4zph

Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with Proflavine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 82–464	片段：UNP residues 82-464	Endothelial PAS domain-containing protein 1 × 1 （P97481） PRL PROFLAVIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.221
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 82–464	片段：UNP residues 82-464	Endothelial PAS domain-containing protein 1 × 1 （P97481）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ZPH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4ZP4 Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex 提交 2015-05-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）片段：UNP residues 82-464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.232
4ZP4 Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex 提交 2015-05-07	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 82–464（383 aa）片段：UNP residues 82-464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.232
4ZPK Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with HRE DNA 提交 2015-05-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 82–464（383 aa）片段：UNP residues 82-464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；4% Tacsimate, pH 6.0, 10% PEG3350	分辨率 3.60 Å R-free 0.321
4ZPR Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-1a:ARNT Complex with HRE DNA 提交 2015-05-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 82–464（383 aa）片段：UNP residues 82-464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；100 mM MES, pH 6.0, 100 mM calcium acetate, 15% PEG400	分辨率 3.90 Å R-free 0.341
4ZQD Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with the Benzoxadiazole Antagonist 0X3 提交 2015-05-09	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）片段：UNP residues 82-464	未记录	0X3 N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-5-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.87 Å R-free 0.254
4ZQD Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with the Benzoxadiazole Antagonist 0X3 提交 2015-05-09	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 82–464（383 aa）片段：UNP residues 82-464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.87 Å R-free 0.254
5NJ8 Structural basis for aryl hydrocarbon receptor mediated gene activation 提交 2017-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 85–345（261 aa）	突变：C256S	ER3 ERBIUM (III) ION × 7 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；10 mM HEPES/NaOH pH 6.8, 18% PEG3350, 200 mM ammonium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.333
5NJ8 Structural basis for aryl hydrocarbon receptor mediated gene activation 提交 2017-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 85–345（261 aa）	突变：C256S	ER3 ERBIUM (III) ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；10 mM HEPES/NaOH pH 6.8, 18% PEG3350, 200 mM ammonium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.333
5SY5 Crystal Structure of the Heterodimeric NPAS1-ARNT Complex 提交 2016-08-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）片段：unp residues 82-464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate pH 7.0, 3% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
5SY5 Crystal Structure of the Heterodimeric NPAS1-ARNT Complex 提交 2016-08-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 82–464（383 aa）片段：unp residues 82-464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate pH 7.0, 3% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
5SY5 Crystal Structure of the Heterodimeric NPAS1-ARNT Complex 提交 2016-08-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 82–464（383 aa）片段：unp residues 82-464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate pH 7.0, 3% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
5SY5 Crystal Structure of the Heterodimeric NPAS1-ARNT Complex 提交 2016-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 82–464（383 aa）片段：unp residues 82-464 链 C 82–464（383 aa）片段：unp residues 82-464 链 E 82–464（383 aa）片段：unp residues 82-464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate pH 7.0, 3% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.247
