5aox

Human Alu RNA retrotransposition complex in the ribosome-stalling conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN × 1 （P37108） ALU JO CONSENSUS RNA × 1 ACETATE ION × 1 SULFATE ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN × 1 （P37108） ALU JO CONSENSUS RNA × 1 ACETATE ION × 1 SULFATE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRP09_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–85； UniProt 2–86 作者链 D； PDB构建体 1–85； UniProt 2–86

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN

HOMO SAPIENS

UniProt P37108

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN × 1 （P49458） ALU JO CONSENSUS RNA × 1 ACETATE ION × 1 SULFATE ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN × 1 （P49458） ALU JO CONSENSUS RNA × 1 ACETATE ION × 1 SULFATE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRP14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–94； UniProt 2–95 作者链 E； PDB构建体 1–94； UniProt 2–95

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5aox
沉积日期 deposition_date	2015-09-12
结构标题 title	Human Alu RNA retrotransposition complex in the ribosome-stalling conformation
关键词 keywords	;TRANSLATION, RETROTRANSPOSITION, PROTEIN TARGETING, RNA, MOBILE DNA, SINE, LINE, RIBONUCLEOPROTEIN PARTICLE, SIGNAL RECOGNITION PARTICLE ;; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5aox__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5aox__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5aox__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.13 Å
Rg（电子密度）	21.50 Å
总 Rg	22.20 Å
原子数	5341
残基数	243
排除体积	48769 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5aox__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5aox__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN
分子量 formula_weight	9980.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	11120

PQYQTWEEFSRAAEKLYLADPMKARVVLKYRHSDGNLCVKVTDDLVSLVYKTDQAQDVKKIEKFHSQLMRLMVAKEARNVTMETE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN
分子量 formula_weight	10555.3 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

GAMESEQFLTELTRLFQKCRTSGSVYITLKKYDGRTKPIPKKGTVEGFEPADNKCLLRATDGKKKISTVVSSKEVNKFQMAYSNLLRANMDGLK

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ALU JO CONSENSUS RNA
分子量 formula_weight	28238.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

GGCCGGGCGCGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCGGGAGGAUCGCGAACACGCGAGACCCCGUCUCUA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	381

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5aoxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1

结构域编号 domain_id	5aoxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1

结构域编号 domain_id	5aoxD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1

结构域编号 domain_id	5aoxE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1

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晶胞边长 a length_a	81.480 Å
晶胞边长 b length_b	56.730 Å
晶胞边长 c length_c	170.590 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.040 Å
最低分辨率 resolution_low	56.746 Å
R 因子 r_factor	0.1866
R_work r_work	0.1855
R_free r_free	0.2220

Human Alu RNA retrotransposition complex in the ribosome-stalling conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5aox__assembly_2__model_1

5aox__assembly_2__model_1 | I(q)

5aox__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Human Alu RNA retrotransposition complex in the ribosome-stalling conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 9 KDA PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5aox__assembly_2__model_1

5aox__assembly_2__model_1 | I(q)

5aox__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)