SAXSdb — 5b5w

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MOB kinase activator 1B

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 33–216	片段：UNP residues 33-216	Serine/threonine-protein kinase LATS1 × 1 （O95835） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 4000	分辨率 2.96 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5B5W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5B5V Structure of full-length MOB1b 提交 2016-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–216（216 aa）链 C 1–216（216 aa）链 E 1–216（216 aa）链 F 1–216（216 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, Ammonium fluoride	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5B5V Structure of full-length MOB1b 提交 2016-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–216（216 aa）链 D 1–216（216 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, Ammonium fluoride	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5B6B Complex of LATS1 and phosphomimetic MOB1b 提交 2016-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–216（216 aa）链 B 1–216（216 aa）	突变：T35D, T22D 突变：T35D, T22D	CL CHLORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, sodium sulfate	分辨率 3.54 Å R-free 0.266
5B6B Complex of LATS1 and phosphomimetic MOB1b 提交 2016-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–216（216 aa）链 K 1–216（216 aa）	突变：T35D, T22D 突变：T35D, T22D	CL CHLORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, sodium sulfate	分辨率 3.54 Å R-free 0.266
5B6B Complex of LATS1 and phosphomimetic MOB1b 提交 2016-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–216（216 aa）链 H 1–216（216 aa）	突变：T35D, T22D 突变：T35D, T22D	CL CHLORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, sodium sulfate	分辨率 3.54 Å R-free 0.266
5B6B Complex of LATS1 and phosphomimetic MOB1b 提交 2016-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–216（216 aa）链 O 1–216（216 aa）	突变：T35D, T22D 突变：T35D, T22D	CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, sodium sulfate	分辨率 3.54 Å R-free 0.266

共 2 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MOB1B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–186； UniProt 33–216

Serine/threonine-protein kinase LATS1

Homo sapiens

UniProt O95835

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 U； UniProt 622–704	片段：UNP residues 622-704	MOB kinase activator 1B × 1 （Q8BPB0） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 4000	分辨率 2.96 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5B5W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4ZRK Merlin-FERM and Lats1 complex 提交 2015-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 69–100（32 aa）片段：UNP residues 69-100	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Sodium malonate, 10% PEG 3350	分辨率 2.32 Å R-free 0.279
4ZRK Merlin-FERM and Lats1 complex 提交 2015-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 69–100（32 aa）片段：UNP residues 69-100	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Sodium malonate, 10% PEG 3350	分辨率 2.32 Å R-free 0.279
4ZRK Merlin-FERM and Lats1 complex 提交 2015-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 69–100（32 aa）片段：UNP residues 69-100	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Sodium malonate, 10% PEG 3350	分辨率 2.32 Å R-free 0.279
4ZRK Merlin-FERM and Lats1 complex 提交 2015-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 69–100（32 aa）片段：UNP residues 69-100	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Sodium malonate, 10% PEG 3350	分辨率 2.32 Å R-free 0.279
5BRK pMob1-Lats1 complex 提交 2015-05-31	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 602–704（103 aa）片段：UNP residues 602-704	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2 M di-Ammonium citrate 20% (W/V) PEG 3,350	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7LWH Human neurofibromin 2/merlin residues 1-339 in complex with LATS1 提交 2021-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 69–91（23 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；600 mM imidazole (pH 6.5), 15% (w/v) polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.61 Å R-free 0.233

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LATS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 3–85； UniProt 622–704

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5b5w
沉积日期 deposition_date	2016-05-24
结构标题 title	Crystal structure of MOB1-LATS1 NTR domain complex
关键词 keywords	MOB1 LATS1 Hippo pathway, METAL BINDING PROTEIN-APOTOSIS complex; METAL BINDING PROTEIN/APOTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.09 Å
零角强度 I(0) i0	13684800.00
分子量 molecular_weight	28005.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35180 Å³
包络体积 envelope_volume	42475 Å³
水化壳体积 shell_volume	18625 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.69 Å
包络 Rg envelope_rg	20.66 Å
形状 Rg shape_rg	20.00 Å
总 Rg total_rg	21.21 Å
总原子数 total_atoms	1966
残基数 n_residues	236
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8103
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.586
峰度 Kurtosis kurtosis	0.169
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2864000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.580; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.791; Smooth: 0.997

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MOB kinase activator 1B
分子量 formula_weight	21592.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1966

GPEATLGSGNLRMAVMLPEGEDLNEWVAVNTVDFFNQINMLYGTITDFCTEESCPVMSAGPKYEYHWADGTNIKKPIKCSAPKYIDYLMTWVQDQLDDETLFPSKIGVPFPKNFMSVAKTILKRLFRVYAHIYHQHFDPVIQLQEEAHLNTSFKHFIFFVQEFNLIDRRELAPLQELIEKLTSKDR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase LATS1
分子量 formula_weight	10379.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

GPKDEERRESRIQSYSPQAFKFFMEQHVENVLKSHQQRLHRKKQLENEMMRVGLSQDAQDQMRKMLCQKESNYIRLKRAKMDKSM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5b5wa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.7 — Mob1/phocein
家族 Family family	a.29.7.1 — Mob1/phocein

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5b5wA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — MOB kinase activator

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	78.747 Å
晶胞边长 b length_b	71.760 Å
晶胞边长 c length_c	57.855 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.957 Å
最低分辨率 resolution_low	28.296 Å
R 因子 r_factor	0.2357
R_work r_work	0.2336
R_free r_free	0.2704

fit	/app/data/saxs_computation/b5/5b5w/5b5w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b5/5b5w/5b5w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b5/5b5w/5b5w.dat

Crystal structure of MOB1-LATS1 NTR domain complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MOB kinase activator 1B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine/threonine-protein kinase LATS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)