5b5m

Crystal structure of the Sr-substituted LH1-RC complex from Tch. tepidum

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D2Z0P5_THETI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333 作者链 o； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333

Photosynthetic reaction center L subunit

物种未注明

UniProt D2Z0P3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D2Z0P3_THETI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281 作者链 x； PDB构建体 1–281； UniProt 1–281

Photosynthetic reaction center M subunit

物种未注明

UniProt A8ASG6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A8ASG6_THETI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 y； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319

Photosynthetic reaction center H subunit

物种未注明

UniProt D2Z0P9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D2Z0P9_THETI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259 作者链 t； PDB构建体 1–259； UniProt 1–259

LH1 alpha polypeptide

物种未注明

UniProt D2Z0P2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 beta polypeptide × 16 （D2Z0P1） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D2Z0P2_THETI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 3； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 5； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 7； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 9； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 A； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 AA； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 AC； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 AE； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 AG； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 AI； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 AK； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 D； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 F； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 I； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 K； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 O； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 Q； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 S； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 U； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 W； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 Y； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 d； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 f； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 h； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 j； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 l； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 m； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 p； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 r； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 u； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61 作者链 w； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61

LH1 beta polypeptide

物种未注明

UniProt D2Z0P1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （D2Z0P5） Photosynthetic reaction center L subunit × 1 （D2Z0P3） Photosynthetic reaction center M subunit × 1 （A8ASG6） Photosynthetic reaction center H subunit × 1 （D2Z0P9） LH1 alpha polypeptide × 16 （D2Z0P2） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 STRONTIUM ION × 19 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 Ubiquinone-8 × 1 DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 8 FE (III) ION × 1 MENAQUINONE 8 × 1 SPIRILLOXANTHIN × 17 PHOSPHATE ION × 2 (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D2Z0P1_THETI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 2； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 4； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 6； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 8； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 AB； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 AD； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 AF； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 AH； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 AJ； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 AL； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 B； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 E； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 G； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 J； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 N； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 P； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 R； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 T； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 V； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 X； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 Z； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 c； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 e； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 g； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 i； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 k； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 n； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 q； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 s； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 v； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47 作者链 z； PDB构建体 1–47； UniProt 1–47

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5b5m
沉积日期 deposition_date	2016-05-12
结构标题 title	Crystal structure of the Sr-substituted LH1-RC complex from Tch. tepidum
关键词 keywords	Bacterial photosynthesis, Light-harvesting complex, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5b5m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5b5m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5b5m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.16 Å
Rg（电子密度）	44.33 Å
总 Rg	44.85 Å
原子数	25934
残基数	2773
排除体积	481740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5b5m__assembly_1__model_1`	36-meric （36）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5b5m__assembly_2__model_1`	36-meric （36）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	36630.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,o
原子数 atom_count	51893

MSPAQQLTLPAVIVVASVMLLGCEGPPPGTEQIGYRGVGMENYYNKRQRALSIQANQPVESLPAADSTGPKASEVYQNVQVLKDLSVGEFTRTMVAVTTWVSPKEGCNYCHVPGNWASDDIYTKVVSRRMFELVRAANSDWKAHVAETGVTCYTCHRGNPVPKYAWVTDPGPKYPSGLKPTGQNYGSKTVAYASLPFDPLTPFLDQANEIRITGNAALAGSNPASLKQAEWTFGLMMNISDSLGVGCTFCHNTRAFNDWTQSTPKRTTAWYAIRHVRDINQNYIWPLNDVLPASRKGPYGDPLRVSCMTCHQAVNKPLYGAQMAKDYPGLYKT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center L subunit
分子量 formula_weight	31520.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,x

MAMLSFEKKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVVGFCFTLLGVLLIVWGATIGPTGPTSDLQTYNLWRISIAPPDLSYGLRMAPLTEGGLWQIITICAAGAFISWALREVEICRKLGIGFHVPFAFSFAIGAYLVLVFVRPLLMGAWGHGFPYGILSHLDWVSNVGYQFLHFHYNPAHMLAISFFFTNCLALSMHGSLILSVTNPQKGEPVKTSEHENTFFRDIVGYSIGALAIHRLGLFLALSAAFWSAVCILISGPFWTRGWPEWWNWWLELPLW

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center M subunit
分子量 formula_weight	35976.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,y

MPEYQNIFTAVQVRAPAYPGVPLPKGNLPRIGRPIFSYWLGKIGDAQIGPIYLGLTGTLSIFFGLVAISIIGFNMLASVHWDVFQFLKHFFWLGLEPPPPQYGLRIPPLSEGGWWLMAGLFLTLSILLWWVRTYKRAEALGMSQHLSWAFAAAIFFYLVLGFIRPVMMGSWAKAVPFGIFPHLDWTAAFSIRYGNLYYNPFHMLSIAFLYGSALLFAMHGATILSVSRFGGDREIDQITHRGTAAERAALFWRWTMGFNVTMESIHRWAWWCAVLTVITAGIGILLSGTVVDNWYLWAVKHGMAPAYPEVVTAVNPYET

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center H subunit
分子量 formula_weight	28213.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,t

MSAGITHYIDAAQITIWAFWLFFFGLIIYLRREDKREGYPLDSDRTERSGGRVKVVGFPDLPDPKTFVLPHNGGTVVAPRVEAPVAVNATPFSPAPGSPLVPNGDPMLSGFGPAASPDRPKHCDLTFEGLPKIVPMRVAKEFSIAEGDPDPRGMTVVGLDGEVAGTVSDVWVDRSEPQIRYLEVEVAANKKKVLLPIGFSRFDKKARKVKVDAIKAAHFANVPTLSNPDQVTLYEEDKVCAYYAGGKLYATAERAGPLL

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	LH1 alpha polypeptide
分子量 formula_weight	7034.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	32

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,F,I,K,O,Q,S,U,W,Y,1,3,5,7,9,m,p,r,u,w,AA,AC,AE,AG,AI,AK,d,f,h,j,l

MFTMNANLYKIWLILDPRRVLVSIVAFQIVLGLLIHMIVLSTDLNWLDDNIPVSYQALGKK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	LH1 beta polypeptide
分子量 formula_weight	5534.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	32

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,G,J,N,P,R,T,V,X,Z,2,4,6,8,0,n,q,s,v,z,AB,AD,AF,AH,AJ,AL,e,g,i,k,c

MAEQKSLTGLTDDEAKEFHAIFMQSMYAWFGLVVIAHLLAWLYRPWL

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	STRONTIUM ION
分子量 formula_weight	87.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	38

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	72

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	Ubiquinone-8
分子量 formula_weight	727.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	692.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE 8
分子量 formula_weight	717.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	34

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 18 Entity 18 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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晶胞边长 a length_a	164.888 Å
晶胞边长 b length_b	148.946 Å
晶胞边长 c length_c	210.226 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.182 Å
R 因子 r_factor	0.2732
R_work r_work	0.2713
R_free r_free	0.3093

Crystal structure of the Sr-substituted LH1-RC complex from Tch. tepidum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosynthetic reaction center L subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosynthetic reaction center M subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosynthetic reaction center H subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LH1 alpha polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LH1 beta polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5b5m__assembly_1__model_1

5b5m__assembly_1__model_1 | I(q)

5b5m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer