SAXSdb — 5aaq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CALCIUM-BINDING AND COILED-COIL DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 388–446	片段：UNP RESIDUES 388-446	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1.0 NMR样品组成：95% WATER/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5AAQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MXP Solution structure of NDP52 ubiquitin-binding zinc finger 提交 2015-01-12	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–446（33 aa）片段：C-terminal, UNP residues 414-446	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 1 mM [U-100% 15N] entity_1-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-3, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.2 mM entity_1-4, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3VVV Skich domain of NDP52 提交 2012-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–141（121 aa）片段：UNP residues 21-141	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；24% PEG4000, 0.1M Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.189
3VVV Skich domain of NDP52 提交 2012-07-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–141（121 aa）片段：UNP residues 21-141	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；24% PEG4000, 0.1M Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.189
3VVW NDP52 in complex with LC3C 提交 2012-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–141（121 aa）片段：UNP residues 21-141	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；16% PEG6000, 0.01M sodium citrate , pH 7.0, Vapor Diffusion, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.252
4GXL The crystal structure of Galectin-8 C-CRD in complex with NDP52 提交 2012-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 368–381（14 aa）片段：UNP residues 368-381	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；2% PEG 400, 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 2.02 Å R-free 0.216
4HAN Crystal structure of Galectin 8 with NDP52 peptide 提交 2012-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 372–385（14 aa）片段：UNP residues 372-385 链 D 372–385（14 aa）片段：UNP residues 372-385	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M Tris-Hcl pH8.5, 30~34% (v/w) PEG400, 200mM LiSO4, and 10mM Nicotinamide adenine dinucleotide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.55 Å R-free 0.214
4XKL Crystal structure of NDP52 ZF2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2015-01-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–446（33 aa）片段：Zinc finger, UNP residues 414-446	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.243
4XKL Crystal structure of NDP52 ZF2 in complex with mono-ubiquitin 提交 2015-01-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 414–446（33 aa）片段：Zinc finger, UNP residues 414-446	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.243
5Z7A Crystal structure of NDP52 SKICH region 提交 2018-01-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–126（126 aa）片段：UNP residues 1-126	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；289 K；PEG 3350, 0.2 M potassium sulfate	分辨率 2.38 Å R-free 0.263
5Z7A Crystal structure of NDP52 SKICH region 提交 2018-01-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–126（126 aa）片段：UNP residues 1-126	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；289 K；PEG 3350, 0.2 M potassium sulfate	分辨率 2.38 Å R-free 0.263
5Z7L Crystal structure of NDP52 SKICH region in complex with NAP1 提交 2018-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 10–126（117 aa）片段：UNP residues 10-126 链 B 10–126（117 aa）片段：UNP residues 10-126	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG3350,sodium malonate	分辨率 2.02 Å R-free 0.222
7EAA crystal structure of NDP52 SKICH domain in complex with RB1CC1 coiled-coil domain 提交 2021-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 10–141（132 aa）链 B 10–141（132 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 8% PEG6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.253

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CACO2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–60； UniProt 388–446

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5aaq
沉积日期 deposition_date	2015-07-28
结构标题 title	TBK1 recruitment to cytosol-invading Salmonella induces anti- bacterial autophagy
关键词 keywords	CALCIUM-BINDING PROTEIN, TBK1, NDP52, ZINC-FINGER; CALCIUM-BINDING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.70 Å
零角强度 I(0) i0	271486000.00
分子量 molecular_weight	132280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	163300 Å³
包络体积 envelope_volume	57906 Å³
水化壳体积 shell_volume	22293 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.4 Å
壳层 Rg shell_rg	28.30 Å
包络 Rg envelope_rg	22.42 Å
形状 Rg shape_rg	16.63 Å
总 Rg total_rg	17.47 Å
总原子数 total_atoms	17980
残基数 n_residues	1140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.6 Å
Rg (实空间) rg_real	17.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	271500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7990
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.322
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.367
角度范围 angular_range	— – 0.4700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	80710.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.662; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.408; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	CALCIUM-BINDING AND COILED-COIL DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
分子量 formula_weight	6800.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17980

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

TBK1 recruitment to cytosol-invading Salmonella induces anti- bacterial autophagy

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CALCIUM-BINDING AND COILED-COIL DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/aa/5aaq/5aaq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aa/5aaq/5aaq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aa/5aaq/5aaq.dat