5SY7 Crystal Structure of the Heterodimeric NPAS3-ARNT Complex with HRE DNA 提交 2016-08-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 82–464（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；100 mM NH4F, 9% PEG 3350	分辨率 4.20 Å R-free 0.361
6E3S Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Antagonist PT2385 提交 2018-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）	未记录	79A 3-{[(1S)-2,2-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% TACSIMATE, PH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
6E3T Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Antagonist T1001 提交 2018-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）	未记录	HO7 (6S)-6-(4-bromophenyl)-2,3,5,6-tetrahydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% TACSIMATE, PH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.306
6E3U Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist M1001 提交 2018-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）	未记录	HNJ 3-{[2-(pyrrolidin-1-yl)phenyl]amino}-1H-1lambda~6~,2-benzothiazole-1,1-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2% TACSIMATE, PH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.258
7V7L Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-3a:ARNT Complex 提交 2021-08-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；Sodium citrate tribasic dihydrate, 2-Propanol, PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
7V7W Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-3a:ARNT Complex with oleoylethanolamide (OEA) 提交 2021-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）片段：Hydrocarbon receptor nuclear translocator ARNT	未记录	5YM (Z)-N-(2-hydroxyethyl)octadec-9-enamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；Sodium citrate tribasic dihydrate, 2-Propanol, PEG 4000	分辨率 2.51 Å R-free 0.260
7VNI AHR-ARNT PAS-B heterodimer 提交 2021-10-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 358–466（109 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium arsenate (pH 6.5), 0.2 M MgCl2, 2 M (NH4)2SO4	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
7VNI AHR-ARNT PAS-B heterodimer 提交 2021-10-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 358–466（109 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium arsenate (pH 6.5), 0.2 M MgCl2, 2 M (NH4)2SO4	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
7W80 Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 in Complex with Antagonist Belzutifan 提交 2021-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）	未记录	72Q 3-{[(1S,2S,3R)-2,3-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；Tacsimate, PEG3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.274
7XHV Crystal Structure of the NPAS4-ARNT heterodimer in complex with DNA 提交 2022-04-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 82–360（279 aa）片段：ARNT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；ammonium tartrate dibasic, PEG3350	分辨率 4.00 Å R-free 0.331
7XI4 Crystal Structure of the NPAS4-ARNT heterodimer in complex with DNA 提交 2022-04-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 82–464（383 aa）片段：ARNT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；ammonium tartrate dibasic, PEG3350	分辨率 4.71 Å R-free 0.351
9LJX Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-26 提交 2025-01-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）	未记录	A1EKB 4-fluoranyl-~{N}-(3-fluoranyl-2-pyrrolidin-1-yl-phenyl)-1,1-bis(oxidanylidene)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
9LJY Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-14 提交 2025-01-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）	未记录	A1EJ9 4-chloranyl-1,1-bis(oxidanylidene)-~{N}-(2-pyrrolidin-1-ylphenyl)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.248
9LOH Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-10 提交 2025-01-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）	未记录	A1EJ8 4-fluoranyl-1,1-bis(oxidanylidene)-~{N}-(2-pyrrolidin-1-ylphenyl)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 3.02 Å R-free 0.262
9LOI Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-16 提交 2025-01-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–464（383 aa）	未记录	A1EKA 6-chloranyl-1,1-bis(oxidanylidene)-~{N}-(2-pyrrolidin-1-ylphenyl)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 2.78 Å R-free 0.275

