5ajj

Crystal structure of variola virus virulence factor F1L in complex with human Bid BH3 domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L PUTATIVE

VARIOLA VIRUS

UniProt Q85365

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 39–201 片段:UNP RESIDUES 39-201 BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST × 2 (P55957) GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;1.8 M SODIUM ACETATE AND 0.1 M HEPES PH 6.5 分辨率 1.75 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q85365_VARV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–168; UniProt 39–201

BH3-INTERACTING DOMAIN DEATH AGONIST

HOMO SAPIENS

UniProt P55957

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 79–112 片段:UNP RESIDUES 79-112 HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L PUTATIVE × 2 (Q85365) GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;1.8 M SODIUM ACETATE AND 0.1 M HEPES PH 6.5 分辨率 1.75 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BID_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–34; UniProt 79–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ajj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ajj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ajj
沉积日期 deposition_date2015-02-25
结构标题 titleCrystal structure of variola virus virulence factor F1L in complex with human Bid BH3 domain
关键词 keywordsVIRAL PROTEIN, BCL-2, APOPTOSIS, POXVIRUS, BID; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.52
零角强度 I(0) i07424870.00
分子量 molecular_weight19418.0 kDa
排除体积 excluded_volume24136 ų
包络体积 envelope_volume30246 ų
水化壳体积 shell_volume15102 ų
包络直径 envelope_diameter61.8
壳层 Rg shell_rg22.90
包络 Rg envelope_rg17.56
形状 Rg shape_rg17.53
总 Rg total_rg18.43
总原子数 total_atoms2682
残基数 n_residues167
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.4
Rg (实空间) rg_real18.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real7.4250e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8410e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7425000.0000
解质量估计 total_estimate0.7936
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.2
偏度 Skewness skewness0.227
峰度 Kurtosis kurtosis-0.338
角度范围 angular_range— – 0.4250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha714000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.783; Stabil: 0.989; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)