1ry1

Structure of the signal recognition particle interacting with the elongation-arrested ribosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 221.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ry1
沉积日期 deposition_date	2003-12-19
结构标题 title	Structure of the signal recognition particle interacting with the elongation-arrested ribosome
关键词 keywords	signal recognition particle, RNA binding, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	84.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	86.97 Å
零角强度 I(0) i0	857322000.00
分子量 molecular_weight	174090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	187200 Å³
包络体积 envelope_volume	462870 Å³
水化壳体积 shell_volume	47794 Å³
包络直径 envelope_diameter	264.2 Å
壳层 Rg shell_rg	80.23 Å
包络 Rg envelope_rg	78.11 Å
形状 Rg shape_rg	86.97 Å
总 Rg total_rg	86.89 Å
总原子数 total_atoms	11794
残基数 n_residues	976
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	221.6 Å
Rg (实空间) rg_real	81.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	80.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	846500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6764
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.194
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.226
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.5329
最高正则化参数 α highest_alpha	9747000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.465; Stabil: 0.882; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.121; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	SRP Alu domain
分子量 formula_weight	16277.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	11794

GGGCCGGGCGCGGUGGCGCGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUC

Entity 2 polymer

描述 description	SRP S domain
分子量 formula_weight	41566.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A

GACACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUGUC

Entity 3 polymer

描述 description	SRP RNA
分子量 formula_weight	8784.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	M

AGGCUGGAGGAUCGCUUGAGUCCAGGA

Entity 4 polymer

描述 description	SRP RNA
分子量 formula_weight	9807.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N

CCUGUGCAACAUAGCGAGACCCCGUCUCUUU

Entity 5 polymer

描述 description	SRP RNA
分子量 formula_weight	7695.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	O

GUUCUGGGCUGUAGUGCGCUAUGC

Entity 6 polymer

描述 description	SRP RNA
分子量 formula_weight	6325.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P

CAAUAGCCACUGCACUCCAG

Entity 7 polymer

描述 description	SRP RNA
分子量 formula_weight	3844.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Q

CGAUCGGGUGUC

Entity 8 polymer

描述 description	SRP RNA
分子量 formula_weight	3804.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

AUCGCGCCUGUG

Entity 9 polymer

描述 description	SRP9
分子量 formula_weight	9996.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

PQYQTWEEFSRAAEKLYLADPMKARVVLKYRHSDGNLCVKVTDDLVCLVYKTDQAQDVKKIEKFHSQLMRLMVAKEARNVTMETE

Entity 10 polymer

描述 description	SRP14
分子量 formula_weight	12114.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

VLLESEQFLTELTRLFQKCRTSGSVYITLKKYDGRTKPIPKKGTVEGFEPADNKCLLRATDGKKKISTVVSSKEVNKFQMAYSNLLRANMDGLKKRDKKNKTKKTK

Entity 11 polymer

描述 description	SRP19
分子量 formula_weight	12561.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRFICIYPAYLNNKKTIAEGRRIPISKAVENPTATEIQDVCSAVGLNVFLEKNKMYSREWNRDVQYRGRVRVQLKQEDGSLCLVQFPSRKSVMLYAAEMIPKLKTRTQ

Entity 12 polymer

描述 description	SRP54NG
分子量 formula_weight	32472.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MFQQLSARLQEAIGRLRGRGRITEEDLKATLREIRRALMDADVNLEVARDFVERVREEALGKQVLESLTPAEVILATVYEALKEALGGEARLPVLKDRNLWFLVGLQGSGKTTTAAKLALYYKGKGRRPLLVAADTQRPAAREQLRLLGEKVGVPVLEVMDGESPESIRRRVEEKARLEARDLILVDTAGRLQIDEPLMGELARLKEVLGPDEVLLVLDAMTGQEALSVARAFDEKVGVTGLVLTKLDGDARGGAALSARHVTGKPIYFAGVSEKPEGLEPFYPERLAGRILGMGD

Entity 13 polymer

描述 description	SRP54M
分子量 formula_weight	12473.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

QFTLRDMYEQFQNIMKMGPFSQILGMIPGFGTDFMSKGNEQESMARLKKLMTIMDSMNDQELDSTDGAKVFSKQPGRIQRVARGSGVSTRDVQELLTQYTKFAQMVKKM

Entity 14 polymer

描述 description	signal sequence peptide
分子量 formula_weight	2121.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

LGFPINFLTLYVTVQHKK

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1ry1b_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.22 — Signal recognition particle (SRP) complex
超家族 Superfamily superfamily	i.22.1 — Signal recognition particle (SRP) complex
家族 Family family	i.22.1.1 — Signal recognition particle (SRP) complex

结构域编号 domain_id	d1ry1c_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.22 — Signal recognition particle (SRP) complex
超家族 Superfamily superfamily	i.22.1 — Signal recognition particle (SRP) complex
家族 Family family	i.22.1.1 — Signal recognition particle (SRP) complex

结构域编号 domain_id	d1ry1d_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.22 — Signal recognition particle (SRP) complex
超家族 Superfamily superfamily	i.22.1 — Signal recognition particle (SRP) complex
家族 Family family	i.22.1.1 — Signal recognition particle (SRP) complex

结构域编号 domain_id	d1ry1s_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.22 — Signal recognition particle (SRP) complex
超家族 Superfamily superfamily	i.22.1 — Signal recognition particle (SRP) complex
家族 Family family	i.22.1.1 — Signal recognition particle (SRP) complex

结构域编号 domain_id	d1ry1u_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.22 — Signal recognition particle (SRP) complex
超家族 Superfamily superfamily	i.22.1 — Signal recognition particle (SRP) complex
家族 Family family	i.22.1.1 — Signal recognition particle (SRP) complex

结构域编号 domain_id	d1ry1w_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.22 — Signal recognition particle (SRP) complex
超家族 Superfamily superfamily	i.22.1 — Signal recognition particle (SRP) complex
家族 Family family	i.22.1.1 — Signal recognition particle (SRP) complex

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	12.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	12.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	—

fit	/app/data/saxs_computation/ry/1ry1/1ry1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ry/1ry1/1ry1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ry/1ry1/1ry1.dat

Structure of the signal recognition particle interacting with the elongation-arrested ribosome

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)