共 20 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARNT_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–384； UniProt 82–464 作者链 C； PDB构建体 2–384； UniProt 82–464

Endothelial PAS domain-containing protein 1

Mus musculus

UniProt P97481

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 3–361	片段：UNP residues 3-361	Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator × 1 （P53762） PRL PROFLAVIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.221
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 3–361	片段：UNP residues 3-361	Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator × 1 （P53762）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4ZPH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4ZP4 Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex 提交 2015-05-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.232
4ZP4 Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex 提交 2015-05-07	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.232
4ZPK Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with HRE DNA 提交 2015-05-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；4% Tacsimate, pH 6.0, 10% PEG3350	分辨率 3.60 Å R-free 0.321
4ZQD Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with the Benzoxadiazole Antagonist 0X3 提交 2015-05-09	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	0X3 N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-5-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.87 Å R-free 0.254
4ZQD Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with the Benzoxadiazole Antagonist 0X3 提交 2015-05-09	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 3–361（359 aa）片段：UNP residues 3-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% Tacsimate, pH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.87 Å R-free 0.254
6E3S Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Antagonist PT2385 提交 2018-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	突变：W318A	79A 3-{[(1S)-2,2-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% TACSIMATE, PH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
6E3T Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Antagonist T1001 提交 2018-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	未记录	HO7 (6S)-6-(4-bromophenyl)-2,3,5,6-tetrahydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；2% TACSIMATE, PH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.306
6E3U Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist M1001 提交 2018-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	突变：W318A	HNJ 3-{[2-(pyrrolidin-1-yl)phenyl]amino}-1H-1lambda~6~,2-benzothiazole-1,1-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2% TACSIMATE, PH 7.0, 6% PEG3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.258
7W80 Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 in Complex with Antagonist Belzutifan 提交 2021-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–361（359 aa）	未记录	72Q 3-{[(1S,2S,3R)-2,3-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；Tacsimate, PEG3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.274
8VHG Structure of the BMAL1/HIF2A heterodimer in Complex with DNA 提交 2024-01-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–361（359 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9LJX Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-26 提交 2025-01-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	未记录	A1EKB 4-fluoranyl-~{N}-(3-fluoranyl-2-pyrrolidin-1-yl-phenyl)-1,1-bis(oxidanylidene)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
9LJY Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-14 提交 2025-01-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–361（359 aa）	未记录	A1EJ9 4-chloranyl-1,1-bis(oxidanylidene)-~{N}-(2-pyrrolidin-1-ylphenyl)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.248
9LOH Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-10 提交 2025-01-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	未记录	A1EJ8 4-fluoranyl-1,1-bis(oxidanylidene)-~{N}-(2-pyrrolidin-1-ylphenyl)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 3.02 Å R-free 0.262
9LOI Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2 Complex with Agonist SD-16 提交 2025-01-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–362（360 aa）	未记录	A1EKA 6-chloranyl-1,1-bis(oxidanylidene)-~{N}-(2-pyrrolidin-1-ylphenyl)-1,2-benzothiazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG 3350, Succinic Acid pH 7.0	分辨率 2.78 Å R-free 0.275

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EPAS1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–360； UniProt 3–361 作者链 D； PDB构建体 2–360； UniProt 3–361

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4zph
沉积日期 deposition_date	2015-05-07
结构标题 title	Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with Proflavine
关键词 keywords	HIF-2a, ARNT, bHLH-PAS, Proflavine, PROTEIN TRANSPORT-TRANSCRIPTION complex; PROTEIN TRANSPORT/TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.27 Å
零角强度 I(0) i0	245726000.00
分子量 molecular_weight	126240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	157630 Å³
包络体积 envelope_volume	217250 Å³
水化壳体积 shell_volume	46913 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.11 Å
包络 Rg envelope_rg	38.50 Å
形状 Rg shape_rg	39.28 Å
总 Rg total_rg	39.54 Å
总原子数 total_atoms	8843
残基数 n_residues	1092
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.7 Å
Rg (实空间) rg_real	39.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	245700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8859
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.306
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.490
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.816

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
分子量 formula_weight	43437.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8865

MSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVSCETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRVLDLKTGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGTSSVDPVSMNRLSFLRNRCRNGLGSVKEGEPHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNICQPTEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKGQVLSVMFRFRSKTREWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Endothelial PAS domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	41201.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MADKEKKRSSSELRKEKSRDAARCRRSKETEVFYELAHELPLPHSVSSHLDKASIMRLAISFLRTHKLLSSVCSENESEAEADQQMDNLYLKALEGFIAVVTQDGDMIFLSENISKFMGLTQVELTGHSIFDFTHPCDHEEIRENLTLKNGSGFGKKSKDVSTERDFFMRMKCTVTNRGRTVNLKSATWKVLHCTGQVRVYNNCPPHSSLCGSKEPLLSCLIIMCEPIQHPSHMDIPLDSKTFLSRHSMDMKFTYCDDRILELIGYHPEELLGRSAYEFYHALDSENMTKSHQNLCTKGQVVSGQYRMLAKHGGYVWLETQGTVIYNPRNLQPQCIMCVNYVLSEIEKNDVVFSMDQTES

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PROFLAVIN
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.896 Å
晶胞边长 b length_b	76.418 Å
晶胞边长 c length_c	98.345 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.83 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	73.21 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.172 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1847
R_free r_free	0.2206

fit	/app/data/saxs_computation/zp/4zph/4zph.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zp/4zph/4zph.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zp/4zph/4zph.dat

Crystal Structure of the Heterodimeric HIF-2a:ARNT Complex with Proflavine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Endothelial PAS domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)