0.190
6N3X Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (Hint1) with Bound 5'-O-[1-Benzyl]Carbamoyl Guanosine 提交 2018-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	KBD 5'-O-(benzylcarbamoyl)guanosine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；293 K；100 mM MES, 35% PEG 8000	分辨率 1.10 Å R-free 0.173
6N3Y Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (Hint1) with Bound 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl Guanosine 提交 2018-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	HHJ 5'-O-{[2-(1H-indol-3-yl)ethyl]carbamoyl}guanosine × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；293 K；100 mM MES, 35% PEG 8000	分辨率 1.80 Å R-free 0.247
6YQM Human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) complexed with dGMP and refined to 1.02 A 提交 2020-04-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 1–126（126 aa）链 BBB 1–126（126 aa）	未记录	DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；281 K；16 % (w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium cacodylate	分辨率 1.02 Å R-free 0.136
7Q2U The crystal structure of the HINT1 Q62A mutant. 提交 2021-10-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 1–126（126 aa）链 BBB 1–126（126 aa）	突变：Q62A 突变：Q62A	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；281 K；16% (w/v) PEG3350, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 7.0	分辨率 2.27 Å R-free 0.220
7Q2U The crystal structure of the HINT1 Q62A mutant. 提交 2021-10-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 CCC 1–126（126 aa）链 DDD 1–126（126 aa）	突变：Q62A 突变：Q62A	CAC CACODYLATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；281 K；16% (w/v) PEG3350, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 7.0	分辨率 2.27 Å R-free 0.220
8P8P Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl Ethenoadenosine 提交 2023-06-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	X7I [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-imidazo[2,1-f]purin-3-yl-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[2-(1~{H}-indol-3-yl)ethyl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；281 K；10% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.190
8PA6 Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl 2-aminoethenoadenosine 提交 2023-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	XKB 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl 2-aminoethenoadenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；281 K；12% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0	分辨率 1.58 Å R-free 0.191
8PA9 Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl N2-methyl-2-aminoethenoadenosine 提交 2023-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	XKF 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl N2-methyl-2-aminoethenoadenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；281 K；12% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0	分辨率 1.50 Å R-free 0.179
8PAF Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[N-(3-Indolepropionic acid)sulfamoyl] 2-aminoethenoadenosine 提交 2023-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	XKK 5'-O-[N-(3-Indolepropionic acid)sulfamoyl] 2-aminoethenoadenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；281 K；14% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.187
8PAI Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[N-(3-Indolepropionic acid)sulfamoyl] N2-methyl-2-aminoethenoadenosine 提交 2023-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	XKO 5'-O-[N-(3-Indolepropionic acid)sulfamoyl] N2-methyl-2-aminoethenoadenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；281 K；10% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.191
8PWK human HINT1 in complex with compound AT8003 提交 2023-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	I0H [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-[2-azanyl-6-(methylamino)purin-9-yl]-4-fluoranyl-4-methyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；30-50% PEG 2K MME 0,1M Sodium cacodylate	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
8WZD The Crystal Structure of PKCi from Biortus 提交 2023-11-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Na2tartrate, 0.1M Hepes pH7.0, 20% SOKALAN PA25 CL	分辨率 2.05 Å R-free 0.217
9GYP Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with KV24 提交 2024-10-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	A1IQU ~{N}-oxidanyl-4-(5~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinoxalin-4-yl)benzamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；281 K；10% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.191
9GYQ Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with KV30 提交 2024-10-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	A1IQV ~{N}-oxidanyl-4-phenanthridin-6-yl-benzamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；281 K；10% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.188
9QRO HINT1 complexed with GS-441524-MP 提交 2025-04-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.58 Å R-free 0.212
9QTC HINT1 complexed with GS-441524 提交 2025-04-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）链 B 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.30 Å R-free 0.188

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UniProt名称	HINT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 B； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 C； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 D； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zkv
沉积日期 deposition_date	2015-04-30
结构标题 title	Crystal structure of human histidine triad nucleotide-binding protein 1 (hHINT1) refined to 1.92A at P21 space group
关键词 keywords	HINT, HIT, histidine triad, hydrolase, phosphoramidase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.99 Å
零角强度 I(0) i0	43451600.00
分子量 molecular_weight	50883.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63587 Å³
包络体积 envelope_volume	75657 Å³
水化壳体积 shell_volume	24579 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.8 Å
壳层 Rg shell_rg	32.66 Å
包络 Rg envelope_rg	27.02 Å
形状 Rg shape_rg	27.00 Å
总 Rg total_rg	27.58 Å
总原子数 total_atoms	3578
残基数 n_residues	460
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.6 Å
Rg (实空间) rg_real	27.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8381
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.453
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.527
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13560000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.696; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.827; Smooth: 0.975

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histidine triad nucleotide-binding protein 1
分子量 formula_weight	13823.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4427

MADEIAKAQVARPGGDTIFGKIIRKEIPAKIIFEDDRCLAFHDISPQAPTHFLVIPKKHISQISVAEDDDESLLGHLMIVGKKCAADLGLNKGYRMVVNEGSDGGQSVYHVHLHVLGGRQMHWPPG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	751

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4zkva_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.13 — HIT-like
超家族 Superfamily superfamily	d.13.1 — HIT-like
家族 Family family	d.13.1.1 — HIT (HINT, histidine triad) family of protein kinase-interacting proteins

结构域编号 domain_id	d4zkvb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.13 — HIT-like
超家族 Superfamily superfamily	d.13.1 — HIT-like
家族 Family family	d.13.1.1 — HIT (HINT, histidine triad) family of protein kinase-interacting proteins

结构域编号 domain_id	d4zkvc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.13 — HIT-like
超家族 Superfamily superfamily	d.13.1 — HIT-like
家族 Family family	d.13.1.1 — HIT (HINT, histidine triad) family of protein kinase-interacting proteins

结构域编号 domain_id	d4zkvd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.13 — HIT-like
超家族 Superfamily superfamily	d.13.1 — HIT-like
家族 Family family	d.13.1.1 — HIT (HINT, histidine triad) family of protein kinase-interacting proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4zkvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIT-like

结构域编号 domain_id	4zkvB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIT-like

结构域编号 domain_id	4zkvC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIT-like

结构域编号 domain_id	4zkvD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIT-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.214 Å
晶胞边长 b length_b	79.001 Å
晶胞边长 c length_c	63.876 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.920 Å
最低分辨率 resolution_low	33.600 Å
R 因子 r_factor	0.2127
R_work r_work	0.2089
R_free r_free	0.2866

fit	/app/data/saxs_computation/zk/4zkv/4zkv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zk/4zkv/4zkv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zk/4zkv/4zkv.dat